Vous atterrissez dans la Chambre de la Dynamo. Ouvrez la porte sombre. Dans la salle suivante détruisez les Droïdes Diligence avec votre rayon sombre, puis poursuivez dans le tunnel. Passez ensuite sous les dalles vitrées de la pièce suivante en faisant attention aux Méclopses. Laissez-leur une bombe en cadeau afin qu'ils l'avalent et explosent par la suite. Puis ressortez et détruisez le dernier Droïde dans son tunnel. Ouvrez alors la porte sombre. Commencez alors par emprunter le tunnel sur votre droite en vous mettant en boule. Continuez à avancer jusqu'à entrer dans une salle contenant un mécanisme pour boule. Mais avant cela, détruisez la porte rouge du fond pour accéder à une salle de sauvegarde. Actionnez maintenant le mécanisme suscité. Vous avez alors droit à un petit puzzle. Il vous incombe en fait de tirer dans les quatre slots gris afin de faire tourner chacune des rangées de points de couleurs dans le but de créer trois lignes de même teinte. Commencez par tirer dans le point gris en haut à gauche, puis en haut à droite, en bas à gauche et en bas à droite. Un nouveau mécanisme apparaît. Rentrez à l'intérieur pour arrêter le noyau central. Revenez alors juste en face de lui dans la Chambre du Gyro Principal, et traversez jusqu'à l'autre côté en passant par le Gyro. Prenez le tunnel sous votre forme de boule, puis une fois à l'air libre, actionnez l'interrupteur de la grande porte verte. Une fois cette dernière ouverte ralliez l'ascenseur juste sur votre droite. Sortez alors par le sas bleu une fois à destination. Dans la pièce suivante, détruisez les deux Quad dont un n'est qu'une tête volante, puis ouvrez la porte. Dans la pièce suivante, détruisez les deux Quad Sombres, avant de grimper au sommet de la structure en vous aidant de votre grappin et de votre double-saut. Une fois en haut, utilisez les deux crochets afin de rallier la porte bleue au sud de la salle. Utilisez alors le mécanisme et avancez. Une fois dans le Temple de la Forteresse, scannez l'hologramme de communication Luminoth. Vous pouvez maintenant décoder les portes codées bleues. Commencez par celui de la pièce où vous vous trouvez. Revenez au Temple du Sanctuaire et empruntez la porte codée sur votre droite en arrivant. Vous entrez dans le Chemin des Ouvriers. Avancez sur la plate-forme la plus lointaine au sein des trois juste en face de vous, et retournez-vous. Là, vous verrez un mécanisme sur celle juste devant vous. Actionnez-le afin de libérer le canon à boule. Prenez-le et une fois arrivé à destination, suivez les plate-formes jusqu'à la porte bleue. Scannez l'espèce de créature dans les tubes bleues, et prenez le tunnel.
Vous voici donc face à l'un des boss les plus ch... et les plus longs de l'histoire du jeu vidéo. Durant ce combat, vous allez devoir vous battre entièrement sous votre forme de boule. L'affrontement se divise en quatre tableaux. Le principe est en fait de toucher trois ou quatre fois le Gardien Araignée, afin que ce dernier passe du bleu au rouge puis au vert, ce qui aura pour conséquence de faire apparaître un mécanisme. Attention de plus à ne jamais vous trouver trop près de lui afin d'éviter son champ d'énergie. Tout d'abord, dans la première zone, il vous suffit de vous placer tout en bas de la "colonne" de gauche et de lâchez une bombe près du passage du boss. Dès qu'il arrive vers vous, reculez pour évitez son contact. Vous pouvez d'ailleurs mettre plusieurs bombes afin d'écourter le combat. Une fois notre ami passé au vert, commencez votre ascension en prenant bien garde à ce dernier. Grimpez rapidement en posant vos bombes, et rejoignez le mécanisme nécessitant votre forme de bombe sur la droite, en utilisant le petit passage y menant. Là, lachez une bombe à l'intérieur. Une voie s'ouvre, et le boss s'y engouffre et se prend une décharge. Vous passez alors dans un autre tableau. Ici, vous évoluez sur une piste de vitesse en "U". Attention aux déplacements du boss et à ne prendre de l'élan que lorsqu'il est hors d'atteinte. Le but est en fait de monter au sommet des blocs sur la gauche et d'attendre qu'il daigne passer juste en dessous de vous. Lorsqu'il aura atteint la fin de la route, il reviendra alors dans l'autre sens. Là, tombez juste un peu avant lui afin de lui laisser une bombe à son niveau. Recommencez cette opération jusqu'à ce dernier soit vert, et de préférence allant vers la droite. En effet, il vous faudra remonter sur les blocs de gauche sans qu'il vous barre la voie, étant très lent (le mécanisme apparaît seulement durant une période limitée). Une fois sur les hauteurs laissez-vous choir sur le passage qui vient d'apparaître, et rejoignez le mécanisme. Actionnez-le. Troisième zone maintenant. Ici vous devrez adopter une tactique à peu près similaire.
