L'histoire se déroule dans Rapture quelque temps après l'explosion du tunnel qui conduit vers l'antre de Minerve.

Une fois dans l'eau, regardez autour de vous pour ne voir qu'un seul chemin praticable. Avancez alors pour recevoir aussitôt un appel de Charles Milton Porter. Il sera votre guide tout au long de l'aventure. Suivez toujours ses consignes pour pouvoir avancer dans le complexe. Il vous donnera aussi quelques conseils utiles pour votre survie.

Avancez et prenez l'ADAM qui se trouve sur le rocher de droite.

Continuez d'avancer et tournez à droite pour trouver un autre ADAM. Tournez ensuite à gauche et continuez d'avancer. Ignorez les escaliers qui se trouvent à droite et suivez le chemin jusqu'au fond pour trouver un nouvel ADAM. Revenez ensuite aux escaliers et montez jusqu'au sas. Utilisez le levier qui se trouve à gauche pour drainer l'eau.

Porter vous appelle encore une fois et vous conseille de remettre le générateur de secours en marche pour rétablir le courant. Avancez et tournez à gauche. Prenez la trousse de soin qui se trouve à gauche sur le banc.

Entrez dans la salle de gauche et prenez le journal qui se trouve contre le mur du fond. Ecoutez ce journal si vous avez besoin de quelques informations de plus sur les événements qui se déroulent en votre présence. Vous trouverez d'autres journaux au cours de votre aventure qui vous aideront à mieux comprendre ce qu'il se passe. Prenez aussi la terrine de viande et les dollars qui se trouvent à droite. Rebroussez ensuite chemin jusqu'à l'entrée et allez cette fois tout droit.

Montez les escaliers et fouillez les containers en chemin. Rejoignez ensuite l'entrée de l'antre de Minerve. Suivez le chemin et entrez par la porte. Avancez vers la statue pour vous faire attaquer par des Chrosômes. Utilisez votre foreuse contre ces ennemis pour les neutraliser. Fouillez les cadavres pour ramasser le butin puis baladez-vous dans la zone pour ramasser différents objets.

Montez ensuite à l'escalier et prenez le laser ionique et la cellule laser.

Fouillez aussi le cadavre et la caisse de stockage avant d'activer le générateur. Deux ennemis surgissent et vous foncent dessus. Reculez pour mettre plus de distance entre vous et utilisez votre canon laser pour les éliminer.

Entrez ensuite par la porte suivante et prenez les objets qui se trouvent sur le comptoir dont la balise de sécurité. Détruisez ensuite les robots en utilisant les balises pour détourner leurs tirs. Allez ensuite à gauche pour vous emparer de la trousse de soin.

Passez par la porte qui se trouve à droite, évitez les tirs de la tourelle et passez derrière le comptoir pour prendre les objets. Sortez et prenez cette fois la porte qui se trouve à gauche.

Eliminez les ennemis en chemin et avancez dans le couloir gauche jusqu'à la porte fermée du bureau de Porter. Vous devez alors débloquer cette porte. Revenez en arrière et entrez dans la salle de conférence.

Descendez vers la salle de maintenance et prenez l'outil de piratage. La porte se referme derrière-vous et vous devez utiliser ce dernier outil pour l'ouvrir.

Allez à droite de la porte et tirez avec votre outil de piratage sur le panneau de contrôle de la porte depuis la fenêtre. Piratez le système pour ouvrir la porte et montez. Revenez vers la porte du bureau de Porter et piratez-la pour l'ouvrir. Avancez jusqu'au bureau pour entrer et obtenir de nouvelles instructions. Prenez la carte d'accès et sortez.

Rebroussez chemin jusqu'à l'entrée de l'antre en éliminant les ennemis en chemin. Descendez cette fois en prenant l'escalier central pour vous retrouver devant une porte fermée par une serrure magnétique que vous devez ouvrir. Vous devez obtenir le plasmide " trou noir " qui se trouve dans l'entrepôt des archives. Allez vers la porte des archives pour réaliser qu'elle est verrouillée. Il vous faut le plasmide " arc électrique " pour l'ouvrir.

Vous devez maintenant vous diriger vers l'aile McClendon Robotics.

Utilisez la carte si vous ne trouvez pas le chemin. Allez à la porte située à droite et utilisez votre outil de piratage pour l'ouvrir. Entrez, éliminez le Chrosôme, ramassez les objets sur les tables et allez à gauche. Prenez le pistolet à rivets et montez en prenant l'escalier situé à droite. Prenez la direction de l'atelier à droite et éliminez les Chrosômes en chemin.

Neutralisez les Chrosômes qui se trouvent dans la salle suivante et prenez le contrôle d'un robot en le piratant pour qu'il vous escorte.

{{uppage}}Montez ensuite à l'escalier situé à gauche et détruisez la tourelle qui se trouve du même coté. Utilisez le panneau de contrôle de la grue pour la déplacer et attendez-vous à l'attaque de deux Chrosômes plafonniers. Eliminez-les et allez vers la poutre puis marchez dessus sans tomber pour atteindre l'autre rive.

Avancez et piratez le coffre pour ramasser le butin. Tournez ensuite à droite et prenez l'arc électrique. Revenez en arrière et éliminez ou ignorez le Lancier qui protège la petite soeur tout en restant en haut pour éviter ses attaques.

Rebroussez chemin jusqu'à la porte des archives et utilisez l'aptitude arc électrique pour tirer sur le panneau de contrôle de la porte et l'ouvrir.

Détruisez la caméra de sécurité et entrez par la porte d'en face. Ramassez le pistolet ionique amélioré qui se trouve sur le cadavre et éliminez les Chrosômes qui débarquent. Vous pouvez pirater un robot volant pour qu'il vous protège contre les ennemis. Il vous sera aussi d'une aide inestimable pour détecter les ennemis avant qu'ils ne vous attaquent.

Nettoyez l'endroit et prenez la direction de l'entrepôt qui se trouve à droite. Avancez vers la porte et descendez via l'escalier qui se trouve à droite. Eliminez les deux Chrosômes et piratez le coffre pour prendre le butin. Regardez ensuite par le trou dans le plafond pour voir le panneau de contrôle de la porte. Utilisez votre outil de piratage pour débloquer l'accès et montez pour entrer.

Eliminez les Chrosômes plafonniers qui se jettent sur vous et avancez en restant en haut, sur la corniche.

Fouillez les environs avant de descendre. Evitez la tourelle qui se trouve dans le coin droit ou explosez-la et avancez entre les rayons. Montez l'escalier qui se trouve à gauche pour atteindre la salle où se trouve le plasmide " trou noir ".

Rebroussez chemin et utilisez le trou noir contre les hordes d'ennemis qui vous coupent la route vers la porte à serrure magnétique. Lancez un trou noir par-dessus le mur pour qu'il absorbe tout et désactive en même temps la serrure. Entrez alors et montez dans l'ascenseur.