Profitez du fait d'être encore à Bêta pour effectuer une mission annexe, en allant trouver Croesus au sud-ouest de la carte. Après avoir discuté avec lui, une étoile apparaîtra au nord, et vous pourrez la rejoindre avec le téléporteur de droite. Eliminez les Nocturnus qui se trouveront à cet endroit, puis retournez vers Croesus pour clôturer la mission. Vous aurez une tablette précurseurs à trouver dans le coffre de la maison de Thebes, en utilisant les spirales du sud de la carte avec Sonic. Prenez ensuite la direction de votre vaisseau pour mettre le cap sur la colonie Kron. Allez remettre vos reliques et la dernière tablette à Nestor, puis obtenez votre récompense avant de vous diriger vers le repère de Krag, au bout de la grotte du marchand. Suite à cette réunion, dirigez-vous vers le vaisseau pour enfin rejoindre la Nocturne après la séquence.
Vous allez une fois encore devoir former deux équipes. Tandis que vous commencez avec celle de Sonic, empruntez la porte de droite pour aller actionner l'interrupteur dans le fond de la pièce. Récupérez le contenu du coffre en hauteur, puis sortez pour emprunter la porte plus haut à gauche, maintenant déverrouillée. Ce sera ensuite l'équipe de Knuckles que vous contrôlerez, puis il s'agira de vous diriger vers la droite pour qu'une séquence se déclenche. De retour avec Sonic, avancez vers la gauche pour trouver une sortie sur la droite. De retour dehors, allez tout d'abord sur la droite pour trouver un oeuf, puis revenez pour emprunter la pente. Franchissez la porte en haut de celle-ci, puis avancez jusqu'au bout de la pièce suivante pour trouver un oeuf grâce à la capacité de vol de Tails. Descendez les escaliers, puis sortez par la porte de gauche. De retour à l'extérieur, utilisez l'icône de vol apparaissant en haut à gauche (celui du bas vous mène à un oeuf mais également à votre point de départ), puis actionnez l'interrupteur pour repasser à l'équipe de Knuckles.
La tourelle étant détruite, volez donc sur la droite pour entrer dans une pièce et récupérer le contenu du coffre qui s'y trouve. Montez les escaliers de cette salle pour rencontrer ensuite des centurions gizoïdes et les affronter. Attention, vous perdrez obligatoirement ce combat, donc pas la peine de gaspiller vos PP inutilement. De retour avec l'équipe de Sonic, revenez en arrière avec le vol de Tails, puis rentrez à nouveau dans la pièce de droite. Observez le gizoïde immobile de gauche, puis prenez les escaliers de droite. Observez ensuite les deux gizoïdes immobiles se trouvant à cet endroit, puis ressortez par la porte de droite. Entrez ensuite dans la pièce au bas de la pente de droite, puis examinez le dernier gizoïde immobile. Suite à cela, vous vous retrouverez avec Knuckles et aurez à effectuer le même combat que précédemment, mais sans le bouclier de vos ennemis. Après les avoir vaincus, empruntez les tremplins de droite, puis allez à gauche pour trouver quelques rings et un oeuf. Ensuite, revenez face au mur et grimpez en haut de ce dernier. Suite à la discussion, vous repasserez à l'équipe de Sonic.
Remontez au niveau du panneau qui vous avait permis de détruire la tourelle pour Knuckles, puis utilisez la rampe avec Sonic. Après avoir récupéré un oeuf supplémentaire, utilisez la seconde rampe, puis entrez dans la pièce située au sommet de la pente bleuâtre de gauche. Suite à la séquence, la salle se verra inondée et vous aurez à avancer vers la droite pour utiliser les bulles d'air afin de respirer. Vous perdrez vos PP avant vos PV, et sachez que les bulles ne restaurent que les PP. Autrement dit, tâchez de ne jamais avoir vos PP à zéro avant de trouver une nouvelle source d'air. Sachez que durant les combats qui suivront, vous ne pourrez en aucun cas utiliser vos attaques spéciales. Continuez entièrement sur la gauche pour trouver un oeuf du Chao au bout, puis revenez au niveau des bulles pour emprunter le passage de droite. Vous trouverez un autre oeuf au bout du couloir sur la droite, puis la sortie sera située en haut à gauche. Dirigez-vous maintenant en bas à gauche de cette salle pour faire face à Charyb. Survivez quelques rounds pour ensuite passer à l'équipe de Knuckles...
Boss : Perfect Scylla
Du moment que vous faites bien attention à parer ses attaques au stylet, vous garderez votre statut normal et pourrez enchaîner avec vos meilleurs coups. Si toutefois vous ne parvenez pas à un moment donné à parer un de ses coups, préparez-vous à retrouver un ou plusieurs de vos personnages endormis et à utiliser par conséquent quelques antidotes...
Suite au combat, vous obtiendrez la Chaos Emerald 6. Franchissez la porte qui vous fait face, puis allez actionner la valve de contrôle pour drainer l'eau de la pièce dans laquelle se trouve Sonic, après avoir récupéré quelques rings, un oeuf sur la gauche et le contenu d'un coffre à droite de cette valve.
{{uppage}}Vous pourrez enfin affronter Perfect Charyb avec vos pouvoirs...
Boss : Perfect Charyb
Il s'agit d'un combat sensiblement identique à celui qui vous a opposé à Scylla. Evitez son attaque grâce à votre agilité au stylet et pensez également à utiliser des items fortifiant votre attaque si vous en disposez.
Suite au combat, l'Emerald 7 sera à vous, puis il s'agira de vous rendre dehors avec Knuckles pour suivre la séquence. Faites de même avec Sonic en revenant en arrière et empruntez cette fois l'ascenseur maintenant actif situé au centre, à droite de la petite arche. En sortant de celui-ci, dirigez-vous plus bas, puis utilisez les tremplins pour récupérer un oeuf Chao de plus. Entrez ensuite dans la pièce où vous attend Ix, sur la droite.
Boss : Empereur Ix
Eliminez tout d'abord les deux pylônes de pouvoir qui entourent Ix, car ces derniers le régénèreront sans cesse dans le cas contraire. Après avoir effectué ceci, occupez-vous d'Ix en utilisant vos plus puissants coups, jusqu'à ce que la suite du combat se déroule avec l'équipe de Sonic. Les choses seront un peu plus simples ici, car vous pourrez au contraire concentrer toutes vos attaques sur Ix, sans vous soucier des pylônes, qui seront détruits en même temps qu'Ix perdra le combat. Suite à celui-ci, vous aurez le loisir de sélectionner la plus puissante équipe que vous souhaitez utiliser dans le nouveau duel qui va suivre. Commencez par rattraper vos ennemis, puis éliminez-les tous les trois par la suite avec comme d'habitude vos coups les plus dévastateurs. Lorsque le combat sera remporté, Ix affrontera Super Sonic dans un ultime combat qui ne requerra ici que vos talents au stylet. En effet, si vous parvenez à éviter au maximum les assauts d'Ix et que vous placez ensuite la plupart de vos attaques grâce au stylet, vous ne ferez qu'une bouchée de ce boss. Il ne vous restera plus au final qu'à observer la séquence finale.