Rendez-vous désormais au Contrôleur d'Energie de Torvus. Une fois le transfert effectué, ralliez les Terres du Temple en prenant l'Ascenseur du même nom. Une fois à l'air libre, ralliez le Chemin des Yeux, et empruntez la porte verte que vous aviez laissé de côté à l'aller. Puis, dans la pièce suivante, utilisez le mécanisme nécessitant votre forme de boule. Vous voilà éjecté par le canon. Ne prenez pas la porte que de toute façon vous ne pouvez pas ouvrir, et regardez sur la gauche. Vous apercevez un crochet. Utilisez votre grappin et lancez-vous en face sur la petite plate-forme. Vous récupérez du coup un conteneur de santé. Maintenant retournez dans le Chemin des Yeux, jusque dans la Salle des Yeux. Prenez le Portail.
Une fois dans le monde sombre, passez par la porte verte sur votre gauche en arrivant. Dans la pièce suivante, tuez les Chasseurs Ing, puis visualisez l'espèce de porte sans serrure devant vous. Passez en mode viseur sombre et vous voyez cinq points rouges s'afficher. Verrouillez-les tous et tirez. Vous gagnez une réserve de missiles. Puis empruntez le sas bleu à droite de la salle. Maintenant, roulez dans le tunnel étroit, puis une fois arrivé, détruisez les Yeux Sentinelles. Puis ouvrez la porte violette. Continuez en vous méfiant du Phazon et des tentacules. Dès votre arrivée, scannez les visages sur les piliers afin de connaître les indices sur les emplacement des neufs clés sacrées permettant l'ouverture du dernier temple. Scannez le cadavre Luminoth pour activer le dixième pilier, puis partez dans une nouvelle quête. Revenez donc maintenant à l'Accès au Tombeau. Sur place, empruntez la porte verte encore jamais utilisée. Détruisez les Guerriers Ing, puis chaussez votre Viseur Sombre. Regardez alors au-dessus de la porte d'entrée, et vous apercevrez un être étrange et invisible à l'oeil nu. Tuez-le et vous récupérez une Clé du Temple du Ciel. Maintenant, rendez-vous dans la Base Abandonnée, et empruntez le portail.
Rendez-vous maintenant à l'Ascenseur C du Temple en vous méfiant des pirates de l'espace dans les Terres de Rencontre. Utilisez votre Viseur Sombre pour les repérer. Une fois à destination (Sanctuaire du Temple), rendez-vous au Contrôleur d'Energie Principal. Parlez à U-Mos, et revenez dans le Sanctuaire. Là, scannez la seule porte restante. Avancez, rejoignez la salle de sauvegarde dans l'Accès à l'Ascenseur A, puis ouvrez le sas (notez que vous trouverez un supplément de missiles sous le module de sauvegarde en faisant exploser des rochers juste derrière). Prenez l'élévateur afin d'accéder au Chemin Sacré. Ne prenez pas encore le portail et rendez-vous au Pont Sacré. Là, prenez votre nouveau viseur, puis repérez les cinq points rouges autour de l'énorme porte devant vous. Utilisez le lock avec les missiles pour l'ouvrir, puis avancez. Une fois dans l'Enceinte de la Fédération, éliminez les Pirates, puis montez sur la corniche où se trouve la porte jaune. De là; sautez sur le nez du vaisseau afin de récupérer une extension de missiles. Puis scannez la porte codée afin de poursuivre. Avancez dans les différents couloirs en prenant garde aux Tourelles Luminoth, puis scannez les écrits sur le mur juste avant le sas bleu que vous allez vous empresser de prendre. Prenez alors l'élévateur. Vous pénétrez dans l'accès à l'Ascenseur du Temple. Avancez puis détruisez les tourelles. Ensuite actionnez l'interrupteur afin de déverrouiller la porte. Vous rencontrez alors des petits droïdes de maintenance inoffensifs. Continuez donc avec confiance. Entrez dans le mécanisme sur la gauche de la porte fermée et actionnez-le sous votre forme de boule jusqu'à obtenir une ouverture. Dès votre arrivée dans l'Entrée du Sanctuaire vous allez être pris à parti par six Commandos de Pirates en faisant attention à leur bouclier protecteur personnel. Eliminez-les à votre habitude et empruntez la porte blanche. Avancez dans ce tunnel assez étroit et scannez l'ensemble des "êtres" présents. Attention aux espèces de boules électriques qui se jetteront sur vous si vous leur tirez dessus. Néanmoins, elle peuvent vous fournir une source précieuse de santé. Continuez, et une fois dans la pièce suivante, passez en viseur sombre. Repérez alors les points autour de la porte dans les hauteurs de la salle, et actionnez-les. Servez-vous des plaques pour atteindre la nouvelle plate-forme. Un ennemi apparaît. Combattez-le si vous le désirez, mais sa résistance vous ralentirait de trop. Continuez. Vous arrivez dans le Coeur du Réacteur. Là, vous allez affronter un Drone de combat. Commencez par lui envoyer un super missile dans la tête afin de la lui faire exploser. Puis mettez-vous en boule. Là, attendez qu'il fonce sur vous dans une forme de "toupie".
{{uppage}}Utilisez alors la Boule Turbo pour l'arrêter dans son élan. Une fois cela fait, posez une bombe à ses pieds afin d'en finir. Tuez alors les deux boules volantes dans la cheminée centrale, en faisant attention à leur attaque spéciale vous obligeant à redémarrer le système de Samus. Grimpez alors au sommet de la structure sans vous soucier de la dernière boule volante (Rezbit). Prenez ensuite la porte bleue. Dès votre arrivée scannez le panneau de contrôle. Ce dernier va vous indiquer quatre couleurs dans un ordre précis. Elle symbolise en fait les quatre mécanismes autour du noyau central, derrière la vitre. De ce fait, utilisez le tunnel sur la gauche et roulez jusqu'au noyau. Là, activez les slots de couleur dans l'ordre indiqué par le panneau de contrôle. Cela aura pour effet de vous créer une route. Prenez-la. Vous arrivez dans la Salle d'Armes. Détruisez les deux Quad CP, puis utilisez le Portail.
Dès votre entrée, avancez un tantinet, puis prenez la porte bleue à votre droite. Vous pouvez également récupérer de la santé dans l'espèce de boule formée de vers Ing. Commencez par détruire la Larve Métroide Sombre à coups de rayons lumineux, puis occupez-vous des espèce des boules électriques dans le tunnel juste après grâce à un tir chargé de la même arme. Vous gagnez une recharger de missiles. Revenez maintenant dans la première pièce et utilisez la porte sombre. Et hop un ascenseur. Dès votre arrivée dans la pièce suivante, éliminez toutes les chauve-souris afin d'engranger de précieux missiles et points de santé. Puis utilisez le grappin pour traverser. Une fois de l'autre côté, retournez-vous et prenez votre viseur sombre. Visualisez les cinq petits points rouges et activez-les en prenant garde de ne pas être gênés par les Barbillons Sombres. Utilisez alors le Portail que vous venez de débloquer.