Le texte que vous allez lire ici, ainsi que ceux qui vont suivre, est directement issu du journal de bord du Capitaine Olimar, en expédition sur une planète inconnue. Ces notes font suite à celles que nous avions déjà publiées dans le cadre du précédent journal intitulé "Pikmin". D'aucuns ignorent si les informations qui y sont révélées sont authentiques ou de nature purement fantaisiste, mais l'auteur lui-même, en convalescence depuis son retour, s'est muré dans un profond silence après cette étrange expérience.

"Ils me croyaient mort, disparu, et m'avaient quasiment déjà enterré. Et pourtant je vivais toujours. J'ai perdu mes précieuses notes où j'avais répertorié toutes mes découvertes concernant ce monde étrange sur lequel j'avais échoué après le crash de mon vaisseau. Là où j'ai cru mourir, là où j'ai rencontré ceux qui m'ont sauvé la vie. Ces créatures étranges, pas plus hautes que des radis, qui se sont dévouées corps et âme à ma survie alors que je ne cherchais moi-même qu'à les exploiter. Je n'ose plus me regarder en face tellement j'ai honte en repensant à tout ça, mais je dois bien me rendre à l'évidence. Si je suis encore là pour vous raconter mon histoire et si j'ai réussi à réparer tant bien que mal ce fichu vaisseau, c'est uniquement grâce à eux, ceux que j'appelle vulgairement les Pikmin et que je traite comme de simples esclaves alors que je leur dois tout. Eux en qui je n'ai toujours pas confiance."

"Je m'attendais à un autre accueil après tout ce que j'avais enduré sur la planète des Pikmin, mais vous savez comment sont les gens. J'avais à peine atterri avec mon vaisseau que les quelques personnes qui vinrent à ma rencontre ne trouvèrent rien de mieux à faire que de m'apprendre la faillite de l'entreprise Hocotate Fret. Mon patron avait sur les bras une dette de 10 000 Pokos à rembourser et c'est moi qui allais devoir m'y coller. Qu'est-ce que je pouvais imaginer de pire ? Retourner sur cette planète sauvage où mes seuls alliés étaient les créatures les plus minuscules entre toutes les autres, tout ça pour retrouver un maximum d'objets de valeur susceptibles de rembourser la dette d'un autre ! Pourquoi devrais-je risquer ma vie une fois de plus alors que je n'aspire qu'à retrouver mes enfants pour leur raconter mes aventures ? Sans doute suis-je trop lâche pour oser dire non."

Vous n'aurez pas grand-chose à faire durant cette première journée puisque le jeu vous guide pas à pas et que le jour s'achève automatiquement dès que vous avez accompli les tâches requises. Vous prenez le contrôle du capitaine Olimar alors qu'il a perdu son coéquipier et qu'il est témoin d'une rixe entre des Pikmin rouges et un prédateur. Vous devez intervenir rapidement en sifflant les Pikmin à l'aide du bouton B pour les rassembler avant de leur donner l'ordre d'attaquer leur ennemi en les lançant sur le dos de la créature. Une fois celle-ci morte, demandez aux Pikmin de transporter le corps jusqu'à l'oignon le plus proche. Malheureusement, un sac en papier bloque le passage. Le module de recherche vous demande alors de rétablir la communication avec Louie en appuyant sur le bouton Y. Exécutez-vous. Pressez Start pour découvrir les positions respectives de vos deux capitaines, et amenez Louie jusqu'à l'oignon rouge. Vous assistez alors à l'éclosion d'une graine et n'avez plus qu'à extraire la pousse du sol en appuyant sur le bouton A. Le module de recherche vous apprend ensuite à donner des ordres à vos Pikmin et à dissoudre leur groupe. Utilisez votre Pikmin pour transporter les palets contenus dans les fleurs jusqu'à l'oignon afin d'obtenir un total de 11 Pikmin autour de Louie. Dirigez-vous vers le vaisseau, passez devant la pile, et lancez vos 11 Pikmin sur le sac en papier. Prenez le contrôle d'Olimar et utilisez les Pikmin qui se trouvent de l'autre côté pour finir d'écraser le sac en papier. Les deux capitaines se rejoignent et vous héritez d'un groupe de 16 Pikmin. Faites-leur transporter le corps de la créature jusqu'au vaisseau pour récupérer 4 Pikmin supplémentaires, et utilisez-les tous pour déterrer la pile (Réacteur Vaillant) enfouie sous la neige. Une fois rapportée au vaisseau, elle vous rapporte 280 Pokos et la journée s'achève sans anicroche.

"J'ai perdu mon coéquipier, Louie, le nouvel employé d'Hocotate qui est censé m'assister dans mes recherches. A présent j'ai la preuve que j'aurais mieux fait de ne pas m'embarrasser de ce parasite qui risque de ne m'attirer que des ennuis. En plus de ça il ignore tout de mes précieux alliés, les Pikmin. Il risque de lui falloir beaucoup de temps pour se familiariser avec eux et se remettre de ses découvertes. Oh, et puis qu'il se débrouille, je n'ai que faire de son sort ! Il ne m'a pas fallu beaucoup de temps pour retrouver la trace des Pikmin.

J'ai dû rapidement intervenir pour sauver quelques rouges aux prises avec un prédateur, ce bon vieux Bulborbe Nain Rouge. Ils semblent se souvenir de moi et acceptent encore de "m'obéir" malgré tout ce que j'ai pu leur faire subir. Après quelques heures de chasse en leur compagnie, j'avais de nouveau la certitude que si les autres créatures les attaquaient, c'est parce qu'elles les confondaient avec des carottes Pikpik. Mes petits soldats m'ont conduit très vite à leurs oignons. Ces sortes de vaisseaux végétaux contiennent des substances nutritives qui sont stockées par les Pikmin pour se reproduire en puisant dans les ressources contenues dans les palets et les cadavres de créatures. C'est leur vaisseau mère en quelque sorte, et parfois je les envie d'en avoir un. Nous avons trouvé notre premier objet de valeur aujourd'hui, et accessoirement, j'ai pu remettre le grappin sur Louie. Je dois maintenant faire mon rapport au président, celui-là même qui m'a envoyé dans cet enfer. Au crépuscule, les Pikmin ont commencé à gesticuler pour me faire signe de les rentrer dans leurs oignons. Comme si j'avais pu oublier que tout Pikmin resté sur la surface la nuit allait irrémédiablement se faire dévorer par les prédateurs nocturnes. Nous avons donc passé la nuit en orbite au-dessus de cette planète hostile. Une nuit de plus ou de moins, ça ne change pas grand-chose au point où nous en sommes."