Vous rencontrerez Rapp en arrivant sur la plage et il vous proposera de venir avec lui au village quand vous l'aurez aidé dans son combat. Vous visiterez ensuite l'ancien village de Kafoo qui a été transformé en pierre et apprendrez que c'est l'armée qui est l'auteur de ce crime. Vous devrez ensuite combattre Milda puis vous allier avec elle. Justin devra ensuite s'infiltrer à l'intérieur du bâtiment pour délivrer la créature gardée par Saki, Nana et Moi, puis combattre Gaia.
Prenez son œil après l'avoir battu puis retournez au village. L'armée arrive alors pour s'emparer de l'œil et Leen se révèle alors faire partie du peuple ailé. Justin et Feena s'évanouissent puis décident à leur réveil d'aller voir le bien aimé de Milda pour en apprendre plus.
Sur le chemin, vous trouverez l'entrée des cavernes (où vous ne ferez que des combats, difficiles d'ailleurs) puis vous devrez vous arrêter à l'oasis de Jeelpadon pour la nuit.
Arrivés au village, parlez aux trois érudits Darlin, Derlin et Dorlin puis allez chercher la corne du dernier au sud de Lene. Visitez les maisons fantômes pour récupérer la corne sur le sol de l'une d'entre elle. Ramenez lui sa corne et il vous dira que le médaillon que vous a donné Riete est l'une des entrées vers les deux grottes secrètes (sous Jeelpadon et à Alent). Vous n'avez plus qu'à retourner à Jeelpadon pour trouver le deuxième médaillon.
Jetez le médaillon dans la fontaine au centre de la ville. Allez ensuite au rendez-vous que vous propose la jeune fille et Gido vous demandera pourquoi vous voulez aller à Alent. Choisissez la deuxième réponse puis allez avec lui jusqu'à l'entrée et utilisez le médaillon.
De nombreux combats vous attendent dans la caverne, ainsi qu'un bon nombre de plate formes et autres obstacles qui vous mèneront néanmoins jusqu'au médaillon. Vous devrez par contre trouver une autre voie pour sortir car l'armée sera déjà sur vos talons mais Baal va réussir à s'emparer de Leen pour qu'elle réveille les peintures à l'entrée. C'est alors que Feena utilisera ses pouvoir pour transformer les golems en pierre mais elle sera malheureusement enlevée par Baal dans son vaisseau avant que Justin ne puisse intervenir.
Heureusement, vous disposerez d'une Raie Manta volante pour les poursuivre et vous arrivez finalement à les rejoindre. Une rude bataille vous attend à l'intérieur, commencez par tuer Milo puis courrez dans les couloirs pour essayer de trouver Feena. Vous devrez d'abord combattre Baal (utilisez tous vos pouvoirs pour vous en sortir) puis lui donner la pierre quand il menacera de tuer Feena. Il vous jettera ensuite par dessus bord mais Feena sautera à votre suite pour vous sauver.
Retournez au village de Milda pour voir les 3 sages. Allez ensuite à la source au sud du village et ouvrez le passage pour être transporté dans l'espace. Pour entrer à Alent, vous devrez combattre à nouveau les 3 boss que vous avez déjà affrontés (ils seront beaucoup plus forts cette fois). Parlez ensuite avec Reite et elle se joindra à votre groupe.
Retournez ensuite à Lene pour parler à Dorlin puis partez en guerre contre le quartier général de l'armée dans les montagnes. Un coup d'état est en cours et les soldats ne vous attaquerons pas. Profitez-en pour trouver Myuren puis prenez le passage secret pour rejoindre Baal et le vaincre. Il est malheureusement possédé et Leen viendra vous sauver de l'expansion de Gaia.
Allez ensuite chercher Feena au camp et parlez à Leen qui vous expliquera son plan. Allez à Jeelpadon pour vous rendre compte de la situation (vous devrez combattre seul un guerrier de Gaia), puis Feena utilisera ses pouvoirs pour vaincre les forces de Gaia dans la région. Allez ensuite au quartier général de l'armée quand celle-ci commence à partir.
Allez voir Myuren dans la salle de commandement et vous aurez une longue conversation avec elle... De retour à Jeelpadon, allez voir Gido pour lui parler puis retournez chez Feena qui sera en fait déjà partie. Allez vite au camp de l'armée pour leur expliquer votre point de vue, mais vous n'arriverez cependant pas à empêcher leur départ. Retournez ensuite à Jeelpadon voir Gido et vous retrouverez vos amis. Les esprits fées vous ouvriront ensuite une porte vers leur royaume. Avancez à l'intérieur et récupérez les objets dans les coffres puis combattez le boss de l'endroit et les esprits se transformeront en épée.
Retournez au quartier général de l'armée et passez la porte qui s'est ouverte au fond.
{{uppage}}De nombreux combats vous attendent dans la tour jusqu'à votre rencontre avec Myuren que vous devrez d'ailleurs affronter. Avancez ensuite de combat en combat jusqu'à Baal, puis Gaia elle-même pour le combat final (détruisez d'abord les 2 Megaia qui créent les tentacules).