Après la scène, vous reprenez le contrôle de Geo dans sa chambre. Rendez-vous alors au Point Vista. Une fois que Sonia vous quitte, vous vous retrouvez à nouveau dans votre chambre. Un mail de Aaron vous incite à vous rendre à AMAKEN. Faites donc, puis montez lui parler au labo. Une cinématique va suivre, puis une fois que vous reprenez le contrôle, filez à Time Square pour chercher votre mère. Montez les marches et observez... Une carte vous sera remise, et selon la version de votre jeu, il s'agira soit d'une DragonSkyGX, LeoKingdomGX ou bien PegasusMagicGX. Il est temps d'aller trouver Mega...
Prenez le bus pour Dream Island, puis allez à la décharge, pour ensuite prendre à droite et monter les marches sur lesquelles les pneus s'étaient écroulés ultérieurement, " bloquant " ainsi le passage. Cette fois, c'est un Jammer qui s'y trouve. Utilisez la machine à lancer des balles de base-ball et appuyez sur l'écran lorsque cela vous est demandé. Montez les escaliers et suivez la séquence. Occupez-vous du Jammer, puis vous allez à nouveau fraterniser avec Sonia.
Retournez dans votre quartier pour aller trouver Luna devant le magasin " GDVague " (sauvegardez, puis parlez à Luna, Zack et Bud). Suivez la cinématique, vous aurez à affronter 3 Jammer d'un coup suite à celle-ci. Vous fraterniserez ensuite à nouveau avec Luna et même avec Bud ! Filez alors à AMAKEN vous entretenir avec Aaron... Retournez ensuite dans votre quartier, car c'est là que le vieil homme dont parle Aaron se trouve. Il est situé près de la voiture jaune, en haut de la carte. Effectuez un " pulse-in " au Wavehole de " GDVague ", suivez les ondes pour vous retrouver près du vieil homme et rentrer dans son Transert. Lisez son message, puis revenez vers " GDVague " pour entrer dans le Wavehole de l'antenne. Empruntez la flèche violette, allez en haut récupérer 20 HP pour la jauge max. Redescendez pour utiliser la prochaine flèche violette, puis allez en haut à gauche pour quitter les ondes par ce portail. Vous vous retrouvez ainsi derrière le comptoir. Parlez au vendeur pour qu'il vous remette du thé pour 3000 zennys, puis revenez sur les ondes. Utilisez le raccourci via la flèche violette de gauche, une fois sorti de l'antenne, sortez par le portail situé plus haut à gauche (si vous effectuez un " pulse-out " directement avec R, vous vous retrouverez à nouveau derrière le comptoir). Une fois dans le monde normal, allez parler au vieil homme, après il vous faudra retourner à AMAKEN.
Entrez dans le musée et observez la maquette de la colonie spatiale pour ensuite activer l'interrupteur. Maintenant, " pulse-in " au niveau du Wavehole de la fusée de gauche, puis allez vers le bas, jusqu'au troisième carré bleu. Entrez ensuite dans l'espace ordi de la maquette de la colonie spatiale, filez en haut à droite pour aller affronter la boule d'ondes et vous obtiendrez les données de la NAZA. Lisez-les dans l'onglet " Objet " de votre menu, puis " pulse-out " pour prendre la destination de Dream Island. Allez à la décharge, puis tout à fait à droite pour monter les marches précédemment obstruées par des pneus, puis un Jammer. Observez la pelleteuse de droite puis, appuyez sur " select " jusqu'à faire apparaître Shovelman. Utilisez-le pour ensuite bouger le levier vers la droite à l'aide du stylet, une entrée secrète sera ainsi révélée. Pénétrez donc à l'intérieur et avancez jusqu'au panneau de contrôle (sauvegardez) pour ensuite l'observer... Vous devrez alors affronter à nouveau Gemini Spark, disposant de 1500 HP, mais se servant des mêmes attaques que lors de votre première rencontre. Après le combats, rentrez chez vous, puis faites un bon dodo ?.
A votre réveil, vous avez une discussion avec Mega et recevez un mail. Sortez de votre chambre, puis vous parlez avec votre mère. Rejoignez ensuite le Point Vista. Rendez-vous à la décharge de Dream Island, pour entrer à nouveau dans l'ouverture secrète, vers la station spatiale. Descendez jusqu'au panneau de contrôle pour trouver Aaron allongé par terre... Mais ne vous inquiétez pas, il ne fait que dormir (on pourrait trouver plus confortable pour piquer un petit somme)... Suite à la séquence, vous vous retrouvez sur les ondes. Vous aurez un marchand sur la gauche, puis devrez avancer jusqu'au cercle de couleur pour finalement vous retrouver dans l'espace, à l'intérieur de la station spatiale.
