Maintenant, si vous désirez sauvegarder, ressortez de la pièce, et activez les marques blanches lumineuses sur la grille tout à droite du couloir. Vous allez atteindre le sas d'entrée, et donc pouvoir revenir au point de sauvegarde. Sinon, au lieu de rejoindre le sas bleu, arrêtez-vous à celui de couleur noire juste après la grille. Activez-le avec votre nouveau rayon. Continuez puis ouvrez une autre grille avec des capteurs lumineux blancs. Scannez les ordinateurs, puis, une fois dehors, prenez la porte de droite. Vous rencontrez alors un nouveau type d'ennemi, le Pirate Grenadier. Essayez de ne pas rester trop éloigné de lui pour ne pas recevoir une grenade perdue, et abattez-le au corps à corps. Puis prenez la porte d'accès au Bio-Entrepôt au rez-de-chaussée de ce Centre de Commande. Une fois arrivé dans l'entrepôt, vous remarquez avec effroi que les larves Métroïdes se sont échappées ! Au nombre de deux, elles vont chercher à s'accrocher à vous coûte que coûte afin de vous aspirer de l'énergie. Le meilleure moyen de les tuer est de leur envoyer deux rayons chargés, puis un missile. Cela paraît beaucoup, mais elles demeurent très dangereuses. Si l'une d'elle se colle à vous, essayez de sauter, de tirer, ou d'appuyer sur R, pour les détacher. Montez alors au premier, et ouvrez la porte obscure. A vous les missiles supplémentaires. Revenez maintenant dans le Centre de Commande, et tirez dans le trou noir avec votre rayon sombre, dans le but d'activer le portail vers la dimension des ténèbres.
Une fois arrivé, commencez par tirer sur le point lumineux sur la droite afin d'activer une bulle de protection, puis faites de même sur le second. D'ici, retournez-vous, et tirez un missile sur l'espèce de statue rouge sur la colonne en face de vous. Elle apparaît en rouge vif sur votre scan. Puis, une fois cela fait, repérez une sorte de nuage sombre sur votre droite, autour d'un cristal. Tirez-dessus pour libérer une zone de protection. Puis, détruisez l'espèce de diamant révélé par la disparition de la statue avec votre rayon sombre. Une plate-forme s'affaisse. Montez dessus. Une fois en ce lieu, vous remarquez une Clé du Temple Sombre sur une plate-forme au-dessus de vous. Sautez tout d'abord sur celle en face de vous, de façon à prendre un peu d'altitude, puis de là, rejoignez la clé. Une fois arrivé, activez rapidement la source lumineuse en face de vous, puis, sur votre plan, repérez la seconde porte noire du niveau, juste au nord de votre position, en hauteur. Rendez-vous y, puis ouvrez ce sas sombre. Dépêchez-vous de passer afin de rejoindre le salutaire cristal. Avancez encore jusqu'au second champ de protection. Un Ing Guerrier vous attaque alors. Attendez qu'il s'approche des conteneurs de Phazon sur la droite, et détruisez-les. L'explosion l'assommera et vous laissera le temps de l'éliminer. Puis rejoignez la pièce suivante. Une fois arrivé, détruisez les trois ennemis sur la droite, puis prenez dans cette direction. Dépêchez-vous d'atteindre la porte bleue et de l'ouvrir afin de trouver une source lumineuse. Avancez dans le couloir jusqu'à atteindre une sorte de gros pilier bordé de lignes rouges. Là, faites-en le tour.
Une fois de l'autre côté, levez votre viseur et repérez l'espèce de cristal tout en haut du pilier. Activez-le comme précédemment avec votre rayon sombre. Une fois dessus, retournez-vous immédiatement, et repérez la source lumineuse sur la plate-forme. Faites un double-saut pour l'atteindre et enclenchez-la. Puis, tirez un missile dans la porte en face de vous. Vous arrivez dans une salle de sauvegarde. Enregistrez votre partie, puis continuez. Roulez dans le tunnel juste devant vous, jusqu'à arriver à une salle sous protection. Là commencez par détruire de rocher. Il est ici impératif de ne pas tomber dans le Phazon en bas de la pièce. De ce fait, utilisez une bombe pour rejoindre le chemin du haut. Une fois arrivé au trou vous empêchant de continuer, servez-vous d'une bombe pour vous propulser de l'autre côté. En fait il suffit d'appuyer dans la direction voulue juste après l'explosion. Après cette cascade à la Colt Sivers, poursuivez votre route. Ouvrez la porte, en faisant attention au Phazon. Une fois dans la salle suivant, prenez l'ascenseur. Ce passage est assez difficile du fait de la présence de Phazon au sol. Le principe pourtant est d'actionner trois interrupteurs dans la salle, disposés à des endroits assez fourbes. Le premier est assez simple à repérer, se trouvant sur votre droite dès votre arrivée, disposé sur l'espèce de pente, près de la source lumineuse. Le suivant nécessite de prendre les deux ascenseurs en prenant bien soin d'activer les sphères de protection. Une fois au plus haut de la salle via le second élévateur, regardez aux alentours jusqu'à apercevoir une plate-forme disposant d'une source lumineuse.
