Centre de commandement
Après avoir atterri, franchissez la porte droit devant vous. Filez jusqu'à la prochaine porte à travers le couloir, mais vous vous retrouverez bientôt stoppé par de résistants ennemis qui pourront rapidement être éliminés en Hypermode. Dans la pièce suivante, détruisez la tourelle qui descend du plafond grâce à l'Hypermode pour plus de facilité, puis ne vous souciez pas des deux portes, mais empruntez plutôt l'ascenseur. Sélectionnez l'étage le plus au-dessus sur le terminal de contrôle. Une fois à cet endroit, continuez dans ce couloir (en dépassant la première salle sur la droite) et franchissez la porte qui vous mène à une pièce dans laquelle il s'écoule une pluie d'acide. Il vous faudra éviter au maximum de vous faire toucher par cette dernière. Il se trouve une alcôve au nord contenant un tunnel que vous pourrez utiliser pour accéder à un autre secteur, et pour le rejoindre, suivez le couloir protégé par la pluie grâce au tube du dessus, afin d'atteindre l'endroit sans danger. Une fois ici, vous ferez face à plusieurs ventilateurs bloquant l'entrée de la bouche d'aération, et il vous faut tout d'abord couper le courant. Sautez alors sur le rebord du mur juste à droite des ventilateurs pour entrer en mode Boule Morphing dans le tunnel qui vous mènera à l'alimentation. Une fois à l'intérieur, effectuez un petit saut à droite et suivez le chemin jusqu'à ce qu'il se sépare en deux. En prenant la voie de gauche, vous pourrez trouver une réserve de missiles supplémentaires. Revenez au croisement pour prendre cette fois la route de droite jusqu'à ce que vous atteigniez une ouverture sur le côté droit. Glissez-vous à l'intérieur, puis sortez du tunnel pour aboutir dans une alcôve ronde. Une fois à cet endroit, emparez-vous de la troisième pile d'énergie fixée dans le mur pour couper le courant des ventilateurs. Empruntez ensuite le petit tunnel ouvert pour rejoindre l'endroit des ventilateurs.
Puisque vous avez coupé le courant vous pouvez maintenant rouler à travers les conduits d'air sans risque. Tombez dans le trou à la fin du couloir et continuez jusqu'à vous trouver devant une impasse. Ici vous ferez face à deux entrées de tunnel. L'une est bloquée par une écoutille, quant au tunnel droit, il vous mène à un endroit requérant une amélioration que vous ne possédez pas encore. Occupez-vous plutôt de retirer l'écoutille du tunnel gauche grâce à votre grappin, pour pénétrer à l'intérieur de celui-ci et suivre le chemin. Après vous être jeté dans le puits, vous vous retrouvez à un sous-sol où vous verrez des pirates de l'espace en train de travailler. Suivez tout d'abord le passage de droite qui mène à une petite alcôve contenant une nouvelle réserve de missiles, accessible par un petit saut. Revenez ensuite dans la pièce pour prendre le passage de gauche, empruntez l'ascenseur et continuez le long du tube. Vous arrivez finalement à la chambre forte de commandement, où vous pourrez trouver un tunnel couvert par une écoutille et un terminal que vous ne pouvez toujours pas utiliser. Heureusement, il y a au plafond un objet qui vous permettra de pouvoir utiliser ce terminal. Pour l'atteindre, empruntez le tunnel couvert par l'écoutille et regardez en haut. Vous allez trouver des lumières sur lesquelles tirer simultanément en utilisant le lance-missiles à tête chercheuse. Emparez-vous alors du viseur radioscopique.
Maintenant que vous possédez cette nouvelle capacité, déclenchez-la en appuyant sur la touche "-" puis en pointant la Wiimote en bas à gauche, ce qui vous permettra alors de voir apparaître les boutons sur le terminal. Appuyez simplement sur ces boutons selon leur ordre d'apparence au centre de l'écran. Après avoir entré le bon code, des explosifs vont alors apparaître au plafond. Il vous faudra en détruire un juste au moment où il passe le tunnel obstrué, afin d'ouvrir le passage et ainsi continuer à travers celui-ci. Vous vous retrouvez alors à l'accès du poste de défense. Sortez pour le moment par la simple porte bleue de gauche. Après avoir récupéré une nouvelle réserve de missiles, il va vous falloir déverrouiller la grosse porte, en regardant de plus loin cette structure sur laquelle vous venez de récupérer les missiles. Activez votre viseur radioscopique, puis vous verrez un emblème circulaire rouge qui se déplace en cinq endroits. Effectuez un tir à chacune des cinq positions, puis une fois que le tout est déverrouillé, placez-vous dans le slot apparu en mode Boule Morphing pour conduire la plate-forme de l'autre côté. Sortez maintenant par la porte pour prendre l'ascenseur. Dirigez-vous au niveau inférieur. Puisque vous avez maintenant le viseur radioscopique, vous pouvez ouvrir la porte à gauche de l'ascenseur.