Allez débloquer l'onde mystère si vous le pouvez (grâce à l'objet " Débloque " disponible chez le marchand croisé juste avant) afin d'obtenir des HP supplémentaires pour la jauge max, puis marchez dans le cercle pour " pulse-out ". Obtenez également 20 HP supplémentaires en allant observer les bouteilles d'oxygène en bas à gauche, revenez plus haut et dirigez-vous face à la porte bleue au fond du couloir à gauche.
{{uppage}}Appuyez sur " select " pour utiliser KeyMan, entrez 2183 avant de valider avec " OK ". Effectuez alors un " pulse-in " sur le Wavehole après avoir enfilé vos lunettes, dirigez-vous légèrement vers le bas, puis " pulse-in " dans le scaphandre. Allez alors vers le haut à droite récupérer l'arme Mega " DétectC ", puis sortez du scaphandre. Partez maintenant vers la droite pour effectuer un " pulse-in " sur le Wavehole de l'autre porte verrouillée.
Vous pouvez explorer les environs à la recherche de quelques items, mais sachez qu'il faudra vous diriger vers la droite, puis prendre le passage aérien. Allez vers le haut et récupérez si vous le pouvez (grâce à " Débloque ") le contenu de l'onde mystère violette, située après le prochain passage aérien sur la gauche. Il s'agit de " Aura ", une carte qui absorbe tous les dommages inférieurs à 100.
Maintenant revenez vers la droite, devant la porte. Il vous faut relier les étoiles avec le stylet de la bonne manière pour déverrouiller cette porte. Ainsi, partez de l'étoile bleue pour la relier à l'étoile jaune du bas gauche, puis reliez maintenant cette dernière à l'étoile rouge. Repartez de l'étoile bleue pour la relier à l'étoile jaune en bas à droite, puis partez également de l'étoile bleue pour tracer un trait jusqu'à l'étoile jaune située en haut à gauche. Enfin, une fois encore en démarrant de l'étoile bleue, reliez-la à l'étoile jaune la plus proche en haut à droite, puis partez de cette dernière pour tirer un trait vers l'étoile jaune juste au-dessus. Terminez en reliant cette étoile à la rouge. La porte s'ouvre, vous ouvrant le passage vers Cygnus. Vous engagerez alors un combat contre lui, disposant de 1000 HP, mais dont la technique à utiliser pour le vaincre restera strictement identique à votre première rencontre. Une fois la victoire en poche, vous vous retrouvez à l'extérieur de cet espace ordi. Maintenant, " pulse-out " et franchissez cette porte.
Allez tenter d'ouvrir la prochaine porte sur la droite, mais en vain. Partez à gauche observer les détritus, puis sélectionnez Thermoman avec " select " pour ensuite observer le système de ventilation au centre. Appuyez sur " AIR ", puis observez à nouveau les détritus et ils disparaîtront. Vous pouvez alors " pulse-in " par cet endroit. Une fois sur les ondes, partez vers la droite pour entrer par le Wavehole de cette porte pour le moment verrouillée...
Vous voici dans l'espace ordi de la porte. Allez récupérer une nouvelle arme Mega (MirageD) en empruntant le passage aérien du haut, puis revenez sur vos pas afin de faire face à la porte du boss, sur la droite. Reliez alors les étoiles comme suit : de l'étoile rouge vers l'étoile jaune en bas à droite (peu importe laquelle), de l'étoile rouge vers l'autre étoile jaune en bas à droite, de l'étoile rouge vers l'étoile jaune située juste à sa gauche, puis de cette étoile jaune vers la verte. Partez à nouveau de l'étoile rouge vers l'étoile bleue, de l'étoile bleue vers la jaune tout de suite à gauche, puis de cette dernière vers l'étoile jaune la plus à gauche du schéma. Partez ensuite de l'étoile bleue vers l'étoile jaune la plus haute, puis reliez enfin l'étoile bleue à l'étoile grise, tout en haut. C'est Taurus que vous affronterez cette fois, disposant de 800 HP, à battre de la même manière que précédemment. Suite au combat, la porte se déverrouille. Effectuez donc un " pulse-out ", puis franchissez-la pour poursuivre.