Commencez par atteindre les blocs de gauche, puis attendez que votre ennemi arrive du bas pour tomber devant lui et lui faire cadeau de quelques bombes. Lorsque vous l'aurez fait devenir vert de cette manière, dépêchez-vous de remonter sur les blocs de gauche et de vous laisser tomber par le petit trou qui vous a servi à descendre tout au long du combat. Veillez bien à passer AVANT le boss, sinon, il vous ralentira trop dans votre descente désormais en escalier, et vous ne pourrez pas atteindre le mécanisme à temps. Enfin, la dernière étape est la plus difficile. Vous allez devoir accéder à trois mécanismes. Premièrement descendez par le conduit de droite et arrêtez-vous à l'avant dernière plate-forme. Laissez passer notre bon ami qui peut vous toucher à travers les paroi si tant est que son champ de force les dépasse en hauteur. Une fois ce dernier sur le départ, suivez-le jusqu'à gauche de la pièce. Dès qu'il revient dans votre direction, lâchez une bombe et montez sur la plate-forme du premier niveau à droite. Mettez-vous bien au milieu afin de profiter de la dénivellation en dessous qui vous évitera de vous faire toucher. Une fois que ce dernier vous à dépassé, descendez, et ralliez la plate-forme de gauche. Attendez maintenant sagement au milieu. Le boss vient vers vous et repart ensuite dans l'autre sens. Suivez-le et posez une ou deux bombes devant lui lorsqu'il se trouve le plus à droite (important). Là, dès qu'il devient vert roulez vers la plate-forme de gauche afin d'actionner le mécanisme. Cachez-vous sous cette dernière et attendez. Le boss subit une décharge. Réitérez ce stratagème une nouvelle fois (toujours en faisant bien attention de rendre l'ennemi vert le plus à droite possible), mais ce coup-ci, sautez sur la plate-forme EN HAUT à droite avant que le boss n'arrive à votre hauteur, en sautant grâce à vos bombes. Là repérez le mécanisme juste au-dessus de vous. Un petit trou est disponible juste dessous. Sautez par cette "entrée" et actionnez le mécanisme. Revenez vous cacher sous la plate-forme de droite, et attendez. Remontez désormais sur celle de gauche et refaites la même opération. Mais cette fois-ci vous allez devoir actionner un troisième interrupteur dans la foulée. Et oui ça pique ! Une fois les deux premiers activés, allez sur la plate-forme EN HAUT à gauche (quitte peut-être à vous faire toucher) et passez par le petit trou situé juste à côté du clapet pas encore ouvert. Il est difficile à voir du premier coup, je vous conseille donc de faire un peu de repérage quand vous avez le temps. Faites-vous donc plaisir et envoyez une bonne fois pour toutes cette pourriture dans l'au-delà.
Sortez maintenant du champ de bataille et vous récupérez la Boule Araignée, vous permettant de vous accrocher sur des parois spécifiques. Revenez alors à l'endroit de votre affrontement et grimpez tout en haut du niveau en vous servant de la boule araignée. Une fois au dessus du troisième tableau de combat, continuez votre ascension avec vos bombes dès que l'araignée n'a plus d'effet pour découvrir un passage agrémentée d'un supplément de missiles. Là, roulez dans le tunnel et laissez vous tomber une fois au bout. Maintenant, passez le Portail.
Une fois chez nos potes les Ing, retournez vers l'ascenseur Est de la Ruche Centrale. A votre arrivée, rejoignez l'Abattoir en faisant attention aux Pirates Sombres traînant dans le coin. Repérez alors des rampes pour la boule araignée. Seul une est intéressante, celle débutant sur un pilier et conduisant au plafond. Suivez-la tout du long et servez-vous de vos bombes lorsque le besoin s'en fait sentir, en faisant attention de ne pas vous décoller par la même occasion. Vous obtenez une Clé du Temple Sombre. Remontez alors au Portail via l'ascenseur et revenez dans le monde de la lumière.