Vous rencontrez enfin les militaires qui ont survécu au crash des hélicoptères. Le colonel vous informe que les appareils ont été abattu par une arme inconnue (c'est ce qu'il croit pour le moment) et qu'il compte en récupérer l'une d'entre elles. Acceptez donc de faire partie de la mission.
Allez vers le commandant Trasov mais avant de lui parler, allez à la pièce qui est juste à droite et prenez les munitions qu'il vous faut. Ensuite, parlez à Trasov et partez pour la mission.
Suivez le commandant qui vous guidera jusqu'à votre planque et attendez le signal. Une fois l'opération lancée, aidez vos camarades à éliminer les trois soldats puis allez les fouiller. Toutefois, faites gaffe car d'autres ennemis se précipiteront rapidement sur vous et vos alliés. Revenez donc à votre planque, à côté du commandant. Regardez vers la tour qui est à l'angle gauche et éliminez l'ennemi qui se trouve en haut. Le corps de ce dernier va chuter sur la passerelle reliant le bâtiment dans lequel vous êtes au bâtiment dans lequel s'abrite l'ennemi. Continuez donc à éliminer les ennemis encore vivants puis entrez dans le bâtiment ennemi. Allez à gauche puis à droite et montez les escaliers. Passez ensuite par la fissure qui est dans le mur et récupérez l'arme.
Revenez maintenant au Q.G et donnez l'arme au colonel. Pendant que vous parlez avec ce dernier, un message de détresse arrive au Q.G. Allez donc au secours des militaires qui ont demandé votre aide en suivant votre PDA. Une fois sur place, vous n'allez trouver que cadavres. Fouillez-les, récupérez la note qui indique que les Monolithes se cachent dans la librairie. Avancez donc un peu et arrêtez-vous près du bus. Attendez le renfort puis avancez et allez à droite pour vous retrouver devant la librairie. Décalez-vous à droite et éliminez le premier ennemi puis, avec une grenade, éliminez les deux autres qui sont à gauche de l'entrée. Finissez ensuite ce qui en reste à l'aide de votre fusil. Avancez ensuite et prenez garde car un ennemi se cache à gauche de la porte. Tuez-le puis prenez à droite et avancez. Ouvrez la double porte, balancez une grenade et éliminez tous les Monolithes restants puis examinez l'antenne plantée au milieu de la salle.
Avant l'arrivée du message de détresse, le colonel vous parlait de l'arme et affirmait qu'il fallait l'identifier. Maintenant que l'histoire du message de détresse a été réglée, il va falloir donc revenir à Zaton. Allez donc au rez-de-chaussée du Skadovsk. Discutez avec Cardan et parlez-lui de la fameuse arme. Sur le coup, l'homem va s'endormir, faites donc un tour et revenez le voir. Quand il se réveille, il vous informe qu'il a travaillé sur ce modèle dans l'usine de Jupiter et qu'il y'aurait des documents contenant les plans de fabrication dans le sous-sol du site sur lequel se trouve le Stingray. Comme d'habitude, ouvrez votre PDA et localisez l'appareil avant d'y aller.
Sur place, allez au coin sud-ouest et entrez dans ce poste. Descendez les escaliers et ouvrez la porte. Eliminez les deux zombies et continuez à avancer puis abattez les quatre ennemis suivants. Franchissez le hall et ouvrez la porte tandis qu'un monstre mutant vous attaque. Essayez de monter à l'échelle qui est à votre gauche dès que possible et éliminez-le à l'aide de vos grenades (si vous ne possédez pas un fusil suffisant performant). Ensuite, continuez à monter les escaliers jusqu'a atteindre la passerelle métallique. Allez à droite puis franchissez la passerelle qui passe au dessus du centre de la salle pour atteindre la rive droite. Continuez à avancer et entrez par la brèche dans le conduit d'air pour pouvoir atteindre la pièce suivante. Descendez et récupérez le document posé sur le premier pupitre.
Vous avez maintenant le plan de fabrication du fusil, allez le donner à Cardan. La construction nécessite un peu de temps, donc essayez de vous occuper puis revenez le voir. Récupérez le fusil et repartez vers Pripyat.
À peine arrivé, vous allez recevoir une mission ; il faut que vous vous rendiez à la libraire pour éliminer le militaire allié. Ce dernier est sous contrôle psychique et vous attaque dès votre arrivée sur place. Avancez un peu, ne regardez surtout pas le mutant droit dans les yeux sinon pourra vous contrôler. Déplacez-vous sans cesse et visez sa tête pour l'éliminer.
Vous devez maintenant vous rendre au laboratoire. Longez les buildings parce que les zombies sont déjà à vos trousses et vous réservent un accueil très chaleureux. Sachez que le but pour le moment est de réactiver l'électricité afin de pouvoir utiliser l'ascenseur. Entrez donc dans la librairie, allez un peu à droite puis traversez tout le hall. Ensuite prenez encore à droite et montez les escaliers.
