Une fois dans la Salle d'Armes, cassez l'espèce de grande glace avec une bombe de puissance, et prenez la porte à l'est de la pièce. Passez par l'Accès à l'Ascenseur en direction d'Agon, puis prenez ce dernier. Une fois à destination, quittez la pièce et rejoignez le Conduit de Ventilation A. Continuez en direction de l'est afin de parvenir au Portail des Pirates dans le Centre de Commande.
Vous arrivez donc dans le Désert d'Agon Sombre. Une fois sur les lieux, prenez la sortie ouest tout en haut de la salle. Dans la pièce suivante (Champ de Bataille), éliminez les Guerriers Ing, puis chaussez votre viseur sombre pour repérer des plate-formes invisibles. Commencez par sauter sur les trois premières, puis bondissez sur la corniche juste à côté afin d'atteindre la plus haute par la suite. Repérez le Ing invisible et tuez-le pour récupérer une autre Clé. Revenez donc désormais à l'endroit où vous êtes arrivé. D'ici allez au sud jusqu'au Puits d'Alimentation. Ici, plongez dans l'eau sombre et rendez-vous au fond afin de découvrir une extension pour bombes de puissance. Maintenant dirigez-vous vers le Site de Phazon. Montez sur la plate-forme la plus élevée, puis effectuez une attaque en vrille jusqu'à la porte grisée. Utilisez alors votre Rayon Annihilateur pour ouvrir cette dernière. Vous trouvez de ce fait une bien belle chose, la Déflagration Sonique. En route pour l'Oasis Sombre. Utilisez sur place une bombe de puissance afin de faire écrouler le mur, puis plongez dans l'eau sombre. Là prenez votre viseur sombre et repérez le Ing invisible détenant une Clé du Temple du Ciel. Emparez-vous en et repartez en direction du Portail.
Vous atterrissez dans le Réacteur Principal. D'ici, rejoignez le Canyon de Sable. Une fois sur place, utilisez l'attaque en vrille pour rejoindre l'espèce d'île au milieu de la "pièce". Utilisez alors une Bombe de Puissance pour détruire la structure érigée ici, afin de récolter une extension pour ces mêmes bombes. maintenant en route pour la Station d'Extraction. Une fois sur place, équipez-vous de votre viseur écho afin de repérer trois petiots drônes oranges. Détruisez-les et utilisez l'attaque en vrille pour accéder à la porte désormais ouverte et à son extension d'énergie. Maintenant allez à l'Ascenseur des marais de Torvus. Une fois les pieds dans l'eau allez jusqu'à la Vision Méditative. Utilisez alors l'attaque vrille pour rejoindre la plate-forme mouvante au loin. Vous y trouverez une extension d'énergie. Allez maintenant au Pont Oublié et utilisez-y le Portail.
Votre objectif ici est de rallier le Marais Empoisonné. Plongez dans ses eaux nauséabondes et équipez-vous du viseur sombre. Repérez alors le Ing invisible détenant l'une des Clés. Prenez-la. Maintenant, revenez à un Portail.
Une fois dans le monde de la lumière, dirigez-vous vers la Station de la Dynamo Hydraulique. Là, descendez tout au fond de l'eau dans la Station Principale, et prenez le Portail affiché sur votre carte.
Servez-vous de votre attaque en vrille pour rebondir sur les murs, et continuez votre ascension jusqu'à obtenir une extension de missiles. Reprenez le Portail, et en route pour les Catacombes.
Une fois sur place, utilisez votre Rayon Annihilateur sur la porte grise. Avancez, et vous découvrirez un petit tunnel. Roulez et continuez à avancez jusqu'à apercevoir un mécanisme pour boule. Actionnez-le, et d'ici, lâchez une bombe pour sauter et rentrer dans le second tuyau actionné par l'eau. Continuez sur la droite et effectuez la même manoeuvre pour le prochain tuyau. Rejoignez le prochain mécanisme pour bombe et actionnez-le. Puis laissez-vous tomber dès votre arrivée et allez sur la gauche. Utilisez une bombe pour rentrer dans ce tuyau, et continuez ces manoeuvres en allant en haut, puis à droite, ,et en fin tout en haut à droite. Vous obtiendrez alros une extension de missiles. Revenez aux Catacombes et passez le Portail.
Une fois dans le Donjon, laissez-vous tomber dans l'eau devant vous. Juste en bas, vous pouvez alors voir une sorte de petit robot. Tirez-lui dessus avec votre rayon lumineux, et roulez dans le trou qu'il libère en se mouvant. Vous découvrez alors un autre robot. Faite de même. Néanmoins, cette fois, mettez votre viseur sombre et vous repérerez la dernière Clé du Temple du Ciel. Reprenez du coup le Portail.
Maintenant, le but est d'aller livrer le combat final. Pour revenir plus vite, servez-vous des rayons lumineux. Rendez-vous au Collecteur d'Energie de Torvus, et sautez dans le rayon de lumière. Il vous sera alors demandé si vous désirez revenir au Grand Temple. Acceptez bien entendu. Une fois sur place, prenez l'Ascenseur C, et revenez à votre vaisseau si vous désirez sauvegarder et surtout vous refaire une santé.
{{uppage}}Maintenant rejoignez le Chemin des Yeux et empruntez-y le Portail.
La fin se rapproche. Avancez doucement dans le hall du Temple du Ciel, et continuez votre marche vers la destinée. Marchez alors vers la lumière et déposez l'ensemble de vos clés. Un rayon lumineux surgit. Pénétrez à l'intérieur pour continuer votre progression. Vous arrivez enfin au Collecteur d'Energie du Temple du Ciel. Collectez l'énergie dans cette architecture totalement renversée du Grand Temple et rejoignez la Station de Sauvegarde en utilisant les diverses plate-formes. Maintenant, rejoignez la lointaine porte pour continuer. Dans la salle suivante utilisez les murs pour votre ascension en effectuant des rebonds de chaque côté, comme précédemment. Une fois en haut, avancez et préparez-vous à un duel en bonne et due forme. Vous voici donc face à votre ultime ennemi, relativement long à battre et assez fourbe. Pour vous laisser profiter de cette rencontre finale je ne vous révélerais qu'une chose sur votre duel final, ne baissez pas les bras après avoir tué ce que vous pensez être le boss de fin. Il faudra en effet ensuite vous échapper en moins de huit minutes en reprenant le chemin par où vous êtes venu, et un rayon lumineux afin d'aller plus vite. Là, un dernier boss vous attend. Qui ? Je vous laisse la surprise. En tout cas, préparez-vous au combat pour la vérité. Est-ce la fin de la saga Metroid Prime ? L'espace est bien trop grand pour cela.