En touchant la Triforce à la fin d'A Link to the Past, et en souhaitant que tout redevienne comme avant, le héros n'a pas réfléchi jusqu'au bout et a lui aussi fait un mauvais choix. Ainsi tout est rentré dans l'ordre dans le royaume d'Hyrule. Le roi est de retour, l'oncle du héros est ressuscité, le joueur de flûte est redevenu humain... Mais le voeu incluait également le retour de Ganon, qui a donc retrouvé sa forme humaine et sa liberté de mouvements. Craignant sa réapparition, le héros part s'entraîner dans des contrées lointaines. Il ne reviendra jamais, s'échouant sur l'île de Cocolint dans Link's Awakening. Là, un sombre esprit lui montre que ce qu'il craignait est finalement arrivé en prenant la forme de Ganon.

Pour sauver son royaume, le roi décide alors de l'engloutir sous la mer et utilise pour cela le pouvoir d'Excalibur qu'il a pris soin d'installer au sous-sol du château. Il a également pris soin de fragmenter la Triforce. Ganon retrouve donc son fragment favori, dont le pouvoir lui permettra de survivre. Le fragment de sagesse se passera de génération en génération chez les descendantes de la princesse du moment. Le fragment du courage est lui brisé en plusieurs morceaux, attendant qu'un valeureux héros fasse valoir ses droits.

Des centaines, voire des milliers d'années passent jusqu'aux fait d'armes du héros de The Wind Waker. Ganon s'est mis à la recherche de la descendante de la princesse, très probablement détentrice du fragment de sagesse et d'informations concernant le fragment de courage. Son oiseau de mauvais augure fera erreur et enlèvera la jeune sœur du héros au lieu de la jeune pirate Tetra qu'il poursuivait juste avant.

Après s'être fait littéralement expulser de la tour de Ganon vers le début de l'aventure, le héros sera sauvé par un bateau capable de parler. Le frêle esquif, qui dit s'appeler le Lion Rouge, guide le héros jusqu'à l'ancien royaume, où Tetra se révèlera être la descendante de la famille royale et le Lion Rouge nul autre que le roi ayant noyé son royaume dans le but de le protéger. Avec le fragment du courage reconstitué, Excalibur chargée du pouvoir divin et l'aide de notre nouvelle Zelda, le héros parviendra à transformer Ganon en statue de pierre. Mais l'ancien royaume restera bien englouti.

Il est très difficile de relier Wind Waker aux précédents épisodes. La carte a été purement et simplement remise à zéro par l'action du roi. On retrouve cependant la cascade Zora au nord-est, désormais devenue la montagne Piaf. Le peuple Piaf nous est d'ailleurs décrit comme l'évolution des Zoras. On aurait pu penser que les Zoras seraient à l'aise dans ce nouveau monde marin. Mais non. Peut-être que l'eau de mer leur est insupportable... Ganon a, lui, installé sa tour à un emplacement qui correspondrait à l'ancienne tour de A Link to The Past. Quant au nouvel arbre Mojo et ses Kokiris en bois, il semble repousser avec ses Kokiris de bois au pied de l'Arbre Mojo d'Ocarina of Time.