Je pense que le sujet 16 a été capable, grace à l'Animus, de "remonter" très tot dans sa mémoire génétique, au point d'en arriver à Adam et Eve.
Ceux-ci se sont échappé de Eden, qui semble être un batiment high-tech, où ils étaient retenus en esclavage avec les autres premiers humains, par "ceux-qui-étaient-là-avant".
Ceux-qui-étaient-là-avant ont créé les humains pour se faire de la main d'oeuvre (Minerve le dit plus au moins à la fin du jeu), Adam et Eve ont alors volé une des "pommes" et l'ont utilisé pour fuir.
D'après moi, il y a donc plusieurs pommes, au moins une étant arrivé jusqu'à l'air moderne (celle volée par Eve). En effet, on voit que quelqu'un en utilise une pour contrôler les gens qui travaillent à la chaine.
Bref, j'attends de voir AC3 avec une certaine appréhension. Je me demande bien ce qu'ils vont pouvoir inventer comme bêtises pour leur scénario, parce que je n'ai vraiment pas été convaincu par cette histoire de peuple qui était là avant et qui a créé les humains.