Suite à une première séquence avec votre mère et Aaron, un ami de votre père, on vous demande de donner votre nom (par défaut Geo Stelar). Vous obtenez le visualiseur et sortez de chez vous. Après avoir reçu un premier mail au sujet du Transer, avancez jusqu'au Point Vista, à droite de la carte. Juste avant de monter les escaliers, une fille vous accoste avec deux autres garçons. Il s'agit de Luna, Bud et Zack. Viendra ensuite une phase explicative sur votre page personnelle de la part de la jeune fille, puis un nouveau mail de cette dernière qui ne fait que récapituler ce dont elle vient de vous parler. Rendez-vous ensuite tout en haut des marches pour observer le ciel et bientôt faire la connaissance du FM-ien, Omega-Xis. Vous apprendrez entre autres l'existence des Wavehole et devrez d'ailleurs vous diriger à l'intérieur de celui de droite et appuyer sur R. Continuez à lire les informations de votre Mega, puis suivez la route qui vous mène à proximité du train. Touchez alors le Wavehole avec le stylet pour ainsi vous retrouver dans l'espace ordi de la machine. Avancez pour avoir à mener votre premier combat, en apprenant ainsi les bases grâce aux explications.
Mega commence par vous parler de l'écran de sélection des cartes et vous apprend que vous ne pouvez utiliser que deux cartes faisant partie de la même colonne ou bien deux cartes identiques. Après vous avoir laissé le choix des deux cartes, il poursuit les explications et vous apprend notamment que vous pouvez utiliser votre MegaBuster grâce au bouton B (attendez un instant qu'il soit rechargé pour envoyer une attaque plus puissante en un coup). Vient ensuite une deuxième bataille où Mega vous informe de l'utilité des cartes blanches, qui sont des cartes de soutien. Choisissez donc " Difusair ", " Attaq+10 ", puis " Epée " pour ce combat. Après avoir éliminé les deux ennemis du premier plan, appuyez sur la touche bas pour viser le dernier monstre et lui foncer dessus au bon moment (quand le viseur apparaît) pour le couper en deux. Il s'agit de la MegaAttaque. Pour le troisième combat, Mega vous parle du système de contres et de cartes bonus. Sachez enfin que vous pouvez utiliser un bouclier en appuyant sur Y. Après votre victoire, la journée se termine.
Vous voici de retour chez vous, votre môman part au travail. Suite à la discussion avec Mega, sortez de chez vous, lisez vos mails si vous le souhaitez (il s'agit de récapitulatifs au sujet du système de combat, ainsi que de quelques précisions supplémentaires), puis parlez aux cinq personnes que vous verrez en vous promenant. Suite à cela, Mega vous demandera de mettre vos lunettes (en appuyant sur Y) et de trouver un Wavehole afin de rentrer dans un Transer. Allez trouver le Wavehole près du magasin " GDVague " et effectuez un " pulse-in " avec le bouton R. A partir de maintenant, comme dans tout RPG du même genre, vous aurez à mener des combats aléatoires alors que vous vous déplacez sur le parcours d'ondes. Vous remporterez de l'argent ou différents items à la suite de vos combats et gagnerez de l'expérience. Vous trouverez également des ondes mystères renfermant divers objets à certains endroits de la carte. Le but ici est d'aller fouiner dans le Transer de chacune des personnes à qui vous avez parlé précédemment.
