Au chapitre 5, vous avez dit à Margarete qu'elle était un de vos ancêtres. Allez donner la pierre philosophale au Dr Wagner. Il vous demande de repasser dans dix jours pour voir les résultats de son expérience. Remontez. Wagner demande également à Margarete et Hugo de quitter la maison pendant dix jours. Sortez et téléportez-vous dix jours après. Revenez dans la cave de Wagner. Personne n'est là. Revenez au présent. Hugo vous appelle sur votre portable. Allez au Square. Hugo est là et il vous donne 20 minutes pour lui ramener l'Homunculus.
Pour la fin A
Allez en 1980. Homunculus est assis contre un arbre près de l'endroit où est inscrit Hauptstr., au sud de la carte. Parlez-lui et écoutez attentivement ce qu'il (elle ?) vous raconte, c'est un élément très important du jeu. Retournez dans le présent puis allez parler à la diseuse de bonne aventure. Choisissez de garder Margarete dans le présent. Il ne vous reste plus qu'à admirer la fin A.
Pour la fin B
Cette fin s'obtient à peu près de la même façon que la fin A. A la différence que vous n'aurez pas à aller voir la diseuse de bonne aventure avant de retrouver Hugo. Vous pouvez aussi avoir la fin B si vous choisissez de renvoyer Margarete dans le passé.
Pour la fin C
Retournez dans l'atelier de Wagner en 1584 puis retournez au square en 2001. Cette fin fait preuve de beaucoup d'humour noir...