Vaincre la team StarWolf
Vos adversaires sont aussi coriaces que dans Lylat Wars et vous donneront du fil à retordre si vous ne procédez pas correctement. Gardez toujours un oeil sur le radar pour garder une cible en ligne de mire, et essayez de locker un ennemi à distance pour booster la puissance du lock au maximum. Comme il est fréquent que les vaisseaux adverses passent derrière vous, utilisez le looping sans modération pour les prendre à leur propre piège. Le demi-tour et les accélérations vous seront également d'une grande utilité pour les empêcher de deniver vos trajectoires. N'hésitez pas à tirer sur les bombes pour récupérer des bonus de temps.
Vaincre Pigma
L'affrontement se déroule de manière assez particulière, puisque vous devez tirer sur les différentes cases d'un puzzle pour les retourner. L'objectif est de tirer jusqu'à reconstituer le visage de Pigma, tout autre motif conduisant à une contre-attaque. Ceci fait, vous n'avez que quelques secondes pour tirer sur la cible au centre avant que le puzzle ne se reforme. Le plus simple est de ne pas utiliser le lock qui risque de cibler les cases au lieu du coeur. Tirez dès que possible, car si vous attendez d'éviter la première attaque de Pigma, vous ne pourrez plus toucher le coeur.
Vaincre l'arme ultime
A la fin de la deuxième mission qui se déroule sur le soleil, vous devez vaincre un boss qui exige une méthode bien précise. L'engin dispose de deux réacteurs que vous devez détruire en passant par derrière. La difficulté vient du fait qu'il faut éviter à la fois les attaques des vaisseaux et les traînées laissées par les réacteurs. Placez-vous légèrement au-dessus et tirez sans discontinuer sur le réacteur apparent. Après les avoir détruits, aucune cible n'est visible. L'astuce consiste à tirer sur la partie supérieur de l'engin pour le faire pencher la tête la première dans la lave en fusion. C'est à ce moment-là seulement que celui-ci commencera à perdre de l'énergie. Tenez bon jusqu'à sa destruction totale.
Vaincre Andross
Le véritable combat commence après avoir éliminé le ver géant. Andross est protégé par trois boules d'énergie qu'il faut détruire le plus rapidement possible tout en évitant les projectiles. Lorsque les trois sphères sont neutralisées, placez-vous en face d'Andross et tournez sur vous-même pour lui renvoyer son laser. Il se peut que vous deviez le faire deux ou trois fois de suite avant de pouvoir viser la petite boule rouge qui apparaît alors au-dessus de sa tête. Recommencez l'opération ndepuis le début juqu'à ce que l'énergie d'Andross soit descendue de moitié. A ce moment-là, le boss change de tactique et vous oblige à passer par une série d'obstacles que vous devez à tout prix éviter tout en détruisant une nouvelle fois les trois sphères. Si vous y parvenez, vous accèderez à la dernière phase du combat qui consiste à tirer sur la boule rouge tout en freinant au maximum lorsqu'Andross tente de vous aspirer.