Retrouvailles
Après les retrouvailles avec Sakura et Kakashi, avancez légèrement au nord de la carte et repérez le fragment souvenir qui se trouve au-dessus du trottoir en béton. Ensuite, poursuivez en avant, prenez les points d'expérience et longez la rue du thé. Allez à gauche, sauvegardez votre partie et suivez la route de Konoha. Repérez le fragment souvenir qui se trouve au-dessus de la cabane d'en face et récupérez-le. Localisez l'arbre qui est à gauche de la cabane et prenez les points d'expérience qui s'y trouvent. Ensuite, revenez et allez vers la voie de l'entraînement. Après la scène cinématique, la quête "Rouleau du crapaud" est débloquée. Capturez ainsi le premier crapaud de cette mission et allez à gauche vers l'Aire d'entraînement. Après la rencontre avec Kakashi, capturez d'abord le crapaud qui est au milieu du lac et ramassez les deux fragments souvenir qui sont à droite et à gauche de la forêt. Ensuite, effectuez des sauts multiclonage pour rattraper Kakashi sensei et appuyez sur la bonne touche pour vous emparer des colliers.
Une fois l'entraînement est achevé, dirigez-vous vers la voie de l'entraînement pour déclencher une scène cinématique. Acceptez le combat contre Sakura et effectuez des combos ainsi que des Orbes tourbillonnant pour la battre. Ensuite, prenez les points d'expérience, le fragment souvenir et le crapaud qui se trouvent près du drapeau. Saisissez un autre crapaud sur le pilier en bois, sauvegardez et quittez cet endroit. Sur la route de Konoha, capturez le crapaud qui se trouve sur la banquette en bois puis allez au sud.
L'invasion Akatsuki
Après la scène cinématique, avancez vers le sud et capturez un autre crapaud, à droite. Poursuivez jusqu'à la section suivante et entrez dans le resto d'Ichiraku. Après la scène cinématique, vous incarnez Gaara et vous devez vous battre en mode Combat Libre. Effectuez des combos, lancez des projectiles et réalisez des attaques puissantes. Par la suite, vous incarnerez Kankuro et vous devrez vous battre contre Sasori. Consultez la liste des attaques dans le menu et effectuez des combos et des attaques grâce à votre Chakra.
Nettoyer Konoha
Après la discussion avec Sakura, allez au nord vers la Rue du thé puis continuez à droite vers la route du Hokage. Courez le long du chemin, prenez le fragment souvenir près du poteau électrique, à gauche, puis parlez à Kakashi. Après la discussion et la scène cinématique, entrez dans la chambre du Hokage, récupérez le fragment spécial et sortez. Ensuite, allez à droite et montez sur le toit du manoir du Hokage. Prenez le fragment souvenir spécial, capturez un crapaud près du rebord et rebroussez chemin.
Maintenant, revenez au sud jusqu'à la zone suivante et allez à gauche vers la route de Konoha. Suivez le chemin de gauche menant vers la colline verte et préparez-vous à combattre le chef des bandits. Le combat se divise en deux phases ; d'abord, réalisez des combos et éliminez les acolytes. Ensuite, utilisez l'Orbe tourbillonnant pour infliger des dégâts au chef des bandits. Essayez de bloquer ses attaques et celles des acolytes puis ripostez à votre tour. Dans la seconde phase du combat, bloquez simplement les attaques de votre ennemi puis effectuez un Orbe Tourbillonnant dès qu'il s'arrête. Répétez cette opération jusqu'à ce qu'il soit battu.
A présent, cherchez un crapaud près d'une végétation, détruisez les caisses puis allez au sud. Prenez les points d'expérience qui sont à droite puis allez vers la route de Konoha. Après la discussion avec Tsunade, partez et revenez le lendemain (au bureau de Tsunade) puis discutez avec elle. Sortez, parlez avec Sakura à nouveau et combattez-la dans le mode Combat Libre. Effectuez des combos et utilisez votre Chakra pour réaliser des attaques puissantes. Dès qu'elle est battue, une petite scène se déclenche. Dorénavant, les bandits masqués seront marqués par un point vert sur la carte. Le lendemain, vous devez retrouver Kakashi sur la route du Hokage. Mais avant cela, repérez le point vert sur la carte et parlez avec le bandit masqué pour le battre en mode Combat Libre. Ensuite, allez vers la Rue du thé et repérez un autre bandit se trouvant à droite. Battez-le en mode combat libre, sauvegardez votre partie (à gauche) puis poursuivez vers la route du Hokage (à droite). Rejoignez Kakashi et Sakura près de l'immeuble et regardez la scène cinématique.
Ensuite, allez au sud et dirigez-vous à gauche vers la route de Konoha. Avancez en premier lieu à droite et engagez un combat avec le bandit masqué. Repérez un autre bandit masqué à gauche et battez-le. Par la suite, revenez à la section précédente et continuez vers le sud jusqu'à ce que vous rencontriez Kakashi.
{{uppage}}Après la discussion, avancez au sud et capturez la grenouillez qui est à gauche. Examinez la lueur se trouvant à droite, sauvegardez votre partie et poursuivez vers le sud. Avancez, détruisez les caisses et allez à droite pour récupérer un fragment souvenir ainsi qu'un crapaud. Poursuivez au nord, prenez le contenu du coffre se trouvant à droite puis remontez la pente.
Dans la section suivante, éliminez les six bandits qui vous bloquent le chemin et parlez avec le négociant qui se trouve à gauche. Acceptez sa mission, remontez le long des plates-formes et dirigez-vous vers la forêt de Konoha. Eliminez cinq autres bandits puis, à mi-chemin, repérez une plate-forme à votre gauche. Atteignez-la, capturez un crapaud puis continuez vers le nord. Avancez à droite, sauvegardez puis allez au nord. Repérez un fragment souvenir près du dernier tronc d'arbre à droite, prenez-le puis allez au Désert du vent.
Désert du vent
Dans cette zone, allez d'abord à gauche et prenez le premier fragment souvenir. Poursuivez au nord, descendez dans la grande cavité et prenez un second fragment souvenir. Inspectez cet endroit, capturez un crapaud et prenez les points d'expérience. Ensuite, remontez via les grandes marches et prenez le chemin du nord en tournant à gauche. Engagez un combat en mode libre avec l'homme bizarre qui est à droite et battez-le. Continuez au nord vers les Terre du silence, engagez un autre combat libre avec le bandit qui est à gauche puis continuez vers le nord.