Le jeu d'action TMNT 3 : The Manhattan Project est la suite du jeu TMNT 2 : The Arcade Game, sorti également sur Nes en 1989. La reporter April O'Neil a une nouvelle fois été enlevée par l'infâme Shredder, mais ce dernier révèle aux Tortues Ninja qu'il a transformé Manhattan en île flottante. A vous de l'arrêter en repoussant les assauts ennemis des 8 niveaux du jeu et de sauver April !