Téléportez-vous en 9 à Joke End et gravissez les marches pour rencontrer Jojora qui vous laisse entrer dans le temple. Allumez la torche de droite à l'aide des mains enflammées de Mario et passez dans la pièce suivante. Vous trouvez un livre de sauvegarde. Faites un super saut sur la gauche et affrontez le premier groupe de Whahac, des créatures qui ne sont vulnérables qu'à vos attaques main. Ne passez pas tout de suite la porte mais continuez plutôt vers la gauche. Faites un saut en vrille jusqu'à la tornade, et essayez d'atteindre la plate-forme de gauche en enchaînant plusieurs sauts en vrille. La manoeuvre consiste à revenir à chaque fois vers le tourbillon pour reprendre de l'aspiration. A gauche, une taupe vous cède un poivron rouge et un poivron vert. Revenez à la porte de tout à l'heure et passez-la. Jojora vous montre votre prochaine destination avant de s'échapper par le nord-est. Dans la section de gauche, vous trouvez des pièces, un super champi et un super sirop. Revenez dans la salle précédente et cassez la paroi qui se trouve à gauche du panneau avec votre marteau. Empruntez ce nouveau passage et discutez avec le météorologue pour apprendre comment créer une tornade. En sortant sur la gauche en haut de l'escalier, vous débouchez dans une salle où se trouve un plan du niveau. Examinez-le et débarrassez-vous des ennemis avant de récupérer les bonus dans la pièce de gauche : deux pois Uf, un super champi, et une herbe rafraîchissante. Revenez à droite et sortez par le chemin sud-est. A droite, faites un saut en vrille pour atteindre la porte et franchissez-la. Vous revoilà dans une salle avec ces fameuses barres de roulement. Utilisez les mains électrifiées de Luigi sur Mario pour pouvoir progresser sans toucher les barres, et passez la porte de droite. Le même type de challenge vous attend ici. Vous devez passer la porte au nord pour activer un bloc point d'exclamation, ce qui a pour effet d'ouvrir une autre porte. Repassez les deux salles de barres de roulement, d'abord avec les mains de feu de Mario, puis avec celles de Luigi. Vous êtes de retour dans la grande salle. Laissez-vous tomber afin de passer la porte au nord-est, juste à gauche du plan du niveau. Là, vous pouvez enregistrer votre progression sur un second livre de sauvegarde. Brisez le mur fissuré au nord et passez dans l'ouverture. Des blocs de pièces et deux pois soda vous attendent dans cette pièce et dans celle de gauche. De retour dans la salle du livre de sauvegarde, allez à droite et poursuivez votre route le long du chemin. Au passage, vous pouvez récolter deux pois Uf. Allumez ensuite la chaudière pour chauffer le bouillon qui se trouve au-dessus, et rebroussez chemin jusqu'à la grande salle avec le bouillon. Montez sur la grille d'où s'échappe la vapeur, et faites un saut en vrille pour créer une tornade sur la plate-forme supérieure. Pour rallier ce point, vous devez passer par la porte que vous avez brisée en haut à gauche, monter l'escalier et sortez de la salle par la voie sud-est. Vous n'avez plus qu'à faire un saut en vrille jusqu'à la tornade pour finalement atteindre la corniche de droite où a disparu Jojora. Enregistrez vos faits sur le livre de sauvegarde puis faites passer Luigi sous la grille de droite afin d'activer le bloc point d'exclamation et d'ouvrir la porte au nord. Avec Luigi, remarquez le mécanisme en hauteur sur le mur et sortez par la droite. Montez les escaliers, passez dans l'écran de gauche et arrêtez-vous devant la grille. Prenez maintenant le contrôle de Mario. Passez la porte nouvellement ouverte et gravissez les marches pour vous retrouver dans la salle où se trouve Luigi, mais de l'autre côté de la grille. Repérez votre position sur le plan et franchissez la porte au nord. Vous trouvez un pois Uf et un ultra champi dans cette nouvelle salle. A gauche, utilisez le livre de sauvegarde et positionnez Mario sous le bloc simultané dans la pièce inférieure. Avec Luigi, allez dans la salle sud, récupérez une ultra noisette dans le bloc et quittez cet endroit par la gauche. En empruntant la porte nord, vous atterrissez directement dans la pièce où se trouve Mario, et pouvez vous positionner sous le second bloc simultané afin de frapper les deux en même temps avec vos deux personnages. La grille qui se trouve près de Mario s'ouvre, ce qui lui permet de continuer sa progression vers l'ouest. Là, positionnez Mario sous le bloc point d'exclamation et reprenez le contrôle de Luigi pour rejoindre cette salle en allant en bas puis à gauche. Actionnez le bloc avec Mario pour faire tomber un tonneau de l'autre côté de la pièce, puis montez dessus avec Luigi afin d'actionner le mécanisme sur le mur.

