Dès votre arrivée, trois Pirates vous attaquent. Tuez-les, puis, empruntez le sas bleu désormais déverrouillé. Dans la pièce suivante, vous trouvez un mécanisme vous obligeant à utiliser votre forme de boule. Vous êtes habitué maintenant. A vous la recharge de missiles. Continuez ensuite jusqu'à la salle de sauvegarde par la porte juste en face de vous. Une fois en ces lieux, sortez à l'air libre. Vous revenez dans le Site d'Extraction. Là, grimpez sur la falaise jusqu'au grand pont suspendu. Juste avant ce dernier, sur un rocher, se trouvent des écrits Luminoth de couleur jaune. Lisez-les, puis descendez au sol afin d'ouvrir la grande porte auparavant cryptée de couleur ambre. Mettez-vous en boule, faîtes sauter le rocher, et avancez. Une fois au bout, vous rentrez dans une pièce contenant la carte des lieux, ce qui effectivement peut servir. Puis ressortez. Une fois dehors, dirigez-vous vers la porte en haut à droite du Site d'Extraction. La plus haute à l'Est si vous préférez. Une fois entré, glissez-vous par le trou dans votre forme de boule. Dès que vous vous trouverez au centre de l'espèce de grande sphère à l'extérieur, lâchez une bombe juste au-dessus de l'icône holographique représentant la morph-ball. Un canon vous propulse alors vers une nouvelle réserve d'énergie. Continuez tout droit, et vous arrivez dans le Site d'Extraction A. Une fois arrivé, faîtes attention aux nouveaux ennemis sous forme insectoïde, apparaissant avec moult flammes. Peu dangereux ils ne méritent que d'être scannés. Grimpez sur les piliers au centre de la salle, puis rejoignez les hauteurs du niveau. Une fois arrivé, suivez le rebord de la falaise sur la gauche, puis repérez l'espèce de statue aux teintes orangées placée devant une grille. Grimpez dessus, et sautez dans l'ouverture disposée juste à votre gauche dans la falaise. Allez au bout du couloir, et lisez les écrits sur le Cataclysme. Puis actionnez l'interrupteur juste derrière-vous. Redescendez sur la statue, et sautez vers le sas bleu nouvellement mis à jour. Avancez dans le tunnel, jusqu'à apercevoir un Pirate de l'espace. Abattez-le, puis occupez-vous du second dans la foulée, tout en restant hors de portée des tirs. Ou alors, utilisez les espèce de caisses bleues près d'eux. Si l'un d'elles explose, vos ennemis seront vaporisés. Puis ouvrez la porte et entrez.

Vous allez devoir livrer un combat acharné contre des Pirates en grande forme. Occupez-vous d'abord des deux au sol, en vous servant des obstacles pour échapper aux tirs. Puis, éliminez celui qui vous canarde depuis un petit renfoncement juste au-dessus. Avancez alors au centre de la salle. Vos amis se décident alors à rentrer dans des canonnières. Un peu violente comme réaction. Leur cadence étant très faible, esquivez un premier tir, et faîtes feu durant quelques secondes pour en venir à bout. Réitérez l'opération jusqu'à une complète disparition, puis avancez. Il vous faut découvrir une arme Luminoth. Dans la salle suivante, détruisez une plaque métallique dès votre entrée, sur la droite. Sous forme de boule, descendez dans le sous-sol, et détruisez les caisses. Passez maintenant par le trou que vous venez de découvrir. Lâchez une bombe lorsque vous êtes bloqué, puis continuez. Vous arrivez dans une salle pleine d'ennemis. Heureusement, ils ne vous repèrent pas. Avancez prudemment, en évitant les arcs électriques. Si vous désirez quelques missiles en plus, dirigez-vous sur la droite, et dans le cas inverse, afin de lancer les hostilités, allez à droite. Attendez toutefois que la majorité des Pirates se soient envolée par le trou dimensionnel. Eliminez les deux restants, et scannez tout ce que vous pouvez dans cette pièce. Vous apprendrez bien des choses effrayantes pour la suite des évènements. N'oubliez pas les deux panneaux de contrôles situées dans une cabine en hauteur. Puis, dirigez-vous vers l'ascenseur à gauche. Actionnez l'interrupteur et montez. Une fois en haut, éliminez le Pirate de l'espace, ce qui aura pour effet de débloquer une porte. Avancez vers elle, puis tuez le second Pirate dans la cabine de commande. Scannez les ordinateurs, puis entrez par le sas. Vous apercevez alors votre alter ego sombre. Néanmoins les portes menant à lui sont soumises au rayon sombre. De fait, prenez la voie de droite. Vous arrivez à une porte. Ouvrez-la et entrez dans le Centre de Commande surélevé. Analysez l'ordinateur principal. La grande porte au rez-de-chaussée s'ouvre gentiment. Rendez-vous en ce lieu afin de passer par la sas bleu.

Dès votre arrivée, deux tourelles vous accueillent. Lockez l'une d'entre elles, puis cachez-vous derrière le renfoncement de droite en attendant. Dès qu'elle a fini de tirer, jetez-vous et détruisez-la.

