De retour sur l'île Melka, prenez une nouvelle fois le chemin du Temple du roi des mers. Juste avant d'arriver au Temple, vous remarquerez une faille dans le mur d'un rocher. Utilisez une de vos bombes pour vous créer un passage. Pénétrez ensuite dans la grotte pour y trouver une goutte de force. Ressortez pour vous frayer un chemin jusqu'au Temple.
Chaque nouvelle incursion au Temple vous oblige à reprendre les énigmes depuis le début. Mais l'obtention de nouvelles armes (les bombes ici par exemple) vous permet toujours de gagner de précieuses secondes pour certains passages. Les trois premiers sous-sols ayant déjà été inspectés minutieusement lors du chapitre 5, nous reprendrons directement au niveau que nous avions quitté précédemment. Mais nous vous donnerons également quelques astuces qui vous permettront de passer plus rapidement les niveaux lorsque cela nous sera possible. Si toutefois une information vous échappait, consultez à nouveau le 5ème chapitre pour vous débloquer rapidement. Au premier sous-sol par exemple, brisez les blocs du couloir du haut grâce à l'une de vos bombes, puis marchez sur la dalle pour récupérer directement la clé. Au second sous-sol, placez une bombe à l'endroit marqué d'une fissure pour atteindre très rapidement la deuxième clé. Le troisième sous-sol ne vous permet par contre aucune ruse à part celle de récupérer 30 secondes de temps après avoir résolu l'énigme des triforces.
Après le troisième sous-sol, votre fidèle fée vous fait remarquer qu'il vous est possible de poursuivre par la porte de la sagesse. Continuez par les escaliers juste après.
SS4
Le quatrième étage marque l'arrivée d'un nouveau genre de créatures en forme de globe oculaire. Il est très important de ne pas vous faire remarquer par celles-ci. Abattez-les grâce à votre boomerang avant que leur regard ne se pose sur vous et que les gardiens soient alarmés. En cas d'imprévu, filez immédiatement vers une zone neutre. Pour commencer, marchez dans le couloir de droite et descendez vers le sud. Très vite, vous vous retrouverez bloqué par une pierre de souffle. Dégainez alors votre boomerang et visez l'interrupteur positionné dans le coin droit du niveau. Gagnez ensuite le centre de la zone et courez le long du couloir de gauche. Pensez à bien éliminer l'oeil spectral avant qu'il ne vous repère, puis poursuivez vers le sud. En éliminant tous les mouchards, un coffre fait son apparition dans l'aile est du sous-sol. Ouvrez-le pour y trouver une goutte de force. Brisez ensuite le muret fissuré pour atteindre un nouveau bloc interrupteur qu'il vous faudra actionner. Partez ensuite récupérer la clé dans la pièce auparavant inaccessible à cause des pics. Empruntez ensuite la porte au sud.
SS5
Marchez vers la gauche en prenant garde aux pics qui rentrent et sortent alternativement du sol. Au bout du couloir, sortez votre boomerang et visez l'orbe plus à gauche. Relâchez votre pression sur l'écran au bon moment pour que votre arme ne vienne pas s'écraser contre les pics. Passez ensuite dans la chambre au nord et apprêtez-vous à combattre. Quatre poulpes vous prennent en effet pour cible. Tuez-les en combinant boomerang et épée, puis ressortez par le couloir de droite après avoir récupéré les 15 secondes de rallonge dans la jarre de gauche. Un second affrontement en arène fermée ne tardera pas à s'enclencher. Soyez à nouveau victorieux pour pouvoir poursuivre, vers le nord cette fois-ci. Au bout à droite du dernier couloir se trouve un nouvel orbe. Utilisez votre boomerang pour l'atteindre, puis récupérez la potion rouge dans le coffre qui apparaîtra. Poursuivez ensuite vers la gauche et empruntez les escaliers descendant vers le sixième sous-sol.
SS6
En observant la carte de ce sixième sous-sol, vous remarquerez six stèles séparées en deux rangées verticales. Vous devez en fait numéroter les 4 véritables pierres sur votre radar, puis revenir vers l'entrée rouge au sud de la zone pour vous essayer à un tracé réunissant les 4 stèles. Tracez alors en une seule fois la forme du sablier (deux triangles inversés) pour ouvrir la porte. Dans la pièce suivante, approchez-vous de l'estrade pour observer la porte au symbole solaire. Touchez ensuite la porte pour observer une carte. Passez alors par l'inventaire et sélectionnez l'onglet des cartes marines. Cliquez sur celle du nord afin de superposer les deux cartes qui semblent correspondre. Fermez le clapet de votre DS et rouvrez celle-ci. Vous obtenez ainsi l'emplacement du sceau sacré! Sortez du Temple grâce à la lumière bleue, puis retournez au port vous entretenir avec Linebeck.