{{uppage}}Agissez donc sur le terminal et entrez le code qui vous est proposé afin d'ouvrir la porte vers la salle de la carte. Après avoir obtenu cette dernière, vous allez recevoir de nouvelles coordonnées. Retournez à votre vaisseau, au point d'atterrissage Bravo, puis prenez la direction du centre de recherches.
Centre de recherches
Suivez le parcours jusqu'à la première porte. Activez l'ascenseur via le panneau de contrôle, puis montez d'un niveau. Une fois arrivé, vous allez trouver une grande écoutille bloquant le passage, donc il vous faut trouver une voie pour activer le panneau d'accès de l'autre côté. Tirez donc un missile sur une petite écoutille le long du mur gauche, ce qui révèle un tunnel dans lequel vous engouffrer. Effectuez un saut sur le tube de droite puis suivez le chemin jusqu'à une petite salle. Regardez à travers la fenêtre pour observer le panneau de contrôle, puis tirez quelques plasmas pour l'activer. Revenez maintenant en arrière pour passer l'écoutille qui bloquait précédemment le passage. Montez sur les plates-formes qui entourent la salle jusqu'à atteindre une impasse. Regardez alors au-dessus de vous pour repérer un petit rebord fluorescent en hauteur qui vous mènera à un petit tunnel, mais avant de l'atteindre, utilisez l'attaque en vrille à partir de cette plate-forme pour gagner une plate-forme plus lointaine sur la diagonale droite, qui vous mènera à une réserve de missiles supplémentaires au centre de la pièce, accessible grâce à un autre rebord fluorescent. Revenez ensuite sur la plate-forme précédente pour atteindre le petit rebord fluorescent en hauteur ainsi que le tunnel dans lequel vous engouffrer.
Posez une bombe dans le slot à la fin du tunnel pour élever une petite plate-forme et continuer le parcours sur des plates-formes mobiles. Continuez ensuite dans le tube jusqu'à atteindre la première obstruction. Une fois ici, allez tout d'abord récupérer la réserve d'énergie qui se trouve au bout du chemin du dessus, puis revenez à cet endroit pour faire sauter l'obstruction. Placez-vous alors dans un second slot et posez une autre bombe pour faire descendre un piston juste au-dessous, ce qui vous permettra de continuer. Sautez ensuite dans un autre tube à la fin et continuez jusqu'au bout de celui-ci. Dans cette salle, allez ressouder le circuit de gauche pour restaurer l'énergie du terminal central. Utilisez ensuite votre viseur radioscopique sur celui-ci pour ouvrir la porte et la franchir.
Maintenant entrez à nouveau dans le tunnel, puis dépassez les slots que vous aviez activés précédemment avec une bombe, pour entrer dans un tremplin. Utilisez la Boule Turbo pour prendre de l'élan et vous lancer en haut à droite. Laissez-vous ensuite tomber dans le premier trou sur la droite pour trouver un autre slot. Posez une bombe ici pour révéler un tunnel non loin de la base du tremplin. Revenez alors en arrière pour pénétrer dans ce tunnel. En sortant, un robot de sécurité va vous repérer et appeler des renforts. Éliminez le comité d'accueil pour sortir de la pièce en grimpant sur les plates-formes et continuez à travers la porte orange qui se trouve entre ces dernières. Une fois dans l'accès de conditionnement, rejoignez la porte suivante en vous changeant en Boule Morphing pour éviter des lasers invisibles que vous pourrez détecter en utilisant le viseur radioscopique. Après vous être occupé des 3 ennemis de cette pièce, un panneau de contrôle le long du mur sud va s'activer. Agissez sur celui-ci grâce au viseur radioscopique, et complétez des lignes pour révéler un ascenseur. Empruntez-le pour descendre d'un niveau et rejoindre l'embranchement de deux chemins.