{{uppage}}Effectuez la même manipulation pour la seconde. Ensuite, passez les capteurs lasers en vous fiant à leur timing, ce qui n'est pas très difficile. Passez la porte pour parvenir dans une pièce exploitant des larves Metroïdes. Profitez de ce retour inopiné pour abattre le Pirate de l'Espace bien décidé à vous tuer. Une fois débarrassé, allez au fond de la salle, et activez l'ascenseur. Une fois à l'étage, méfiez-vous des deux Pirates, et avancez vers le bassin en face de vous. Observez les Métroïdes manger un de vos ennemis, puis rejoignez le chemin sur la droite. Ouvrez le sas. Détruisez la tourelle qui apparaît soudainement dans le couloir, et continuez jusqu'à un mécanisme que vous connaissez bien. Entrez, lâchez une bombe, et prenez la nouvelle porte. Une aussi grande pièce ne peut pas être honnête. Effectivement, deux Pirates munis de Jetpacks vous assaillent. Tuez les en faisant attention à l'endroit où ils s'écrasent, cela pouvant vous occasionner de gros dégâts. Puis, scannez tous les alentours, et activez le mécanisme débloqué. Une fois cela fait, vous pouvez contrôler les blocs via les consoles juste en face d'eux. Les flèches vers le bas pour les faire descendre, et celles vers le haut pour le contraire. Si vous voulez récupérer le tank d'énergie, abaissez trois fois les blocs de droite, deux fois ceux du centre, et une fois ceux de gauche dans le but de faire un escalier. Puis effectuez le contraire dans le but d'emprunter le sas bleu amenant à la sortie. Propulsez-vous ensuite dans le trou sous forme de boule, et avancez. Puis, progressez tranquillement à l'aide de vos bombes en empruntant la voie du haut. Attendez patiemment l'arrêt des lasers pour passer, et détruisez consciencieusement les blocs vous gênant. Ce passage, malgré son côté labyrinthique est très simple et ne devrait vous poser de problèmes. Sortez par le tunnel, puis lancez un missile sur la porte. ans la salle suivante, sauvegardez (enfin !). Maintenant sortez par la porte bleue. Une fois dans la salle suivante, détruisez les deux tourelles qui vont apparaître, et scannez le mur à gauche.

Bourré de fissures, il ne vous reste plus qu'à le détruire avec un missile. Avancez alors dans le couloir et ouvrez la porte bleue. Vous voilà face à votre pire cauchemar, vous. Ou plus précisément Dark Samus. Ce combat, assez épicé, risque de vous faire chanceler plusieurs fois. Tout d'abord, sachez que votre double possède une vitesse de déplacement assez fulgurante, aboutissant parfois à vos pieds sans que vous en rendiez compte. Ce dernier possède dans la première moitié du combat trois attaques. La première est une sorte de rayon bleu semblable à votre arme par défaut, composé de Phazon, qu'il vous envoie à mi-distance. Cet assaut est l'un des moins dangereux, et le plus simple à esquiver. D'ailleurs vous pouvez utiliser les piliers de la salle pour vous protéger, sans jamais rester statique bien sûr. En revanche sa seconde attaque est beaucoup, mais alors beaucoup pus meurtrière. Il s'agit en fait d'un missile guidé, qui vous causera un nombre important de dégâts si vous ne parvenez pas à l'éviter. Mais n'ayez crainte, vous vous en sortirez indemne si vous straffez continuellement en observant bien la trajectoire du projectile. Dark Samus peut également courir vers vous et vous frappez grâce à une salve d'énergie. Pas très puissante, cette attaque est en revanche délicate à parer du fait de la vitesse de votre adversaire. Mais maintenant il s'agit de lui monter vos talents. Le principe est en fait de ne tirer sur elle que lorsqu'elle n'est plus entourée d'un halo bleu sombre, annulant vos coups. Bougez sans cesse et réenclenchez le lock dès que vous perdez votre cible. Dès que celle-ci ralentit un tantinet la cadence pour tirer ou pour viser, décochez-lui un missile. Une fois sa barre de vie bien entamée, votre amie bien sombre va sérieusement s'énerver et déclencher sa vraie force de combat. A partir de maintenant, Dark Samus peut se servir de deux nouvelles capacités. La première est un saut groupé dans votre direction à très grande vitesse, se révélant fort douloureux, et la seconde est une évolution du lancer de missile. Si ce coup était autrefois dévastateur, il en devient redoutable, et peut même détruire les piliers vous servant de cachette ! Tentez d'esquiver ces roquettes en repérant le moment où elles vont partir. En fait, à cet instant, votre adversaire saute très haut dans la salle, et vous suit avec son canon. Feintez-le et surtout progressez avec dynamisme. Opérez comme précédemment, et au bout de quelques minutes, et de quelques barres d'énergie, vous devriez en venir à bout. Une fois tout cela réglé, un ascenseur va apparaître au fond de l'écran. Prenez-le. Une fois en haut, rejoignez la seule porte ouverte et emparez-vous du Dark Beam.