Vous devrez affronter Ganondorf à plusieurs reprises dans le jeu. Pour le vaincre, vous devez renvoyer les boules d'énergie qu'il vous lance avec votre épée, et tenir plus longtemps que lui. Frappez-le à l'épée dès qu'il s'écroule. A plusieurs, la boule sera renvoyée directement sur chaque personnage avant de revenir à Ganondorf.