Votre aventure débute durant la nuit, vous êtes réveillé par le professeur Chen. Ce dernier vous parle du monde des pokémons et vous donne quelques conseils. Après avoir paramétré l'heure, descendez au rez-de-chaussée par l'escalier. Nouvelle discussion, vous définissez le jour de la semaine et vous recevez le pokématos. Sortez ensuite de cette maison et rentrez dans celle située sur la gauche. Vous engagez alors la conversation avec le professeur. Ce dernier vous demande de lui rendre un service et vous offre un pokémon qui vous aidera durant votre périple. Vous avez le choix entre 3 pokémons, prenez celui que vous désirez. Le professeur vous donne ensuite d'ultimes conseils ainsi que son numéro de téléphone. La discussion achevée, ressortez de cet endroit (vous récupérez au passage une potion) et quittez le village par la gauche. Avancez le long de la route, vous allez devoir traverser des étendues d'herbe et allez livrer vos premiers combats. Vous arrivez ensuite dans un nouveau village, le village Griotte. Discutez avec le vieil homme à l'entrée et il vous propose de vous montrer quelques petites choses.
Acceptez et il vous fera visiter la ville. A la fin de la visite, il vous remet même une CPN Carte. Allez ensuite faire quelques achats dans le magasin si souhaité puis empruntez la route au nord. Avancez, et approchez-vous de la maison. Examinez l'arbre sur la gauche pour trouver une baie. Rentrez ensuite dans la maison et discutez avec le propriétaire, il vous remet une nouvelle baie. Sortez de la maison puis allez à droite. Prenez ensuite la direction plein nord et avancez jusqu'à la maison de M. Pokémon. Rentrez dedans, et M. Pokémon vous remet l'oeuf mystère afin qu'il soit examiné. Le professeur Chen vous offre ensuite un pokédex, objet qui enregistre tout sur les pokémons vus ou attrapés. Après un peu de repos, ressortez de la maison, vous recevez un appel du professeur Orme qui vous demande de le rejoindre rapidement. Prenez alors la direction sud pour rejoindre le village de Griotte et partez à l'est. Vous rencontrez alors un dresseur qui décide de vous affronter. Toutefois, vous n'aurez aucun mal à venir à bout de son pokémon. Reprenez ensuite votre route vers la maison du professeur Orme. Arrivé à Bourg Geon, allez directement chez le professeur. Ce dernier vous parle du vol d'un pokémon. Ressortez ensuite de la maison (le second chercheur vous offre des poké Ball).
Repartez à l'ouest, un personnage vous montre alors comment attraper les pokémons si vous le désirez. Après la démonstration continuez votre route jusqu'à Griotte, prenez de nouveau la direction nord et allez un peu sur la gauche tout en marchant. Vous trouverez deux garçons dont 1 qui se cache dans l'herbe. Parlez-lui pour livrer un combat facile et qui vous permettra surtout de gagner de l'expérience. Marchez encore vers le nord en passant à gauche des 2 garçons, vous allez devoir livrer de nouveaux combats... Arrivé vers la caverne de l'antre noire, allez sur la gauche pour continuer votre progression. Vous finissez par arriver à Mauville. Fouillez la ville, vous pouvez affronter le champion de pokémons de ces lieux : Albert. Cela vous permettra d'avoir de l'expérience et surtout d'obtenir le badge zéphyr ainsi que le CT 31. En ressortant justement du bâtiment où se trouve Albert, après l'avoir vaincu, vous recevez un coup de fil du professeur Orme qui vous demande de rejoindre son assistant au sud-est de Mauville. Allez-y, et l'assistant vous confie l'oeuf pokémon. Allez ensuite au nord de la ville pour vous rendre dans la tour Chetiflor. Vous devez grimper en haut de la tour mais vous allez devoir effectuer plusieurs combats tout au long de votre progression. Avancez sur la gauche et utilisez un premier escalier. Allez ensuite à droite pour en trouver un second, puis récupérez l'anti-para en en bas avant d'aller à gauche. Après un combat, empruntez l'escalier en bas. Allez en haut pour trouver une défense + puis passez par là bas pour atteindre un nouvel escalier. Allez ensuite à gauche pour prendre une potion, puis en haut. Après de nouveaux combats, vous arrivez vers le sage. Prenez la corde sortie sur la droite et allez parler au sage. Vous allez devoir mener votre ultime combat, combat qui ne sera pas d'une grande difficulté. Le sage vous offre ensuite une nouvelle capacité, la CS05.