Pour pénétrer dans un Transer, touchez l'icône en forme de texte située au-dessus de la tête des personnes avec votre stylet. Lisez leur message personnel, puis après avoir effectué ceci avec chaque personne, Mega aura un pressentiment. Il faudra alors vous rendre dans l'espace ordi de la voiture jaune, située au nord-ouest, à gauche de l'école (vous trouverez un marchand à cet endroit). Pointez au stylet sur son Wavehole lorsqu'il clignote, et vous voici dans l'espace ordi de la voiture. Il vous faut rejoindre l'ennemi situé en haut de la carte. Il s'agit d'un Jammer, avec 200 HP. Attention à ses déplacements rapides et à ses longues attaques. Pensez à utiliser votre bouclier en appuyant sur Y. Après l'avoir vaincu, rentrez chez vous. Vous pouvez effectuer un premier " pulse-out " pour sortir directement de l'espace ordi de la voiture, puis un deuxième " pulse-out " pour vous retrouver dans le monde réel, tout ceci grâce à la touche R. Une fois face à votre porte d'entrée, Luna vous rejoint, accompagnée de ses acolytes. Suivez la séquence, puis vous verrez ensuite Bud se laisser attirer par le côté obscur. Lorsque vous reprenez le contrôle de votre héros, montez donc vous coucher.
Trois soirs plus tard, vous apprenez que différents actes de vandalisme ont récemment été commis, vous sortez de chez vous. Rendez-vous au Point Vista. Suivez la séquence avec Luna et Zack, une nouvelle scène se déclenchera lorsque vous quitterez les lieux.
{{uppage}}Vous reprenez le contrôle de votre personnage alors qu'il s'est transformé. Il vous faut stopper le camion afin d'accéder à son espace ordi. Pour ce faire, retournez dans l'espace ordi de la voiture jaune, puis allez à l'endroit où vous aviez affronté le Jammer. Utilisez le panneau de contrôle, battez les virus qu'il contient. Quittez l'espace ordi de la voiture pour maintenant rejoindre celui du camion.
Les choses sérieuses vont commencer à partir de maintenant, vous devrez avancer jusqu'à vous trouver obligatoirement devant un taureau mécanique rouge. Préparez votre stylet car il va vous falloir être vigilant. Montez sur le taureau pour qu'il vous mène à l'autre bout, puis appuyez rapidement sur les icônes lorsqu'elles apparaissent afin de ne pas être éjecté. Vous le serez et perdrez 25 HP si vous récoltez trois croix. Une fois de l'autre côté, suivez le parcours pour trouver une onde mystère et faire face à un panneau de contrôle rouge. Activez-le, vous obtiendrez une clé rouge. Revenez utiliser le taureau pour aller ouvrir la porte de droite avec la clé rouge. Empruntez le taureau de ce secteur en le maîtrisant comme le précédent, puis dirigez-vous vers le panneau de contrôle situé en bas afin d'obtenir la clé bleue. Revenez ouvrir la porte nécessitant cette clé, pour emprunter un dernier taureau et rejoindre le panneau de contrôle de gauche afin d'obtenir la clé jaune. Ouvrez la prochaine porte à l'aide de celle-ci, vous gagnerez le second secteur.
Après le premier taureau, descendez le long du chemin, pour aller trouver à gauche une onde mystère bleue qui vous permettra d'augmenter vos HP maximum de 20 unités. Partez ensuite à droite récupérer la clé TetA au niveau du panneau de contrôle, remontez pour utiliser le taureau suivant. Il va vous mener au panneau de contrôle de la clé TetB. Le prochain taureau vous permet d'atteindre la clé TetC sur le panneau de contrôle situé plus bas à droite, alors qu'il vous faudra remonter utiliser le dernier taureau plus haut. Vous obtiendrez la clé TetD, puis devrez rejoindre le carré mauve en haut à gauche, qui vous téléportera devant la porte nécessitant les 4 clés. Après l'avoir franchie, descendez le long de la pente pour ouvrir une nouvelle porte de la même manière, vous ferez bientôt face à Taurus.
Boss : Taurus
Il n'est pas vraiment difficile de venir à bout de ce boss, étant donné qu'il se déplace lentement et que ses charges rectilignes sont annoncées suffisamment à l'avance. Il faudra tout de même vous méfier de son attaque enflammée où vous n'aurez aucun endroit sécurisé. Vous devrez donc vous servir de votre bouclier. Pour ce qui est de vos attaques, quelques coups d'épée ciblés viendront à bout de Taurus. Viendront ensuite différentes séquences avant que la journée ne se clôture.