Vous débutez la partie dans le Hall du château de la prestigieuse école de magie Poudlard. Montez les escaliers face à vous et prenez de suite à gauche ; au bout du couloir se trouve une porte, empruntez-la. Vous débouchez sur la tour de Griffondor, descendez par l'escalier se trouvant à votre gauche et parlez aux deux frères au fond de la salle. Prenez ensuite le passage de la pièce du bas pour atterrir dans le couloir des enchantements. N'ayez pas peur des bougies qui flottent au-dessus du sol, vous êtes dans une école de magie, rien de plus rationnel ici. Poursuivez jusqu'à rencontrer un jeune garçon. Vous apprenez qu'un certain Drago Malefoy retient prisonnier Hedwidge, votre hibou.
Parlez de nouveau au jeune garçon puis suivez-le. Traversez la salle qui suit en sautant par-dessus les précipices tout en collectant les plumes (un saut s'effectue automatiquement, approchez-vous du vide et maintenez la touche directionnelle vers l'avant pour que Harry puisse s'élancer). Arrivé au bout, la porte se déverrouillera d'elle-même et vous pourrez passer à la pièce suivante. Progressez par le chemin en colimaçon sans oublier de ramasser les plumes d'oiseau puis empruntez la porte du haut nouvellement ouverte. Vous voilà dans les salles de magie, Traversez la pièce en tuant les escargots d'un bon Flipendo et prenez les deux plumes pour débloquer la porte. Déplacez le bloc où une étoile bleue figure dessus à son maximum (le bloc clignotera alors un court instant).
Puis servez vous-en comme plate-forme intermédiaire, pour passer de l'autre coté en hauteur de la pièce. Faites attention au rat et chassez-le d'un Flipendo, attrapez toutes les plumes puis, prenez la porte. Vous débouchez dans une salle où il vous faut de nouveau répéter les opérations précédentes (collectez toutes les plumes et poussez les blocs marqués d'une étoile pour pouvoir accéder à la prochaine porte). Vous voilà après ça dans une salle où il vous est nécessaire de neutraliser plusieurs livres. Pour cela maintenez R1 pour que Harry puisse choisir une cible puis sans relâcher la touche, lancez un traditionnel Flipendo. Continuez votre chemin en passant par l'entrée secrète de la bibliothèque. Vous retrouvez enfin votre hibou, libérez-le en renversant les grilles qui le retiennent prisonnier grâce au sort Flipendo.
Suivez Ron qui vous mènera à vos premiers cours de balais. Réussissez tous les tests que l'on vous propose, de manière à gagner des points pour Griffondor. Ressortez ensuite et empruntez l'escalier qui monte. Vous allez vivre vos premiers cours d'enchantement mais vous êtes déjà à la bourre. Une fois dans le couloir des enchantements, et ce dès que vous franchissez la ligne symbolisée par des sabliers, un décompte s'enclenche. Il vous faut alors filer le plus rapidement possible jusqu'à la salle de cours en sautant de tables en tables. Certaines apparaissent, d'autres pivotent, soyez vigilant ! Au cours d'enchantements, vous devez pour apprendre le sort que l'on vous propose, appuyer sur les touches où la bulle blanche se dirige. Après cet exercice enfantin vous apprenez le sort Wingardein Lebiosa. Lors de la mise en pratique de votre nouvelle technique, vous devez soulever les sabliers puis les placer sur les socles. Il vous faut à présent vous rendre au parc pour rencontrer Hagrid. Pour cela retournez dans le Hall d'entrée du château.
Vous retrouvez ici Drago Malefoy, déplacez les sabliers sur les socles puis préparez-vous à l'affrontement. Saisissez-vous des pétards qu'il vous lance une fois au sol et re-balancez lui en pleine figure 3 fois de suite. Le garnement appelle alors un ami à lui : Crabbe. Il vous faut alors cette fois-ci saisir les pétards que Crabbe vous lance tout en évitant ceux de Drago. Jetez ensuite les pétards sur Drago lorsque celui-ci s'immobilise un court instant. Répétez l'opération 3 fois de suite, un troisième personnage apparaît alors : Goyle. Vous serez ici pris pour cible par les 3 acolytes à la fois. Esquivez comme précédemment les gros pétards de Malefoy et lancez-lui les plus petits que Crabbe et Goyle vous envoient. Lorsque la peste se trouve être touchée trois fois consécutives, il prend la fuite, vous pouvez alors continuer tranquillement votre chemin vers la classe de botanique.