Vous serez ensuite transféré dans le vaisseau mère de Numara ; le White Boa. Approchez-vous du garde et lancez la boule que Jansen possède. Ce garde perd la mémoire et vous ouvre la porte de la cellule. Avancez alors dans le couloir et sauvegardez votre partie. Poursuivez votre chemin jusqu'à la zone gardée par un robot. Attendez que le robot s'éloigne pour passer. Dans la deuxième zone surveillée par des robots, donnez un coup de pied dans la caisse pour la lancer et distraire le robot. Avancez. Utilisez l'interrupteur pour ouvrir la porte et trouver un coffre. Pour éviter le prochain robot, attendez qu'il entre dans la pièce et fermez les volets à l'aide de l'interrupteur.
Poursuivez ensuite votre chemin et ouvrez la porte à l'aide de l'interrupteur suivant. Appuyez sur la touche B quand vous passez au dessus des surfaces illuminées en rouge. Avant d'entrer par la porte, allez vers l'échelle et montez. Utilisez l'interrupteur pour faire descendre une deuxième échelle. Revenez ensuite à la porte et entrez.
Avancez lentement, passez le soldat qui dort et traversez la surface illuminée en appuyant sur B. Allez à droite, utilisez l'interrupteur et entrez par la porte pour trouver un coffre. Sortez ensuite et montez à l'échelle. Avancez lentement sur la plateforme et actionnez le levier pour faire descendre l'échelle. Descendez et actionnez l'interrupteur rouge. Allez ensuite vers l'échelle de droite et montez. Actionnez un autre levier pour faire descendre l'échelle et descendez. Avancez vers la porte, ouvrez-la et entrez. Avancez vers l'ascenseur et montez.
Avancez dans la nouvelle zone et allez à droite pour trouver un coffre. Allez au centre pour en trouver un autre et sauvegarder votre partie. Battez les différents ennemis qui gardent cet endroit. Avancez ensuite vers la porte et prenez le contrôle de Jansen avant de vous diriger vers la reine. Descendez les escaliers, revenez en haut et faites le tour de la plateforme pour trouver un passage secret. Avancez dans la salle des machines et éliminez les ennemis qui vous barrent la route.