Notez que si vous pénétrez dans l'arche, vous ne pourrez plus revenir en arrière ensuite pour accomplir d'éventuelles quêtes annexes ou récolter les Perles Errantes qu'il vous manque. Finissez donc ce que vous avez à faire avant de monter dans l'Arche.

Montez le long du chemin d'arc en ciel pour rejoindre l'Arche de Yamato, où vous trouverez un marchand sur la gauche qui vous permettra d'obtenir le rosaire Collier des Neiges pour 500 000 ryos. Vous devrez ensuite affronter 5 boss que vous avez déjà vus (Reine Araignée, Ekibyo, Kyubi, Orochi et Casque Ardent), avant le combat final contre Yami, au centre de l'arche. Le combat contre ce dernier se déroulera en cinq parties. Dans un premier temps, vous allez perdre tous vos pouvoirs de pinceau céleste. Attaquez tout de même Yami, en utilisant des Charmes de purification de préférence, jusqu'à récupérer Renaissance. Vous pouvez réparer le sol grâce à cette technique et il vous est à nouveau possible d'utiliser vos armes. Frappez Yami jusqu'à avoir récupéré Lame Lumière et Floraison. Vous pourrez ensuite lui renvoyer ses projectiles pour l'étourdir et utiliser Floraison pour dévoiler son point faible. C'est bien sûr sur ce dernier qu'il faudra concentrer vos attaques. Yami va ensuite changer de forme et récupérer une barre de vie toute neuve. Continuez à le frapper, puis lorsque vous aurez récupéré Bombe Flamboyante vous pourrez vous en servir contre lui. Lorsqu'il sera enflammé, utilisez Flot Majestueux de manière à éteindre les flammes et l'assommer en utilisant les petites fontaines autour de vous. Lorsque vous aurez récupéré Clair de Lune, vous pourrez l'utiliser lorsque l'ennemi sera étourdi et il dévoilera également son point faible. Attaquez-le ainsi jusqu'à ce qu'il change une troisième fois de forme. Vous devrez ensuite arrêter les trois rouleaux défilant avec Lame Lumière, et selon ce que vous obtiendrez, Yami attaquera, vous lancera des objets utiles, ou encore vous rendra d'autres techniques de pinceau. Comme d'habitude, renvoyez-lui ses projectiles avec Lame Lumière et débarrassez-vous du feu et de la glace éventuelle avec les techniques adéquates. Après avoir récupéré Brume Occulte, servez-vous de cette technique pour arrêter les rouleaux sur la boule bleue et Yami dévoilera son point faible que vous attaquerez. Lors de sa quatrième forme, évitez ses attaques jusqu'à ce qu'il dévoile son orbe bleue que vous pourrez toucher avec Lame Lumière. Frappez-le lorsqu'il est étourdi puis vous récupérerez encore des techniques de pinceau. Renvoyez-lui ses roquettes avec Lame Lumière, continuez à frapper son point faible et lorsque vous aurez récupéré Éclair Souverain, lancez la foudre sur ses deux épées au moment où il les brandit. Vous pouvez même lancer la foudre directement sur le coeur si vous êtes toutefois assez rapide, car il le cachera rapidement, même si vous espérez bloquer le temps en maintenant R1. Les choses sérieuses commencent lorsque Yami atteint sa forme finale. Puisqu'il est invulnérable, évitez toutes ses attaques du mieux que vous pouvez, puis utilisez Soleil Divin pour éclaircir les ténèbres et ainsi faire rouler son coeur au sol. Attaquez, puis recommencez l'opération lorsque le ciel noircit à nouveau. Vous pouvez également frapper le centre de sa main lorsqu'elle est à proximité. Utilisez toutes vos ressources en abusant de Charmes de purification ! Yami est vaincu... Il ne vous reste plus qu'à contempler la fin de cette épopée grandiose qu'est Okami...