Après avoir atterri, traversez le pont pour trouver la dernière pile d'énergie sur la droite. Insérez-en d'ailleurs une dans un récepteur vide à gauche de la grande porte. Ceci va activer un panneau de contrôle sur lequel il vous faudra agir pour ouvrir la porte vous menant à l'accès du hangar A. Utilisez votre grappin pour traverser le précipice, puis tirez sur le cadavre bloquant l'accès au panneau de contrôle. Agissez sur ce dernier pour ouvrir la porte. Vous voici au module de réparation. Franchissez la porte au niveau inférieur au nord-ouest, et vous trouverez deux nouveaux récepteurs pour les piles d'énergie le long du mur est. Toutefois, ceux-ci sont obstrués par des plaques de métal. Effectuez des tirs chargés sur ces dernières pour les faire fondre, puis insérez les piles d'énergie dans chacun des récepteurs. Vous pouvez accéder alors au niveau supérieur, à partir duquel il vous faudra effectuer un saut en vrille jusqu'à la porte pour trouver une nouvelle expansion de missiles.
Retour au module de réparation. Montez la pente de la salle, puis suivez le couloir jusqu'à la porte en hauteur. Effectuez un tir chargé dans la vitre fissurée sur la droite pour la détruire. Sautez à travers, puis envoyez un autre tir chargé dans le coin en bas à droite de la porte fissurée pour révéler une petite ouverture. Roulez au travers et continuez derrière la porte. Vous voici alors parvenu à l'accès de sécurité. Tournez à droite et franchissez la porte qui mène au laboratoire médical alpha. Les débris d'en face bloquent l'accès au reste de la pièce. Tirez trois missiles pour nettoyer tout ceci et vous ouvrir le passage. Vous trouverez alors un petit panneau sur la gauche qui vous permet d'accéder à un tunnel. Utilisez votre grappin sur ce panneau, puis pénétrez à l'intérieur du tunnel pour trouver une expansion de missiles à la fin.
De retour au niveau de l'accès de sécurité, tournez à gauche et franchissez la porte pour rejoindre l'ascenseur auxiliaire. Il est pour le moment hors circuit, donc utilisez votre grappin sur le panneau le long du mur d'en face, puis tirez pour faire apparaître un récepteur. Placez à l'intérieur une pile d'énergie pour activer l'ascenseur. Agissez ensuite sur le panneau de ce dernier pour monter d'un niveau et franchir la porte. Utilisez la Boule Morphing pour glisser à l'intérieur d'un petit trou à gauche des débris, et poursuivez tout en bas du corridor, après les fenêtres, pour trouver quatre verrous jaunes. Utilisez les missiles à tête chercheuse sur ces derniers et continuez à travers la porte qui vous mène au laboratoire de xénorecherches. Suivez le couloir jusqu'à une porte cassée. Tirez un missile pour ouvrir la voie, et sautez à l'intérieur du laboratoire. Maintenant localisez le générateur non loin de là où vous avez atterri, puis utilisez votre grappin sur les deux panneaux pour révéler deux récepteurs. Insérez à l'intérieur de chacun d'eux une pile, ce qui révèle un tunnel pour la Boule Morphing. Rendez-vous à l'intérieur pour trouver une expansion de missiles pour votre vaisseau.
Continuez dans le tunnel en vous débarrassant des obstacles grâce aux bombes, et vous revoici alors au niveau de l'accès de sécurité. Revenez maintenant à la passerelle d'observation. La porte à votre droite manque d'énergie. Placez donc une pile d'énergie dans le récepteur à proximité, puis franchissez cette porte. Vous voilà à Jonction A. Franchissez la porte bleue sur la droite pour trouver une réserve d'énergie supplémentaire. Passez ensuite la porte verte à l'opposé de la pièce précédente. Gagnez maintenant la porte à l'autre bout de cette pièce. Vous voici maintenant dans la chambre de l'Aurora. Les deux récepteurs d'en face sont bloqués par une écoutille en dysfonctionnement. Montez alors sur la pente qui va suivre et tournez-vous pour faire face au mur contenant les deux récepteurs d'énergie. Vous devriez voir un mécanisme à travers l'ouverture. Tirez un missile sur ce dernier pour régler le problème, vous permettant d'accéder aux récepteurs. Placez une pile dans chacun d'eux pour faire descendre trois ponts. Ces derniers mènent à un ascenseur, mais pour l'atteindre, il va vous falloir une fois de plus éliminer un nouvel Incubateur Métroid. Vous pourrez le vaincre facilement en utilisant le viseur radioscopique et en tirant ainsi sur son point faible.
Rejoignez ensuite l'ascenseur pour franchir une porte. Dans cette nouvelle pièce, allez au bout pour franchir la prochaine porte. Agissez avec le panneau d'en face pour entrer le code 78356 (trouvé normalement sur le PDA à proximité d'un cadavre) afin de découvrir un message secret provenant de l'unité Aurora. Tournez-vous et utilisez votre grappin sur la station, pour lui envoyer de l'énergie.
{{uppage}}Une fois celle-ci énergisée, un terminal va apparaître. Utilisez le viseur radioscopique et entrez le code dévoilé pour obtenir le code pirate. Retournez maintenant à votre vaisseau et prenez la destination du centre de commandement pour commencer l'assaut sur la planète des pirates.