Superman ne pouvant plus voler, suivez les marqueurs au sol jusqu'à la bouche de métro du centre ville. Utilisez le rayon laser pour détruire le cadenas doré qui en bloquait l'accès. Une fois que vous aurez pénétré à l'intérieur la cinématique débutera. Lorsque vous traverserez la voie, le piège se refermera sur vous. Utilisez la super-force de Superman pour dégager le signal combinaison anti-choc de Batman et libérer la voie.
Prenez le contrôle de Batman pour activer le levier sur la voie et utilisez à nouveau Superman pour éteindre l'incendie qui vous empêche de progresser. Récupérez la super combinaison et brisez toutes les pièces Lego argentées. Reprenez la combinaison anti choc pour activer le terminal. Reprenez une nouvelle fois la super combinaison pour dégager la voie. Au fond du tunnel, utilisez le laser de Superman et avancez jusqu'à la salle suivante.
Brisez les pièces argentées pour récupérer la combinaison chauve souris de Batman. Brisez les parois en verre et utilisez le souffle de Superman pour transformer l'eau en paroi. Escaladez la paroi avec Batman et planez jusqu'à la plateforme située en face pour stopper le métro.
Utilisez le laser de Superman pour briser le bloc doré dans le tunnel. Montez la rampe arrière de la rame de métro et actionnez la poignée pour dégager la voie avec le super pouvoir de Superman.
Une fois cet obstacle passé, détruisez les briques et montez sur la plateforme de gauche. Planez avec Batman pour rejoindre l'autre côté de la voie. Vous pourrez ainsi casser le verre et libérer l'échelle qui permettra à Superman de couper l'alimentation avec sa vue Laser.
La main du Joker vous empêchera de poursuivre votre exploration en vous envoyant des salves de sbires. Utilisez le laser de Superman pour briser les pièces dorées tout en contrôlant Batman pour le couvrir.
Entrez dans la rame de métro et continuez à progresser en passant par les toits. Montez la combinaison anti choc en bout de rame et désactivez le champ de force afin que Superman puisse vous suivre. Il ne vous restera plus qu'à rejoindre la locomotive et stopper les moteurs.