Mission 1
Vous devrez survivre sur 6 rounds avec Ratchet, et vous rencontrerez le King Ameboid au cours du dernier round.
Mission 2
Entrez et évites les lasers en progressant tout droit. Après vous être occupé de ces ennemis électrifiés, rejoignez l'entrée dans le mur rose, puis vous devrez vous charger d'ennemis flottants. Prenez garde à leurs explosions lorsqu'ils vous touchent. Allez tout droit en sautant et en planant vers la prochaine plate-forme. Occupez-vous de la tourelle et sautez pour planer une fois encore. Vous trouverez une nouvelle tourelle à détruire et un autre saut à effectuer. Après deux autres tourelles, vous atteindrez une plate-forme. Occupez-vous du comité d'accueil, puis activez le verrou de l'Omni Key. Ceci aura pour effet d'activer l'ascenseur. Franchissez les lasers grâce à votre stylo et allez tout droit en utilisant le "taille un short" sur les cordes afin d'éliminer quelques ennemis et révéler un boulon de titane. Occupez-vous du verrou sur le fond gauche de la pièce, ce qui activera les ventilateurs. Utilisez les vignes pour arrêter les ventilateurs, de manière à pouvoir sauter sur ces derniers. Évitez maintenant la vapeur et progressez jusqu'au prochain groupe de ventilateurs. Comme précédemment, sautez sur ces derniers après les avoir désactivés, puis allez en hauteur vers l'ascenseur pour continuer. Nettoyez le secteur pour accéder à un autre boulon de titane, puis repartez à gauche en évitant les tirs ennemis. Détruisez les tourelles pour ouvrir un autre chemin à emprunter. Évitez ou faites disparaître les lasers pour continuer d'avancer, chargez-vous des ennemis en avançant, et en les évitant au maximum bien qu'ils reviennent vers vous. Occupez-vous ensuite de la tourelle en premier, puis des ennemis. Grimpez un peu plus haut sur votre droite, tuez les ennemis, puis entrez dans le hangar maintenant ouvert.
Mission 3
Pour cette nouvelle mission de Quark, avancez en sautant sur les vaisseaux, puis sautez sur le contrôleur rond pour être projeté par-dessus les pointes. Continuez d'avancer et tirez sur le satellite pour libérer quelques nonnes. Empruntez ensuite le nouveau chemin et tuez les ennemis en avançant, pour ensuite arriver au bout et sauter plusieurs fois sur un cône, en libérant ainsi d'autres nonnes. Un nouveau chemin à emprunter s'ouvre alors, puis il vous faut le suivre et sauter à nouveau sur le cône. Comme précédemment, suivez le nouveau chemin et utilisez le canon pour briser le mur. Usez du prochain pour libérer davantage de nonnes, et il vous faudra maintenant affronter le boss. Pour le vaincre, continuez de sauter sur les citrons géants, en sachant que vous pourrez également le frapper mais que vos tirs n'auront sur lui aucun effet.