Vous arrivez dans les Terres d'Entraînement. Repérez le petit trou par lequel les Barbillons Nocturnes s'envolent, et passez par ce dernier lorsque le danger est écarté. Grimpez jusqu'à une corniche. Là sautez de plate-formes en plate-formes jusqu'à la porte bleue. Empruntez alors le tunnel jusqu'à un autre sas bleu. Passez-le prenez le Portail.
Avancez tranquillement jusqu'à un tunnel et roulez. Faites bien attention aux oiseaux qui arrivent par vague, et détruisez les pierres vous bloquant le chemin. Vous parvenez enfin à la Station d'Extraction B, devant un nouvel item. Vous récupérez l'Explosion Sombre. Maintenant, retournez au Temple d'Agon. Prenez la porte blanche et courez jusqu'au Réacteur Principal. Là, utilisez votre boule araignée afin de descendre par la rampe. Repérez alors une autre rampe et montez en direction des pistons en haut de la salle. Le but du jeu est en fait de vous accrocher à chacun d'entre eux grâce aux petits morceaux de rampe araignée qui y sont disposé. Il vous suffira ensuite de passer de l'un à l'autre par propulsion en attendant bien le moment opportun. Une fois de l'autre côté, repérez la vitre à terre. Lâchez une bombe de puissance et récupérez les missiles. Puis repartez par la porte bleue en direction du Traitement du Sable. Une fois sur place, détruisez les canons, et servez-vous du revêtement en dessous comme d'une piste de vitesse en "U". Prenez donc de l'élan et sortez à droite. Empruntez le tunnel et activez le mécanisme. Le sable se vide, révélant un supplément de missiles. Remontez alors à la porte bleue, puis rejoignez la Production de Bio-Energie. Tuez les quatre larves métroïdes présentes, puis activez les "pistons" avec l'interrupteur. Là, allez au nord-ouest du niveau avant de prendre une rampe araignée. Suivez-la en veillant bien à ne pas tomber, puis vous arriverez à une succession de saillies possédant une rampe et nécessitant une propulsion. Commencez donc à avancer vers la droite et à la troisième rampe araignée, jetez-vous en face, vers une rampe ascendante. Continuez à montez et vous arriverez en face de la rampe d'un des "pistons". Collez-vous à cette dernière, puis faites en le tour. Une fois de l'autre côté, propulsez-vous une dernière fois droit devant vous pour atteindre une porte verte. Et hop des missiles ! Maintenant rendez-vous à L'ascenseur des Terres du Temple. Et oui, ce n'est pas tout près. Une fois à la surface, dirigez-vous vers le Site d'Assemblage du Temple. Dès votre arrivée, prenez le Portail.
Vous arrivez dans la Plaine du Culte Sombre. Passez par la porte violette. Suivez le couloir et vous accédez au Lac Maudit. Là, mettez votre viseur sombre et repérez l'Ing invisible. Détruisez-le et récupérez une Clé du Temple du Ciel. Reprenez alors le Portail.
Allez désormais à la Chambre de la Dynamo. Faites exploser les portes gênantes avec vos bombes de puissance, et repérez le mur endommagé entre les deux. Détruisez-le de la même manière et vous empocherez une extension pour ces bombes. Maintenant revenez sur vos pas, et rendez-vous à la Porte de la Chambre du Vent. Une fois sur place, utilisez le canon à boule, et détruisez la porte jaune. Dans la salle suivante, utilisez le Portail Sombre.
Dans cette pièce, vous allez devoir faire tourner chacun des quatre étages de la tour juste en face de vous. Le but du jeu est de les placer chacun dans la direction du sud grâce aux mécanismes au sol. Vous verrez aisément la réussite de votre projet lorsque chaque strate arborera une couleur dorée. Plus clairement, dès qu'un étage revêt cette teinte, vous pouvez arrêter de le faire pivoter. Passez de plate-formes en plate-formes grâce aux canons à boule, et une fois l'ensemble des étages activé, revenez à votre endroit d'arrivée. Là, visualisez les quatre plots violets et détruisez-les en même temps pour activer complètement la structure. Faites la même chose en orientant cette fois-ci les blocs vers le nord, afin de les faire tous devenir bleus. Puis détruisez les plots violets. Désormais revenez dans le monde de la lumière.
