Une fois arrivé en ville, n'hésitez pas à flâner dans les rues pour découvrir tous les points repères de la cité et ainsi gagner de l'expérience. Vous ferez également la connaissance des différents marchands et citoyens et pourrez découvrir les différentes possibilités qui s'offrent déjà à vous, comme le troc, l'association des gemmes ramassées avec vos armes, ou encore la conception d'un diagramme social. Votre petit tour terminé, suivez votre objectif pour atteindre le centre militaire, où vous ferez brièvement la rencontre de votre colonel. Dirigez-vous ensuite vers la gauche pour entrer dans le laboratoire militaire où se trouve la fameuse épée.

Vous êtes à présent dans la peau de Fiora, très bonne amie de Shulk et soeur de Dunban. Votre mission consistera à apporter son déjeuner à Shulk. Une fois à l'extérieur, vous constaterez qu'une croix rouge, marquant l'emplacement de votre objectif, apparaît dans le paysage. Utilisez la rotation de la caméra pour l'apercevoir, et ainsi mieux vous diriger dans la ville pour le rejoindre. Vous devrez notamment passer par la place centrale, non loin du centre militaire, puis par le quartier résidentiel. Vous voilà auprès de Shulk, prêt à partager un bon déjeuner.

Suite à ce frugal repas, vous aurez la possibilité d'assister à un premier tête-à-tête entre les deux " tourtereaux " en vous plaçant au bord de la colline et en activant l'icône. Vous aurez alors des choix de réponses à opérer. Pour entretenir au mieux les relations entre Fiora et Shulk, choisissez dans un premier temps " Toi et ton frère vous... ", puis dans un second temps répondez " Plus très bien non ". Des débris sont alors détectés et détruits par les défenses de la ville. Retournez au laboratoire militaire pour vous mettre à l'abri et assistez à une nouvelle cinématique mettant en scène votre ami Reyn. Celui-ci a été chargé par le colonel de récupérer des cylindres d'Ether et vous allez vous joindre à lui dans cette quête.

Sortez donc de la ville et suivez votre flèche d'objectif, tout en ramassant les objets de collection croisant votre route et ce jusqu'à l'entrée de la grotte de Tephra. Vous y retrouvez Fiora, bien décidée à vous apporter son aide. Engouffrez-vous alors dans la grotte. Combattez les ennemis présents à votre guise, mais attention tout de même à la chenille géante " Bugworm le creux " qui jaillit du sol au milieu de ses congénères. Être de niveau 10 et plus est en effet nécessaire pour ne pas succomber à ses attaques. Si vous souhaitez tenter votre chance contre elle, il est préférable d'abord d'éliminer toutes les chenilles qui l'entourent pour ne pas se laisser submerger par les ennemis.

Vous arriverez un peu plus loin aux Ruines de Mag Mell et assisterez à une nouvelle scène. Empruntez l'unique voie possible puis tournez à gauche au croisement après avoir passé la porte. Sur la droite vous attend un saurien qui vous donnera beaucoup de mal si votre niveau est trop faible. Continuez votre route jusqu'à atteindre le Hangar à cylindres et assistez à une nouvelle scène, suite à laquelle deux drones vous attaqueront. Pour les vaincre plus facilement, concentrez vos assauts sur l'un des deux jusqu'à le faire succomber pour ensuite vous occuper du second. Une cinématique est alors déclenchée, et d'innombrables Mékons commencent à envahir la Colonie 09.