Observez la porte de gauche, puis la porte d'en face. Equipez-vous de Propellerman et observez le panneau de contrôle de droite. Vous pilotez maintenant un robot et devez réparer trois panneaux de contrôle. L'un se trouve un peu plus haut à droite (vous n'avez qu'à vous placer dessus pour effectuer automatiquement la réparation), l'autre se trouve à l'extrémité droite de la machine disposant de plusieurs tubes sur votre droite, puis le dernier panneau est situé à gauche de là où se trouvait initialement le robot. Vous pouvez maintenant franchir la porte et effectuer le " pulse-in ". Empruntez alors le chemin de flèches violettes vers le bas droit, puis le chemin de flèches suivant. Vous trouverez sur la droite 10 HP supplémentaires pour votre jauge max, tandis qu'il vous faudra poursuivre par le chemin de flèches violettes allant vers le bas gauche. Le Wavehole de la porte se trouvera à gauche.
Une fois dans l'espace ordi de la porte, prenez le passage aérien de droite, puis poursuivez jusqu'à un croisement, pour prendre le passage au fond à gauche. Vous faites face à la porte. Reliez l'étoile grise à la jaune la plus proche, puis à partir de cette dernière, reliez la jaune suivante la plus proche. Reliez cette jaune à la bleue, puis la bleue à la jaune la plus en haut à droite.
{{uppage}}Cette dernière sera à relier avec la jaune située juste en bas, puis partez de cette étoile vers la jaune la plus basse. Reliez l'étoile rouge à la jaune située juste à sa gauche, puis reliez-la également à la jaune la plus en haut à droite. C'est Libra que vous affronterez (1100 HP), et vous ne serez pas surpris d'apprendre qu'il faudra la vaincre de la même manière que la première fois... Suite à votre victoire, " pulse-out " et franchissez la porte.
Partez en bas à gauche pour déclencher une séquence et en apprendre plus sur Mega et votre père. Effectuez ensuite un pulse au niveau du Wavehole de cet endroit, puis pointez sur la cible lumineuse pour vous téléporter à cet endroit. Choisissez à nouveau la cible du haut, puis la suivante du haut. Vous trouverez alors sur la gauche une carte capable de vous rétablir 300 HP durant un combat. Repartez vers la droite pour entrer dans le Wavehole de la porte. Prenez alors le passage aérien de gauche pour aller trouver sur la gauche une onde renfermant 20 HP supplémentaires pour la jauge max. Empruntez maintenant le chemin aérien de droite en repartant du début, puis poursuivez jusqu'à la porte en utilisant l'autre passage aérien. Voici maintenant comment relier les étoiles entre elles : partez de la jaune la plus basse vers la bleue, puis de la bleue vers la jaune de droite. Reliez également cette bleue à la jaune située à sa gauche. Reliez cette dernière à la jaune la plus à gauche, puis celle-ci à la grise. Reliez la bleue à la jaune du milieu, parmi les trois jaunes situées en haut à gauche. Reliez cette dernière à la jaune du dessus, la plus haute donc. Reliez cette dernière à l'étoile verte. Reliez cette verte à la jaune la plus proche vers la droite, puis reliez cette jaune à la rouge. Reliez la rouge à la jaune tout de suite à sa droite, puis à la jaune située juste en bas à sa gauche. Enfin, reliez l'étoile jaune située à droite de la rouge à l'étoile jaune la plus haute à droite. C'est à Ophiuca que vous ferez face. Elle utilise les mêmes attaques que lors de votre première rencontre et dispose de 1600 HP. Après votre victoire, la dernière porte vers le combat ultime se déverrouille, et vous devez " pulse-out " pour franchir celle-ci et avancer jusqu'au Wavehole. Suite à la discussion avec Mega, sauvegardez et effectuez le " pulse-in ".
Suivez le chemin toujours vers le haut pour bientôt vous trouver face au roi FM et suite à la séquence vous affronterez Andromeda...
Boss : Andromeda
Andromeda dispose de 2500 HP et vous enverra des météorites que vous ne pourrez qu'éviter. Arrivé à la moitié de sa jauge de vie, il va changer de forme et vous envoyer cette fois trois météores à la suite. De temps à autre, il enverra des missiles infligeant des dommages sur deux cases, mais vous pourrez soit parer, soit esquiver. Sous sa deuxième forme, vous n'aurez d'autre choix que de bloquer, car les trois cases seront atteintes par ses missiles. Il utilise également une attaque qui touche toute les cases, et là aussi le seul recours sera de bloquer. Enfin, il tirera de temps à autre un laser sur toute une colonne durant sa deuxième forme, et vous ne pourrez qu'esquiver. Pour l'atteindre, utilisez vos techniques habituelles durant sa première forme, mais tâchez de le toucher lorsque sa partie centrale deviendra verte durant sa deuxième forme, car ce sera la seule façon de le blesser. Bon courage...
Après avoir vaincu Andromeda, observez la longue séquence qui va suivre, puis retournez à l'entrée de la station spatiale. Vous n'avez plus qu'à observer la séquence finale (maintenez B pour accélérer les crédits).