{{uppage}}La porte située près de Mario s'ouvre alors, ce qui lui permet de passer de l'autre côté. Avancez jusqu'au prochain bloc simultané, reprenez le contrôle de Luigi et guidez-le sur l'autre pont jusqu'à un nouveau bloc simultané. Frappez les deux blocs en même temps afin de faire apparaître Jojora qui vous lance un défi. Vous devez frapper le maximum de blocs pour faire au moins 30 points en 25 secondes. Autant dire que vous n'avez pas le droit à l'erreur, mais vous pourrez recommencer autant de fois que vous voudrez. Réussir vous ouvrira les deux portes au nord. Commencez par guider Mario dans ce nouvel endroit, repérez votre position sur le plan, passez la porte nord, montez les escaliers et allez à droite. Là, vous devez allumer les quatre chandelles avec vos mains enflammées pour déplacer un bloc dans la salle située avant l'escalier. Revenez sur vos pas jusqu'à cet endroit et positionnez Mario sur le bloc jaune. La porte se referme derrière vous. Avec Luigi, avancez jusqu'à la pancarte et lisez-la. Placez ensuite Luigi sous le bloc jaune, et reprenez le contrôle de Mario. Vous devez coordonner les sauts de vos deux personnages pour que Luigi élève le bloc jaune et que Mario profite de l'impulsion pour sauter sur le rebord de gauche. Vous pouvez en profiter pour récupérer des pièces dans le bloc. A gauche, récupérer un ultra champi et deux pois Uf puis sortez par la voie sud-est en vous méfiant des monstres. Positionnez alors Mario sous le bloc simultané et conduisez Luigi sous l'autre bloc simultané juste à côté. En les frappant, vous libérerez un passage pour Mario. Allez-y, positionnez Mario sous le bloc point d'exclamation et guidez Luigi dans la salle sud. En frappant le bloc, Mario fait tomber un tonneau du côté de Luigi. Repérez où le tonneau va tomber et positionnez Luigi dessous de manière à ce qu'il entre directement à l'intérieur du tonneau. Si vous le manquez, il vous suffit de remonter dans la pièce puis de revenir pour recommencer l'opération. Une fois que Luigi est à l'intérieur, conduisez-le dans la pièce précédente et marchez sur la dalle bizarre pour activer le symbole mural. Le jet de flammes ricoche sur le symbole et un pont se crée entre les deux passerelles de tout à l'heure. Faites émerger Luigi du tonneau et conduisez-le deux salles en arrière pour retrouver la zone avec les deux passerelles. Faites ensuite la même chose avec Mario et regroupez vos deux personnages. Sortez maintenant du côté sud de la passerelle de droite et rejoignez la pièce où se trouve le livre de sauvegarde. Faites des super sauts pour prendre le passage nord et gravissez les marches de l'escalier jusqu'à retrouver la salle où vous aviez allumé les quatre chandelles. Repérez le chemin parcouru sur le plan près de la fontaine, et continuez votre route vers le nord-est. En bas des escaliers, vous retrouvez Jojora qui s'échappe par le chemin de droite. Ne cherchez pas à le rattraper tout de suite, mais allez plutôt à gauche pour briser la paroi fissurée avec le marteau. Cela vous permet de récupérer des pièces, un pois Uf et un ultra champi. Revenez en arrière et sortez par le sud-est, là où avait disparu Jojora. Dans l'escalier, vous pouvez gagner du temps en vous laissant tomber directement à l'autre bout. Vous trouvez une autre salle où il vous faut allumer une chaudière pour faire chauffer le bouillon qui se trouve au-dessus. Rebroussez chemin jusqu'au bouillon, et montez sur la grille pour faire un saut en vrille qui créera une tornade sur la plate-forme des quatre chandelles. Prenez donc la porte nord, montez les escaliers et faites boire Mario à la fontaine. L'astuce consiste à frapper Mario avec le marteau de Luigi pour lui faire cracher de l'eau sur la tornade. Celle-ci projettera alors les gouttes d'eau sur les quatre chandelles simultanément, ce qui aura pour effet d'ouvrir la porte au nord. Vous pouvez donc passer cette porte et gravir les marches jusqu'au livre de sauvegarde. Vous voilà au quatrième étage. Le but va consister à glisser Luigi sous le tonneau pour ramener ce tonneau jusqu'à la zone des deux passerelles. Si jamais vous avez laissé des ennemis sur ce trajet, revenez les tuer autrement ils vous intercepteraient à tous les coups. Depuis la salle de la sauvegarde, revenez dans la salle de la fontaine et des quatre chandelles, sortez en bas à droite, descendez l'escalier, laissez-vous tomber dans l'autre salle de sauvegarde, prenez le chemin en bas à gauche, continuez jusqu'à la salle des passerelles, traversez le pont pour sortir en bas de celle de gauche, passez le plan, continuez deux fois à droite puis au nord, allez à droite devant la grille, descendez l'escalier, et vous arrivez enfin à l'interrupteur. Faites monter Mario sur le tonneau en changeant ses icônes d'action et frappez le mécanisme avec le marteau pour faire apparaître un bloc point d'interrogation.