{{uppage}}Passez à l'étage suivant tout en faisant attention aux zombies puis allez à droite et essayez d'éliminer rapidement les ennemis (car ils sont trop nombreux et il serait très difficile de les éliminer en masse). Ensuite avancez en prenant à droite puis à gauche et montez les escaliers et faites vous discret. Passez à l'étage suivant sans attirer l'attention des zombies, sinon nettoyez la zone.
Une fois en haut, essayez d'avancer lentement et éliminez juste les ennemis qui vous font face avant de les fouiller (les munitions se font rares mais le pire c'est qu'il n'y a que très peu de kits de soin). Allez ensuite à l'étage suivant, prenez à droite ensuite à gauche puis encore à droite et passez par la brèche dans le mur. Eliminez les deux ennemis restants et fouillez le mercenaire qui est à proximité avant de récupérer son PDA. Le dernier message qui est dessus indique que le générateur se trouve à l'étage suivant. L'escalier qui est à votre gauche est démoli donc prenez celui de droite et activez le générateur qui se trouve juste dans la pièce qui se trouve à gauche de l'escalier.
Prenez l'ascenseur et allez au sous sol. Continuez à descendre puis ouvrez la porte. Allez à droite puis descendez les marches. Eliminez les deux mutants qui vont surgir du trou puis engouffrez-vous dans le même trou. Allez à gauche puis à droite et descendez près de la turbine. Passez à sa gauche et prenez à droite puis descendez. Avancez jusqu'au fond, à coté de l'ordinateur se trouvent les documents qu'il vous faut. Récupérez-les mais soyez vigilent car plusieurs rats mutants vont vous attaquer. Tuez-les un par un ensuite quittez le laboratoire et allez voir le colonel.
Au Skadovsk, le colonel vous informe que des antennes qui brouillent les signaux ont été détectées et sont la cause de l'interruption des communications avec le Q.G. Il faut donc les détruire, mais avant cela, allez chercher l'unité qui est partie pour les détruire mais qui n'est pas revenue.
Dirigez-vous à l'endroit du dernier contact avec l'unité grâce à votre PDA. Vous devriez atteindre une sorte de générateur électrique. Juste devant ce générateur, se trouve les corps des membres de l'unité. Fouillez-les, récupérez l'explosif que porte l'un d'eux et continuez votre chemin vers l'antenne (en suivant votre PDA).
Vous allez atteindre une école maternelle, placez donc l'explosif sur la porte et écartez-vous. Entrez et montez les escaliers puis prenez à droite et allez au fond. Eliminez l'anomalie, descendez et allez à gauche puis avancez. Montez les escaliers puis regarder à votre gauche pour trouver l'antenne.
Pour la détruire rapidement, lancez une grenade dessus, elle fera l'affaire. Ensuite, descendez par le trou que l'antenne occupait pour atteindre la pièce d'en bas. Regardez à votre droite pour apercevoir deux placards de couleur verte. Ouvrez celui qui est à droite pour découvrir le Lieutenant Rogovets. Libérez-le et rentrez ensemble au Skadovsk.
Le colonel a besoin de vous parler, allez le voir et il vous informera qu'un signal étrange a été détecté non loin du Skadovsk. Allez donc le traquer. Sur votre chemin, vous allez croiser plusieurs chiens mutants, la meilleure des tactiques sera d'économiser vos munitions et votre énergie. Une fois face à eux, courez et ils vont rapidement abandonner la poursuite. Approchez-vous maintenant de la fosse depuis laquelle provient le signal. Toutefois, très rapidement, ce dernier se met à se déplacer. Continuez à le poursuivre. Le colonel va vous contacter et vous demander de tout laisser tomber et de vous ramener d'urgence au Skadovsk. Exécutez-vous et rentrez en prenant en route ce qu'il vous faut comme munitions.
Une fois sur place, vous serez abordé par un Stalker qui affirme posséder des informations très précieuses. Entre temps, le Q.G appeler pour vous informer que des hélicoptères viendront à votre secours. Accompagnez les militaires et vous devez escorter le Stalker jusqu'aux appareils. Au début, des zombies vont vous attaquer, ne vous éloigner pas du Stalker et tirez en avançant. Ensuite des mutants vont vous barrer la route, éliminez-les mais veillez à ce que tous vos coéquipiers vous survivent. Continuez d'avancer jusqu'à atteindre les hélicoptères.
Il faut maintenant continuez à vous défendre jusqu'au décollage des appareils, ne vous éloignez donc pas du Stalker et faufiler vous entre les arbres pour tirer. Une fois que les hélicoptères sont tout près, montez pour quitter définitivement la zone.
Félicitations ! Vous venez de terminer le jeu.