Votre action a libéré des crochets pour votre grappin. Repérez le canon à boule au nord et rendez-vous y prestement. Là, ce dernier va vous éjecter au centre de la structure. Une fois en ce lieu, ramassez votre nouvelle arme, l'Explosion de Lumière. Vous allez alors vous faire attaquer par deux Pirates Sombres. Tuez-les, puis revenez maintenant à l'Ascenseur des Marais de Torvus. Une fois les pieds dans l'eau, rejoignez le Grand Pont. Propulsez-vous grâce au canon à boule, et une fois sur le pont, faites exploser les rochers derrière-vous. Cela débloque un tunnel vous menant à une extension de bombes de puissance.
{{uppage}}Faites exploser également le caillou qui vous barre la route dans le conduit pour créer un raccourci sympathique. Maintenant, allez prendre le Portail au Pont Oublié.
Rendez-vous donc à la porte jaune afin de continuer votre progression. Une fois dans la salle suivante, vous rencontrez un Phlogus. Attendez bien qu'il ouvre sa gueule pour faire feu et ainsi le retourner et vous en servir comme plate-forme. Néanmoins faites bien attention à son réveil assez court et à son immédiate remise en forme. Remarquez le mur fissuré à sa droite. Lâchez-y une bombe de puissance et vous obtiendrez une extension pour ce même objet. Revenez maintenant au Portail.
Une fois dans les Marais du côté de la lumière, rendez-vous au Site d'Extraction de Torvus afin d'effectuer un petit parcours du combattant laissant des soutes sur la maniabilité de la boule araignée. Mais bon. Sur place, laissez-vous tomber tout en bas de la zone, et repérez la rampe de vitesse en forme de "U". Prenez de l'élan et accrochez-vous sur la rampe araignée tout à droite. De là, effectuez le chemin qui s'offre à vous jusqu'à parvenir à une réserve d'énergie supplémentaire. Le seul problème ici est en fait la caméra qui se place n'importe comment et vous cache parfois des rampes araignées. Soyez donc bien concentré et prenez le temps de bien appréhender la situation. Maintenant dirigez-vous vers les Plantations de Torvus. Sur place, repérez les deux racines du gigantesque arbre au milieu de la "pièce". Détruisez-les avec vos super-bombes, et regardez où ce végétal massif s'écroule. Pénétrez dans le trou creusé par ce dernier et récupérez-y une extension de missiles. Une fois cela fait, rendez-vous à la Chambre d'Entraînement. Sautez au fond de l'eau avec vos deux amis les Bloggs Sombres, afin de les éliminer. Là, cherchez une rampe araignée accolée à un mur près de l'interrupteur pour boule au sol. Grimpez et continuez votre chemin en vous propulsant de rampes en rampes, jusqu'à sortir de l'eau. Là, avancez jusqu'à l'espèce de statue. Laissez-vous tomber et pénétrez dans le mécanisme en son sein. Cette dernière se met du coup à avancer. Récupérez les missiles juste derrière elle (sous l'eau) et empruntez la rampe araignée juste à côté. Passez par la porte jaune désormais. Dans la salle suivante, sautez de plate-formes en plate-formes afin d'atteindre le sas bleu. Puis empruntez l'ascenseur. Vous pénétrez alors dans la Forteresse Sanctuaire. Passez la porte bleue, et éliminez les robots dans le long couloir qui vous attend. Puis empruntez la sortie de couleur jaune. Dans la prochaine salle, détruisez les deux machines octopodes, puis rejoignez le grand mur au nord. Servez-vous alors des rampes araignées et continuez jusqu'à obtenir une extension de missiles en faisant attention aux machines tentant de vous faire tomber. Ensuite, avancez jusqu'à la porte bleue à l'est en vous servant de la rampe araignée à la droite de la plate-forme menant à celle-ci. Avancez, et dès votre arrivée dans la salle suivante, en vous méfiant des tourelles, faite exploser la vitre fêlée cachant un Portail. Prenez-le.