Atteignez le hangar (depuis la salle de sélection des niveaux) puis montez dans le vaisseau. Commencez par anéantir les différents ennemis puis, lors de l'attaque de Larfleeze, positionnez-vous au niveau de l'impact entre les trois rayons laser.

Ensuite, débarrassez-vous d'une nouvelle vague d'ennemis puis déviez l'attaque en pressant de manière répétitive sur le bouton indiqué pour la contrer.

Après la cinématique, affrontez Superman, contrôlé par Brainiac. Utilisez Wonder Woman et sa capacité de vol pour éviter les coups puis détruisez les morceaux de cristaux qui tombent afin de construire une machine. Faites de même avec une seconde vague de chutes de cristaux.

Interagissez ensuite avec la machine en question en activant le levier puis grimpez dessus pour attaquer votre adversaire.

Anéantissez une autre vague d'ennemis puis construisez une dalle à l'aide des morceaux de Lego. Utilisez Flash afin qu'il construise une autre machine, permettant la libération de Superman.