L’histoire de Sly commence de manière assez tragique. Raton laveur héritier d’une lignée de maîtres-voleurs, celui-ci devait recevoir le « Volus Ratonus », un livre ancestral renfermant tous les secrets de sa famille glanés à travers les âges. Au moment où son père allait lui transmettre ledit ouvrage, cinq individus se faisant appeler « les Cinq Maléfiques » font irruption. Caché dans le placard, le petit Sly Cooper assiste impuissant au meurtre de son propre père et voit son héritage déchiré en cinq parties puis les malfrats repartir avec leur butin. Sans famille, Sly est alors placé dans un orphelinat.

A l'orphelinat, Sly fait la connaissance de Bentley, une tortue experte en informatique, et de Murray, un hippopotame rose très costaud. Inséparables amis, les trois forment le « gang de Cooper » et se promettent de venger le père de Sly en retrouvant le Volus Ratonus. A l’âge de 18 ans, le gang quitte l’orphelinat et se spécialise dans le vol de criminels, selon le credo "quand on vole un innocent, on est un voleur mais quand on vole un voleur, on devient un maître-voleur". Sly, Bentley et Murray attirent rapidement l’attention de l’inspecteur Carmelita Fox, une renarde travaillant pour Interpol, qui traque le gang en permanence. Après quelques années de recherches, les trois voleurs se rendent à Paris pour dérober un fichier secret renfermant les noms des Cinq Maléfiques : Raleigh, Muggshot, Miss Ruby, Panda King et Clockwerk. Le voyage à travers le monde du gang Cooper est lancé pour récupérer les pages du Volus Ratonus et venger la mort du père de Sly…