{{uppage}}Scannez l'interrupteur et redescendez. Le dernier repose enfin à l'est (gauche de l'ascenseur principal lorsque vous arrivez la première fois), et se voit dissimulé par des caisses, masquant également une source lumineuse.
Une fois la porte débloquée, en route pour l'aventure. Dans la salle suivante, commencez par activer les sources lumineuses, puis le cristal près de la Griffe Ing de gauche, masqué par la matière sombre. Passez rapidement dans cette pièce afin d'éviter les ennemis invisibles s'acharnant sur vous, afin de rejoindre la porte tout à droite, après la phase de plate-forme imposée. Ouvrez cette dernière, et sortez. Dès votre arrivée, allez sur la gauche, puis laissez-vous choir en contrebas. Une fois sous le champ de protection, éliminez les ennemis volants, puis activez les différentes sources lumineuses. Faites le tour des deux tours et tirez dans les cristaux disposés au sommet de chacune comme précédemment. Une fois les deux abaissées, servez-vous en comme d'un escalier géant, et montez sur les hauteurs de la salle afin de découvrir un sas sombre. Entrez et emparez-vous du Rayon de Lumière. Puis tirez sur la porte blanche avec ce rayon afin de sortir. Une fois dans la grande salle, détruisez les insectes collés sur les dômes de protection en tirant directement sur les cristaux sources avec votre nouvelle arme. Cela aura pour effet d'envoyer une décharge dans la bulle de lumière et de les tuer directement afin de récupérer des munitions sombres. Puis dirigez-vous vers la porte blanche tout en bas du niveau. ouvrez-la et continuez. Vous tomberez alors dans la salle suivante sur un Tisseur Ing. Inoffensif, et formant une toile, ce dernier ne peut être éliminé qu'avec le rayon de lumière.
Réitérez l'opération et rendez-vous dans la salle suivante. De retour dans cette pièce que vous connaissez bien, rendez-vous vers la porte noire juste au-dessus d'une blanche, comme vous pouvez le voir sur la carte. Là, rentrez et actionnez le sas lumineux qui s'ensuit. Une fois dans la salle, sautez dans la bulle en contrebas. Là, vous allez devoir livrer combat contre six guerriers Ing en grande forme. Pour les éliminer, préférez le rayon lumineux chargé, qui ne nécessitera que deux coups pour venir à bout de l'un de vos opposants. Si par hasard vous veniez à manquer de munitions, tirez simplement sur les plantes dispersées sur le côté de la zone de combat avec votre rayon sombre. Le reste du temps, esquivez les attaques, que vous connaissez maintenant bien, de vos ennemis, et restez tout le temps en mouvement. Un combat peu difficile qui vous permettra d'une part de scanner une nouvelle créature, celle attachée à la porte de lumière pour vous bloquer la sortie, et d'autre part de mettre la main sur la dernière clé du Temple Sombre. Maintenant, sortez par la porte blanche en face de vous. Avancez en actionnant au plus vite les sources de lumière, puis passez la porte suivante. Là, prenez garde aux tentacules qu'il vous faudra évidemment détruire avec le rayon de lumière. Sautez au dessus du lac de matière sombre, puis réitérez l'opération en prenant garde au temps limité des sources de lumière. Vous arriverez alors dans une salle que vous connaissez. Regardez sur votre carte l'endroit où se trouve la porte menant à l'Oasis Sombre (sur la gauche pour les feignants), et prenez-la. Une fois dans ce dernier et après vous être occupé de tous les ennemis, prenez le portail (P sur la carte) au fond de la pièce près des fûts de Phazon, non sans l'avoir activé avec votre rayon lumineux.