Comme cela est précisé en introduction, il est difficile de passer à côté d'une quête optionnelle dans Time and Eternity, ces dernières étant matérialisées sur la carte du monde et la carte locale de Kamza par des icônes bleus " ? " et " ! ", le premier indiquant une quête attendant d'être acceptée et le second l'endroit où la quête peut être poursuivie et/ou finie. Vérifier le plan de Kamza à l'occasion et ouvrir l'oeil sur les cartes des différents niveaux traversés suffit donc à ne rien rater de la pléthore de quêtes proposée, et durant chacun des quatre chapitres, les icônes bleus caractéristiques apparaîtront à mesure que de nouveaux lieux deviendront accessibles.
Une grande partie des quêtes annexes peut se résoudre en un tour de main et se résument à accepter la mission auprès d'un " ? " et à aller parler au PNJ marqué d'un " ! " se trouvant soit à Kamza, soit au beau milieu de l'un des niveaux déjà visité ou bientôt disponible. A aucun moment Time and Eternity n'exigera que vous vous souveniez d'une quête acceptée plusieurs heures auparavant, à l'exception des trois séries de Hamsters à retrouver dans les Chapitres 1, 2 et 3. Pour trouver ces Hamsters en cavale, observez simplement les cartes des niveaux que vous traversez : chaque animal sera représenté par un losange bleu.
Le losange bleu peut aussi être utilisé sur la carte pour matérialiser un ou plusieurs objets de quête à rapporter à un PNJ. Il vous faudra souvent faire quelques détours pour les récupérer, mais un Spicy Candy pourra vous aider à ne pas rencontrer trop d'ennemis. Attention toutefois, car vous aurez parfois besoin d'affronter des ennemis spécifiques pour récupérer les objets qu'ils dropent (le nom de l'ennemi et sa zone d'habitat sont toujours rappelés dans la description de la mission). Certains objets de quêtes peuvent également se trouver dans des coffres lambda, matérialisés par les étoiles jaunes. Prenez donc là encore le temps de faire les détours nécessaires pour rafler le contenu de tous les coffres et aucun item décisif ne vous échappera.
Enfin, une dernière catégorie de missions vous obligera à venir à bout d'un certain nombre d'ennemis d'un certain type, le nom et le lieu étant là encore toujours précisés, et certaines quêtes vous enverront combattre des ennemis uniques matérialisés par un symbole de pique violet sur la carte. Pour vaincre ces adversaires souvent retords, utilisez vos sorts les plus puissants en les combinant à la magie du Temps pour accélérer vos actions ou immobiliser l'ennemi. Le sort Magic Boost permet également d'accélérer la chute des PV adverses. Pour finir, ne vous faites aucun soucis concernant les portails rouges que vous croiserez sans pouvoir les traverser : vous récupérerez les orbes correspondant sitôt qu'une quête annexe devra vous faire voyager à travers.