Pokémon Donjon Mystère : Equipe de Secours Bleue sur DS vous propose une aventure particulière puisque la cartouche vous place dans la peau d'un Pokémon ! Vous vous réveillez un matin transformé en l'une de ces créatures et découvrez un monde ravagé par des catastrophes naturelles inexplicables. Vous décidez de monter un groupe de secours avec votre équipier pour découvrir ce qui se cache derrière tout ça.