Empruntez tout d'abord celui de gauche pour aller récupérer la quatrième pile d'énergie sur le mur, puis revenez pour prendre le passage de droite. Ressoudez le circuit pour activer un hologramme de Boule Morphing au niveau de la colonne centrale de la pièce principale. Reprenez ensuite l'ascenseur pour monter d'un niveau. De retour dans la salle principale, vous vous ferez attaquer par trois nouveaux ennemis. Après avoir éliminé ces gêneurs, allez récupérer une réserve de missiles au niveau de la vitre cassée de droite, puis repérez l'hologramme de Boule Morphing au niveau de la colonne centrale. Montez alors d'un niveau pour gagner un couloir qui vous mène à deux nouvelles salles. Prenez le passage de droite en explosant la porte avec un missile, pour aller récupérer justement une réserve de missiles supplémentaires. Il vous faudra ouvrir l'accès à un petit tunnel à l'aide d'une bombe, puis utiliser la Boule Turbo pour accéder aux missiles. Revenez dans la salle précédente pour prendre cette fois la porte orange et poursuivre votre route.
Une fois derrière la porte, regardez en hauteur pour tirer sur les quatre lumières jaunes en même temps.
{{uppage}}Sautez ensuite à cet endroit pour utiliser une attaque en vrille et rebondir contre les parois, vous permettant ensuite d'accéder à une plate-forme en hauteur, qui vous mène à la porte suivante. En entrant, une séquence se déclenche, vous révélant une amélioration dans un grand tube. Pour le moment, sortez par la porte opposée. Vous allez trouver le soldat en train de se faire assaillir par trois ennemis. Débarrassez-vous d'eux pour ensuite parler au soldat qui vous indiquera une route pour aller récupérer l'amélioration. Commencez tout d'abord par activer l'ascenseur en utilisant le levier (en face du soldat) avec la Wiimote, puis empruntez-le pour atteindre le toit. Il va vous falloir maintenant affronter ce soldat corrompu par le Phazon.
Boss : Gandrayda
Pour la vaincre, n'hésitez pas à la mitrailler lorsqu'elle a sa forme féminine, particulièrement en utilisant l'Hypermode. Lorsqu'elle adopte une des cinq autres formes que vous connaissez déjà, elle possède les mêmes forces et faiblesses que l'organisme original. Exploitez alors ces faiblesses pour infliger constamment des dommages. Ainsi, lorsqu'elle se transformera en berserker, tirez sur les boules violettes pour les lui renvoyer à la figure exposant ainsi son point faible à blaster avec l'Hypermode de préférence. Lorsqu'elle se transformera en alien volant, utilisez les missiles. Lorsqu'elle se transformera en nuée de volatiles, tirez dans le tas avec l'Hypermode pour récupérer un maximum d'énergie. Enfin, elle aura deux dernières formes : celle de Rundas (envoyez des missiles pour l'assommer, utilisez le grappin, puis mitraillez son point faible), puis celle de Ghor (utilisez les bombes entre ses jambes). Elle prendra enfin une forme additionnelle : la vôtre. Évitez ses attaques lasers à l'aide des sauts, puis contre-attaquez en Hypermode ou à l'aide de tirs chargés une fois que sa position est stable. Lorsqu'elle disparaît, repérez-la avec votre viseur radioscopique. Finissez le combat en tirant avec vos plus puissantes attaques jusqu'à remporter la victoire. Vous obtenez suite au combat le grappin électrique.
Vous pouvez utiliser votre nouvelle capacité pour débloquer certaines portes, comme par exemple celle d'en face. Effectuez la manipulation qu'on vous a indiquée, puis franchissez ensuite le passage. Vous recevrez bientôt un appel de l'Unité Aurora, puis il vous faudra regagner votre vaisseau pour faire route vers Elysia. Le chemin pour regagner le vaisseau est le suivant : suivez le couloir jusqu'à la station de transit 1-B, puis agissez sur le panneau de contrôle situé sur le mur (après l'avoir scanné) pour appeler le train. Actionnez ensuite, grâce à la Wiimote, le panneau de contrôle de ce dernier, une fois à l'intérieur. Vous vous retrouvez alors à la station de transit 1-A. En descendant du train, passez la porte au bout du couloir. Ouvrez la porte avec votre nouveau pouvoir pour poursuivre jusqu'à votre vaisseau et ensuite choisir le site d'atterrissage A d'Elysia comme prochaine destination.