Mission 1
Il va vous falloir suivre Kingpin et sa bande en éliminant un à un silencieusement les gardes qui le suivent, sans bien sûr qu'il le remarque. Restez à une distance comprise entre 10 et 20 mètres, et dès que le moment vous le permet, appuyez sur triangle pour vous déguiser. Dès lors que l'un des gardes s'écarte du groupe, profitez-en pour aller l'éliminer furtivement. Après les avoir tous vaincus, continuez de suivre Kingpin jusqu'à ce qu'il s'arrête et qu'une séquence se déclenche. Suite à ceci, vous recevrez le Tanglevine Carnation. Dans la seconde partie de la mission, Kingpin sera accompagné de Jack et se mettront à courir tous les deux. Cependant, Jack sera légèrement à la traîne, et bombardera la rue. Évitez les marqueurs rouges sur le sol lorsqu'ils apparaissent, tandis que des petits robots viendront vous attaquer. Occupez-vous en, et continuez de poursuivre les échappés.
Mission 2
Cette mission se déroule sur une série de gondoles mobiles. Utilisez donc votre Tanglevine Carnation. Posez une bombe, puis déplacez-vous pendant que les plantes carnivores avalent vos ennemis. Vous devrez les replanter périodiquement bien sûr. Déplacez-vous ensuite de gondole en gondole pour récupérer des munitions supplémentaires ainsi que du Nanotech. Suite à ceci, vous serez attaqué par des missiles et il faut vous déplacer de la même manière jusqu'à ce que l'attaque cesse. Déplacez la caméra de sorte à apercevoir la gondole sur laquelle vous pourrez sauter, puis vous vous retrouverez à nouveau entouré d'ennemis. La fin du circuit vous mène dans une montagne, et il vous faudra sauter sur la falaise lorsque vous serez assez près. Grimpez jusqu'au rebord et sautez par-dessus les pôles mobiles, tirez ensuite une Tanglevine pour stopper la machine, puis dans la pièce suivante, continuez de vous déplacer de gondole en gondole. Vous trouverez un boulon en titane sur la gauche et la sortie sur la droite. Remontez sur les côtés et sautez d'avant en arrière pour éviter d'être écrasé. Dans le secteur suivant, sautez sur les gondoles pour atteindre un panneau de sécurité à pirater, ce qui fera disparaître le champ de force.
Mission 3
Dans cette mission, il n'y aura pas de réelle stratégie employée, si ce n'est que de tirer et de survivre. Déplacez-vous en tirant sur l'ennemi jusqu'à ne plus avoir de munitions, et renvoyez-lui ses bombes et ses cartes à la figure, jusqu'à ce qu'il soit vaincu.