« Mayday ! Mayday ! Dolphin à Enterprise... Ici Olimar... Houston, répondez, on a un problème ! Saleté de soucoupe volante ! Même pas fichue de résister à une collision ridicule avec une météorite. Et me voilà coincé sur une planète inconnue où je me sens comme une fourmi dans la jungle amazonienne. Je dois à tout prix quitter cette planète hostile dans les plus brefs délais ! Ce que j'ai aperçu tout à l'heure m'a glacé le sang. J'ai voulu déterrer une espèce de radis qui sortait du sol, mais je crois que cette chose était vivante. Elle s'est redressée sur ses deux pieds minuscules, et elle m'a regardé avec des yeux ronds dans lesquels je ne pouvais rien lire. J'ai peur. Plus peur que je ne l'aurais jamais cru possible... »

Après la collision avec la météorite, vous vous retrouvez perdu dans un environnement inconnu avec un vaisseau en pièces détachées sur les bras. Vous n'avez que 30 jours pour retrouver les 30 pièces de votre vaisseau, avant que votre système de survie ne rende l'âme. Lisez avec intérêt les commentaires d'Olimar, et dirigez-vous vers la gauche pour trouver l'oignon rouge. Déterrez le Pikmin rouge et lancez-le sur la fleur pour obtenir un premier jeton, afin de vous retrouver à la tête de deux nouveaux Pikmin rouges. Recommencez l'opération sur la fleur d'à côté et envoyez vos 5 Pikmin chercher le jeton numéroté 5. Utilisez vos 10 Pikmin pour pousser la boîte en carton afin de construire un pont de fortune. Passez de l'autre côté, et sifflez vos Pikmin pour qu'ils vous suivent. Vous découvrez le Moteur Principal du Dolphin, malheureusement il vous faut 10 Pikmin supplémentaires pour le ramener au vaisseau. Montez sur la caisse et ramenez tous les jetons que vous voyez, en essayant d'utiliser à chaque fois uniquement le nombre de Pikmin minimum pour gagner du temps. N'oubliez pas la fleur située près du vaisseau. Vous devriez maintenant vous retrouver à la tête de 23 Pikmin. C'est assez pour récupérer la première pièce du vaisseau.