Baten Kaitos Origins est un jeu de rôle à la troisième personne sur Gamecube. Il y a longtemps, le dieu du mal Malpercio a essayé de s'en prendre aux autres dieux et la guerre des dieux a été déclenchée. Cette bataille a contraint tous les êtres vivants de s'enfuir dans des îles flottantes dans les cieux. 1000 ans après, l'empereur Olgen est bien décidé à contrôler toutes les îles.