Avancez tranquillement jusqu'à atteindre une longue salle d'où vont s'envoler une multitude de créatures ailées pas vraiment agressives. Là, allez à gauche à travers le trou dans le mur si vous désirez sauvegarder, ou bien continuez tout droit pour un peu plus d'action. Pour la peine, vous avez le droit à un boss. Vous débutez d'abord par une confrontation avec les mêmes créatures que celle vous ayant attaqué près du vaisseau de vos amis. Peu difficiles à battre, ces dernières ne sont là que pour vous affaiblir. En effet, juste après, un insecte géant les remplace sur le pied de guerre. Il suffit alors de le locker, et de bouger tout en petits sauts, à l'aide du bouton "B" et d'une direction. Tirez quelques petites salves sur lui, et il va soudainement se transformer en un ennemi plus redoutable. ce dernier a deux attaques. La première consiste à cracher du poison dans votre direction, assez simple à éviter avec un pas chassés rapides sur les côtés. La seconde quant à elle, intervenant juste après la précédente, est en fait un grand saut destiné à vous déstabiliser. De fait, il ne faudra recommencer à tirer qu'après ces deux assauts successifs, dans le but d'éviter avec soin les charges de ce monstre. Une fois ce dernier vaincu, vous capturez un artefact alien qui s'insère en vous. Puis, sortez par la seule porte bleue en activé. Une fois dans l'étroit couloir, actionnez l'interrupteur tout au bout, sur la gauche, puis utilisez l'ascenseur. Avancez, et vous allez rencontrer un autochtone peu joyeux.
Ce dernier vous explique la séparation de leur monde entre la lumière et les ténèbres à cause d'une distorsion de l'espace-temps. Désormais, l'obscurité prend le pas sur toute chose via les Ings, créatures sans pitié. Il est de votre devoir, vous, le nouveau porteur du terminal énergétique, de déverser l'énergie volée dans l'univers abyssal vers celui de la lumière. Pour ce faire, vous pouvez désormais ouvrir les portes codées de couleur violettes. Lisez les inscriptions codées sur le mur derrière vous, puis repartez vers l'ascenseur. Une fis en bas, revenez dans la salle du boss, et utilisez la sortie codée en violet. Avancez. Détruisez les espèces de nuages vous lançant des décharges électriques, puis passez la porte. Une fois dans la salle suivante, actionnez le mécanisme. Prenez alors ce nouvel ascenseur. Vous parvenez de ce fait dans les Terres Du Temple. Avancez, scannez la porte pour passer, puis sortez à l'air libre. Vous devez bien entendu reconnaître cet endroit pour y être passé précédemment. Une fois sur les lieux, dirigez-vous vers le fond du décor, en direction de la porte rose. Avant cela, prenez garde à bien éliminer les Splinters possédés par les forces des ténèbres. Tirez un petit missile dans la sortie, et en avant ! Vous empochez un container d'énergie, très pratique pour ne pas mourir au premier cloporte gant venu. Ressortez maintenant, et partez en direction du tunnel possédant un cristal violet, sur la gauche. Continuez, éliminez les ennemis, et passez par le trou sous forme de boule, poursuivez encore droit devant jusqu'à atteindre le site industriel. Vous arrivez sur les hauteurs de ce denier. Descendez de ce fait jusqu'au sol, et déverrouillez la porte codée en violet. Scannez le cadavre de Luminoth, et poursuivez. Passez dans le long et magnifique passage suspendu, et entrez. Allez jusqu'au bout de la falaise, et regardez sur la droite. Vous apercevez une écriture codée sur le mur. Analysez-la. Après avoir admiré le paysage, retournez-vous et actionnez le mécanisme. Mais avant de prendre l'ascenseur, détruisez la toile sur la droite. Pénétrez dans le passage et capturez la réserve de missiles. En route pour le Désert d'Agon.
Une fois sur place, éliminez les différents ennemis, et n'oubliez pas de scanner les plantes dès votre arrivée. Continuez. Une fois dans une grande étendue désertique, avancez prudemment. En effet, des vers des sables vont s'en prendre à vous. Très résistant, il vous projette du poison dans trois directions différentes. Sautez pour éviter cette attaque, et tirez dans l'oeil de ces derniers afin de les détruire définitivement. Poursuivez dans les dunes jusqu'à arriver à une porte rose amenant à une salle de sauvegarde. Puis, une fois la partie sauvée, montez sur les espèces de grandes marches jusqu'à atteindre un tunnel requérant une transformation en morph-ball. Au bout du chemin, vous arrivez dans un coulée de sable. Ne vous laissez pas emporter, et remontez le courant. Une fois dans la nouvelle salle, sortez. Vous arrivez dans un cul-de-sac. Revenez dans la pièce principale à l'extérieur. Avancez sur la droite en faisant attention aux vers des sables, puis sautez sur la plate-forme collée à la paroi rocheuse sur votre droite.
{{uppage}}Montez jusqu'à atteindre une sorte de grosse pierre à la verticale. Tirez un missile dans la fissure à sa base, ce qui aura pour effet de la faire chuter et de vous créer un pont. Détruisez les chauve-souris et avancez. Faîtes tomber le second pilier, et poursuivez votre route. Vous arrivez devant une grille que vous ne pouvez pas traverser. De ce fait, retournez-vous, et sautez sur la plate-forme un peu plus en hauteur que vous, près des espèces de plantes. Une fois ici, sautez une nouvelle fois vers l'avant, et vous atteindrez une sorte de pont. Tuez les chauve-souris, puis allez jusqu'au sas. Roulez-vous en boule dans la pièce suivante, et prenez le conduit. Enfin, passez la porte bleue. Vous arrivez dans une salle avec des piliers. Immédiatement, des Pirates vous attaquent. Deux salves chargées suffisent, mais ils sont assez nerveux. Evitez leurs tirs, et arrangez-vous pour vous cacher derrière les colonnes. Une fois les trois comiques éliminés, allez au fond de l'environnement, afin d'atteindre une plate-forme accessible. Continuez votre ascension, puis, lorsque vous êtes assez haut, sautez sur les piliers centraux.
Eliminez les espèces de crustacés en brisant au préalable leur coquille avec un missile. Continuez vos sauts acrobatiques, jusqu'à arriver en face, sur la terre ferme. Avancez sur la gauche, jusqu'à un pilier devant lequel se trouve un crustacé. Tuez-le et détruisez le monolithe. Servez-vous de ce pont de fortune et atteignez la porte rose. Utilisez un missile puis entrez. Abattez les chauve-souris, puis passez la grande porte. Vous arrivez dans une grande arène qui ne signifie rien de bon. Un simple ver des sables vous attend, mais se transformant bientôt en une créature bien plus dangereuse. Le principe est assez simple. En fait il suffit de straffer autour du monstre afin de toucher son point sensible, la queue. Néanmoins, il faut bien faire attention aux bombes qu'il lâche sur votre chemin. Une fois quelques coups reçus, notre bon ami lève soudainement la tête avec une sorte de fumée s'exhalant de sa gueule. A ce moment tirez sur cette dernière afin de lui causer de véritables dégâts. Privilégiez les missiles pour un combat moins long. Juste après cet assaut, le boss va cracher une multitude de boules explosives autour de lui, rebondissant un peu partout sur le terrain. Restez à distance afin de les éviter, puis réitérez vos tirs. Une autre de ses attaques consiste en une soudaine attaque physique à votre encontre. L'esquive est simple, mais il est difficile de retrouver le lock ensuite. Sautez dans l'espoir d'évitez votre ennemi, et continuez. Une fois ce dernier défait, récupérez les bombes pour la morph-ball.