Vous débutez l'aventure dans le vaisseau de Samus. Commencez par appuyer sur l'indicateur rectangulaire situé entre vos jambes pour faire démarrer le vaisseau. Appuyez ensuite sur la console de transmission située au-dessus de votre tête, afin de reproduire le code indiqué en touchant les quatre symboles correspondants. Actionnez les commandes des propulseurs sur votre gauche, puis avancez la Wiimote vers l'écran. Approchez-vous maintenant des deux soldats qui vous font face et ils vous demanderont de calibrer votre arme. Tirez alors sur les quatre cibles face à vous, puis les soldats vous demanderont de rejoindre la salle de briefing. La porte vous faisant face étant fermée, montez la côte pour rejoindre celle de droite. Dans cette pièce, tirez sur les indicateurs rouges du mur de droite en effectuant un tir chargé. Ceci a pour effet de faire apparaître des pentes de part et d'autre de la salle, qui vous mènent à l'étage supérieur. Empruntez la porte de droite, puis poursuivez dans cette pièce jusqu'à trouver une nouvelle porte sur la gauche. On vous demande de maintenir le bouton "-" enfoncé, puis de placer le curseur sur l'icône située dans la partie supérieure de l'écran. Ceci a pour effet de déclencher le scanner, ce qui vous permettra, en maintenant la touche Z enfoncée, d'analyser énormément d'objets et d'êtres vivants. Ici, on vous demande de saisir un code d'accès, et vous trouverez celui-ci derrière vous, en scannant justement le terminal d'informations. Appuyez ensuite sur "obtenir le code", puis on vous donnera le code 13576 après vous avoir identifié. Placez-vous alors face au digicode, entrez les cinq chiffres, puis validez pour passer la porte.

Il va s'ensuivre une procédure dans laquelle les scientifiques vont vous analyser. Appuyez sur A au niveau du levier placé à gauche de la porte, puis tirez la Wiimote vers vous avant de la tourner dans le sens contraire des aiguilles d'une montre, pour ensuite la ramener face à l'écran. Vous devez maintenant pénétrer dans la zone de confinement afin qu'ils analysent votre ADN. Suivez les indications à l'écran, puis suite à l'analyse, effectuez une nouvelle fois la manipulation avec le levier et la Wiimote pour poursuivre derrière la prochaine porte. Traversez ce couloir, puis une fois dans la prochaine pièce, appuyez sur l'indicateur où une main est représentée. Ceci a pour effet de déclencher un hologramme au centre de la pièce. Approchez-vous de ce dernier pour activer l'ascenseur. Sortez de la pièce et avancez dans le couloir. Passez la porte de droite et vous vous retrouverez dans la salle de pilotage. Montez par les côtés de la pièce rejoindre l'étage supérieur et allez parler au garde qui se trouve face à l'entrée de la porte de gauche. Avant de pouvoir franchir la porte, il vous faut effectuer la maintenance de votre combinaison et sauvegarder. Franchissez donc la porte de droite pour aller ouvrir celle située à droite de ce couloir, qui vous mènera tout droit au point de sauvegarde.

Après avoir sauvegardé, retournez trouver le soldat, qui vous autorisera alors l'accès vers l'amiral. Une fois arrivé dans la pièce de ce dernier, vous remplissez votre premier objectif et une cinématique se déclenche. Suite à celle-ci, il vous faudra rejoindre votre vaisseau, mais tout en éliminant une flopée d'ennemis. Commencez par sortir de la pièce pour rejoindre la salle de pilotage. Redescendez pour sortir par la porte du bas, partez ensuite sur la droite après avoir éliminé deux ennemis. Poursuivez par la porte de gauche, allez ouvrir la porte au fond à gauche de cette pièce circulaire, et vous voici dans une salle où un vaisseau vient de s'échouer. L'écoutille s'étant refermée, faîtes machine arrière pour rejoindre la pièce précédente et des aliens vont alors s'emparer d'une pile verte. Éliminez-les un par un jusqu'à pouvoir récupérer cet objet et le placer sur son récepteur apparu, pour rétablir l'énergie. C'est alors que vous vous faites assaillir par d'innombrables ennemis rampants et qu'il vous faudra bientôt vous échapper par la trappe dévoilée à l'aide du "Boule Morphing" et poursuivre dans le tunnel. Suivez le chemin en faisant exploser les obstacles à l'aide de vos bombes, récupérez une réserve d'énergie au passage, placez une bombe pour effectuer un saut, puis vous vous retrouverez dans la Déchetterie. Reprenez votre forme normale pour scanner le petit écran digital que vous voyez à cet endroit. Ceci a pour effet de désactiver le verrou, au niveau duquel il faudra vous placer en mode "Boule Morphing" (utilisez la bombe pour sauter dans l'orifice, ou déplacez la Wiimote d'un coup sec vers le haut), puis utilisez enfin une bombe pour déclencher une nouvelle cinématique où Samus se retrouve un instant dans l'espace.

De retour dans le vaisseau, ouvrez la porte qui vous fait face pour vous retrouver dans une pièce avec de nouveaux ennemis, ce qui vous permettra éventuellement de vous familiariser avec le système de visée. Montez d'un étage en effectuant un double-saut comme indiqué à l'écran, puis, toujours en gagnant les hauteurs, franchissez la porte située tout en haut de la pièce. Derrière celle-ci, vous pourrez acquérir une nouvelle arme : le lance-missiles. Attention, les munitions sont bien sûr limitées. Redescendez maintenant tout en bas de la pièce pour aller exploser le débris de passerelle qui bloque l'accès au terminal de contrôle, en utilisant un missile. Placez ensuite votre main sur le terminal de contrôle pour ouvrir la porte et tirez ensuite sur les quatre lumières rouges qui apparaissent en hauteur. Détruisez alors cette barrière d'ennemis en commençant à chaque fois par celui éclairé en rouge, puis passez la porte de gauche si vous souhaitez sauvegarder. Posez votre main sur un nouvel indicateur à droite de la porte, puis vous vous retrouvez dans la salle de votre vaisseau. Vous allez devoir affronter le premier boss.

Boss : Berserker

Pour vaincre ce dernier, tirez sans cesse sur les parties de son corps éclairées de rouge, tout en esquivant ses projections de liquide bleu. Renvoyez-lui à la figure les boules violettes qu'il vous envoie, puis continuez à le mitrailler sur ses points faibles. N'oubliez pas non plus de sauter lorsqu'il frappera le sol en déclenchant des ondes de choc dévastatrices. Après être venu à bout de ce boss, avancez sous votre vaisseau, sauvegardez, puis entrez à l'intérieur. Appuyez alors sur le gouvernail situé entre vos jambes pour prendre la direction de Norion (module d'amarrage alpha).