{{uppage}}Descendez du tonneau et frappez plusieurs fois le bloc pour récupérer des pois Uf. Vous pouvez à présent vous débarrasser du tonneau. Revenez ensuite à l'endroit où est tombé le tonneau et sautez sur les marches pour atteindre le bloc point d'exclamation. En le frappant, vous allez créer un pont vous permettant d'atteindre la corniche de droite. Il faut toutefois aller très vite pour arriver avant que le pont ne disparaisse. Pour cela, descendez d'un cran juste après avoir activé le bloc, et utilisez les mains enflammées de Mario sur Luigi pour foncer directement vers la sortie. Vous avez juste le temps. A droite, Jojora vous accueille dans sa demeure et vous demande d'appeler une des filles suivantes : Guéranie, Ufulina, Hahaline ou Hihiline. Choisissez n'importe laquelle, ça n'a pas d'importance, sachant qu'elles ont toutes la même tête et que vous devrez en affronter une de toute manière.

BOSS : Jojora et Guéranie (ou Ufulina, Hahaline ou Hihiline)

Evitez d'attaquer Guéranie ou Jojora riposterait immédiatement. Commencez par frapper Jojora avec des attaques simples, sachant qu'elles ne lui font quasiment aucun dommage, pour le forcer à agir. Lorsqu'il tente de vous toucher, contre-attaquez avec le marteau pour le voir quitter la zone de combat. Profitez de son absence pour déchaîner vos meilleures attaques en duo sur Guéranie. Vous pouvez éviter qu'elle ne vous attrape en sautant au dernier moment. Méfiez-vous lorsqu'elle fait semblant de quitter l'écran, elle se contente juste de prendre de l'élan pour mieux vous écraser, mais vous pouvez tout de même la repousser avec le marteau. Lorsque Jojora revient, recommencez comme au début pour le faire partir avant de vous acharner à nouveau sur son amie. Lorsque vous venez enfin à bout de Guéranie, la victoire est à vous.

Jojora prend la fuite et vous abandonne dans cette pièce. Allumez les deux torches éteintes à l'aide des mains enflammées de Mario pour libérer le passage vers la droite, et sortez. Vous retrouvez Gracowitz qui vous demande de lui céder les morceaux de Végétoile. N'oubliez pas que la Végétoile que vous comptez lui donner est un leurre. Faites donc passer Luigi sous la grille pour remettre à Pargne la fausse Végétoile, et vous constaterez que Gracowitz a su déjouer votre plan. Il s'empare alors de la véritable Végétoile dans la valise de Luigi et quitte la pièce. Avec Luigi, allez jusqu'au livre de sauvegarde et sortez par la porte nord. Vous pouvez actionner l'interrupteur qui se trouve là-bas pour lever la grille et rejoindre Mario. Celui-ci semble alors avoir une idée qui ferait intervenir les vêtements de la princesse Peach. Pour l'heure, sortez par la droite pour assister à la récupération de la Végétoile par Bowsémona. A cause de votre traîtrise, Bowsémona refuse de vous rendre Peach, ce qui provoque l'hilarité de Mario. Luigi intervient alors, déguisé en Peach, et les deux frères font croire à Bowsémona qu'il a enlevé un sosie de la princesse. La question est comment Luigi arrive-t-il à prendre la voix de Peach et à lui ressembler autant à moins qu'elle ne porte une perruque... Bref, le plan fonctionne et Bowsémona abandonne la véritable princesse Peach pour enlever la fausse qui n'est autre que Luigi. Allez retrouver la princesse pour déclencher une autre séquence où l'on voit la réaction de Bowsémona quand il découvre qu'il s'est fait berner. Vous prenez alors le contrôle de Luigi dans le vaisseau de Graguémona.