Sur le chemin du retour, vous trouvez un nouvel otage de la prison à libérer. Assommez les quatre gardes discrètement puis libérez-le. Poursuivez votre chemin et retournez dans la zone totalement sombre où se trouve le grand ascenseur. Lorsque vous sortez, vous êtes pris pour cible par un tireur et éclairé par un projecteur. Brisez d'abord le projecteur avec un batarang puis faites tomber le tireur en faisant exploser l'endroit sur lequel il se trouve. Plus loin, c'est une lampe qu'il faut faire tomber sur le garde suivant. En trouvant l'ingénieur, vous récupérez la clef alpha qui vous permet de décrypter les codes alpha. Le principe est le même sauf que les chiffres se réinitialisent si vous ciblez une zone instable. Retournez dans l'atelier pour rétablir le courant.

L'ascenseur central est donc de nouveau disponible. Empruntez-le. Dirigez-vous vers votre objectif et déverrouillez toutes les portes sécurisées par un code alpha. Vous ne tardez pas à arriver sur les plateformes électrifiées où vous est proposé un combat. Faites bien attention à l'endroit où vous mettez les pieds pour ne pas vous prendre de décharge électrique. Par la suite, vous êtes confronté à un portail qu'il vous faut trafiquer, ce qui est impossible pour le moment. Continuez donc votre route et retournez dans les cellules. Là, passez dans toutes les zones déblocables avec un code alpha et utilisez le gel pour déboucher un conduit d'aération rempli de gaz (il faut bloquer la pompe avec un piston).

Vous ne tardez pas à arriver vers un nouveau grand coffre-fort dans une salle circulaire. Là, utilisez le gel explosif pour activer les trois interrupteurs en même temps puis utilisez les batarang pour faire pivoter les vis de manière à aligner les arrêtes blanches. Vous récupérez ainsi le gel collant qui vous permet de sortir. Retournez donc dans l'atelier pour ouvrir la porte précédemment inaccessible. Progressez dans la nouvelle partie de l'atelier en direction de votre objectif. Alors que vous devez désactiver des disjoncteurs pour ouvrir des portes, placez vos charges collantes et activez les à distance pour gagner un maximum de temps.