Après avoir reçu les coordonnées des générateurs, avancez tout droit jusqu'à la porte à déverrouiller en tirant sur les quatre diodes rouges. Derrière celle-ci, ne passez pas tout de suite dans le couloir de droite, mais ouvrez plutôt la porte à gauche de celui-ci, en tirant sur la diode. Vous obtenez ainsi le grappin. Allez maintenant au bout du couloir pour ouvrir la porte en ayant fait apparaître un levier (à actionner en bougeant la Wiimote) suite à un scan sur l'écran de gauche, et empruntez l'ascenseur. Avancez ensuite jusqu'à une pièce circulaire en haut de laquelle vous trouverez une porte sur laquelle il vous faudra utiliser le grappin en suivant les indications à l'écran. Après avoir passé la porte, vous vous retrouvez dans le Centre Cargo, qui a la forme d'un U. Allez entièrement à gauche, à l'autre extrémité de la pièce, pour trouver des débris que vous pourrez enlever avec le grappin. Transformez-vous ensuite en Boule Morphing pour passer dans cette petite ouverture, afin de rejoindre la porte de droite et vous mettre à nouveau en boule derrière celle-ci. Utilisez une bombe pour rejoindre le tunnel sur votre droite en hauteur et récupérer tout de suite une réserve d'énergie. Continuez le long de ce tunnel pour atteindre l'autre côté de la pièce, puis franchissez cette porte. Avancez quelque peu le long du couloir, puis allez tirer un missile dans la porte de droite à mi-chemin. Derrière celle-ci, vous pourrez récupérer la carte de la région. Après avoir également récupéré les 3 écrits en les ayant scannés, sortez de la pièce pour continuer à droite dans ce couloir. Contournez-le pour redescendre par la droite et frayez-vous un chemin à travers les débris en effectuant un tir chargé. Avancez jusqu'à trouver une nouvelle porte à détruire à l'aide d'un missile, puis vous vous retrouverez dehors.

Le combat qui va avoir lieu met en scène certains aliens équipés de boucliers. Verrouillez donc la visée sur ces boucliers, puis ôtez-les avec le grappin, avant d'éliminer les ennemis de manière normale. Deux autres aliens volants vont ensuite se joindre à la fête, après vous en être occupé, il vous faudra détruire un énorme vaisseau spatial en tirant sur son extrémité rouge. Suite à la destruction de ce premier vaisseau, vous serez rejoint par un de vos collègues. Après la séquence, effectuez les commandes affichées à l'écran pour faire atterrir votre vaisseau à cet endroit. Sauvegardez, puis continuez par la porte de droite. Eliminez quelques ennemis dans ce couloir en forme de C, puis ouvrez la porte en tirant sur les trois couleurs qui apparaissent. Utilisez ensuite votre grappin. Après avoir éliminé les aliens volants de ce secteur (verrouillez-les avec la visée, puis mitraillez-les une fois qu'ils s'arrêtent), allez rejoindre l'alcôve éclairée en rouge en prenant soin de ne pas tomber. Eliminez les débris puis tirez le levier en déplaçant votre Wiimote. Vous rebranchez ainsi le générateur A après avoir placé votre main à l'endroit prévu de l'autre côté de la pièce.

Sortez de celle-ci pour vous diriger maintenant vers la salle du prochain générateur. Après avoir assisté à une petite scène de combat au niveau de votre vaisseau, rejoignez la porte en haut de la côte, poursuivez le long du couloir à contourner à gauche, puis rejoignez finalement la pièce dans laquelle il vous fallait vous transformer en Boule Morphing pour la franchir par les côtés. Vous passez à proximité de la porte de la tour de contrôle où vous pouvez voir qu'un des générateurs a été réactivé. Repassez par la petite ouverture menant au Centre Cargo via la Boule Morphing. Suite à la petite séquence, votre allié vous recommande de vous rendre au générateur C. N'hésitez pas à jeter un oeil à la carte pour trouver son emplacement et vous rendre compte qu'il vous faut franchir la porte centrale de gauche. Tirez sur ses quatre points d'attache, puis ouvrez-la avec le grappin. Avancez maintenant le long du chemin en aidant vos partenaires, puis vous trouverez au bout de ce couloir l'entrée d'un trou vous incitant à vous transformer en Boule Morphing. Suivez le parcours imposé, puis ouvrez la porte qui vous mène dehors, où vous trouverez une petite ouverture à faire exploser avec les bombes, au bout de ce couloir extérieur. Poursuivez dans le tunnel jusqu'à vous faire attaquer par un ennemi dont il vous faudra vous débarrasser à l'aide des bombes, au moment où il plante son bec pour vous attaquer. Prenez soin d'éviter son rayon. Ouvrez ensuite la porte au bout du parcours pour apprendre que le générateur B a été réactivé, puis continuez votre route vers le générateur C.

Trouvez un point de sauvegarde avant d'effectuer un saut qui vous mènera à la porte derrière laquelle vous devrez bientôt affronter le boss.

{{uppage}}Ouvrez-la en tirant sur les diodes de couleurs différentes puis en utilisant le grappin. Actionnez le levier au bout de la salle avec la Wiimote après la petite séquence, puis effectuez le parcours en Boule Morphing en entrant dans l'ouverture située près de l'entrée de la pièce. En parcourant ce tunnel, vous aurez trois interrupteurs en hauteur à activer avec vos bombes, une fois que vous vous serez encastré dedans. Ceci a pour effet de faire apparaître un parcours en hauteur, qui vous permettra, après l'avoir emprunté, d'aller vous encastrer dans un emplacement à l'aide d'une bombe. Une fois positionné, faites sauter une dernière bombe pour déclencher une séquence.

Boss : Meta Ridley

Pour battre ce boss, tirez-lui dessus en visant la bouche jusqu'à vous retrouver accroché de temps à autre sur ce dernier, puis tirez ensuite sur ses membres lorsqu'ils sont éclairés en rouge, juste avant qu'il ne s'en serve pour vous envoyer une attaque (essentiellement bouche et bras). Lorsque vous n'êtes pas accroché à lui et donc que vous chutez le long du tunnel, évitez son rayon et tirez sur les débris qu'il vous envoie.

Après avoir vaincu l'ennemi, allez activer les générateurs en plaçant votre main sur le panneau d'activation de gauche. Sortez de la pièce, puis vous recevrez bientôt les coordonnées de la tour de contrôle, qui s'afficheront sur votre carte. Rejoignez alors le Centre Cargo pour passer par la petite ouverture de droite en mode Boule Morphing, puis vous vous trouverez face aux portes de la tour de contrôle. Placez alors votre main sur celle-ci. Une cinématique va suivre et vous apprendrez ensuite à utiliser l'Hypermode, une fois de retour à Olympus. Après avoir testé l'Hypermode, sortez de la pièce, allez actionner l'ascenseur, puis rejoignez la salle de l'UA après avoir obtenu l'approbation du garde. Placez votre main sur le panneau central de cette pièce dont l'accès a été ouvert par un autre garde, puis écoutez les directives. De retour dans votre vaisseau, posez votre main sur le gouvernail, puis choisissez la destination de la planète Bryyo (piste falaise).