Habitué aux seconds rôles, Daxter profite de la capture de son copain Jak pour briller dans son propre jeu de plates-formes. La beloutre est ici engagée par une société d'extermination d'insectes lui demandant de nettoyer Abriville de toute sa vermine. L'attendent alors des niveaux escarpés et quelques mini-jeux parodiques.