Acte 1

-Zone rouge : Grimpez sur le socle à l'entrée de la zone et appuyez sur Triangle pour que Snake prenne la pose.

-Refuge de la milice : Trouvez le déguisement de rebelle dans un casier de la pièce située au nord-est de la zone.

-Palais Advent : Si vous n'avez tué aucun soldat Haven jusque-là, vous trouverez la figurine de super soldat dans le garage du Palais Advent.

Acte 2

-Centrale électrique : Si vous ne détruisez pas le panneau électrique, ce sont les soldats des SMP qui prendront le contrôle de la zone.

-Centre de détention : Libérez les quatre prisonniers pour que les rebelles soient plus nombreux à vous aider durant la traversée du manoir.

-Manoir Vista : Vous pouvez trouver deux photos d'Akina Minami. La première derrière le tableau du hall. La seconde au-dessus du lit de la chambre. Regardez-les en mode FPS pour faire remonter la jauge de psychisme de Snake.

-Laboratoire de recherche : Si vous avez vaincu Laughing Octopus en vidant sa jauge de psychisme, vous trouverez sa figurine sur un lit durant le combat contre Laughing Beauty. Battez-la ensuite avec des armes non mortelles pour remporter son FaceCamo.

Acte 3

-Chemin de montagne : Restez couché dans le cercle d'herbe, à gauche de la rivière, pour entendre parler le faux Campbell de MGS2 et recevoir 1 000 DP.

-Chemin de montagne : Allongez-vous sur la dalle couverte d'empreintes de mains (de l'équipe de développement), puis enregistrez le motif de l'OctoCamo dans le menu Camouflage.

-Ville Secteur S : Si vous vous cachez parmi les statues du parc, vous risquez de vous faire arroser par le résistant.

-Ville secteur S : En scrutant régulièrement les alentours, vous pourrez voir l'homme en imperméable qui est en fait un simple imperméable rempli de Gekko nains.

-L'horloge de l'écho : Si vous avez vaincu Raging Raven en vidant sa jauge de psychisme, vous trouverez sa figurine sur le balcon du dernier étage durant le combat contre Raging Beauty. Battez-la ensuite avec des armes non mortelles pour remporter son FaceCamo.

Acte 4

-Plusieurs extraits audio, des séquences flash-back et des musiques de MGS1 se déclenchent à certains endroits si vous arrivez sans déclencher d'alerte et que vous n'appuyez pas sur Start.

-Centre de stockage des têtes nucléaires 2 : A la place du vrai code d'Otacon, entrez les codes suivants sur le clavier : 14893 (+ 100 000 DP), 78925 ou 13462 (musiques iPod).

-Centre de stockage des têtes nucléaires 2 : Vous pouvez envoyer Metal Gear Mk.III jusqu'au panneau de contrôle et appuyer sur Triangle pour électrifier le sol du couloir afin d'éliminer le Gekko.

-Champ de neige et Tour de communication : Si vous avez vaincu Crying Wolf en vidant sa jauge de psychisme, vous trouverez sa figurine juste derrière vous lorsque commence le combat contre Crying Beauty. Battez-la ensuite avec des armes non mortelles pour remporter son FaceCamo.

-Tunnel d'approvisionnement souterrain : Snake refuse d'obéir si vous essayez de tirer sur Vamp alors qu'il affronte Raiden sur Metal Gear REX.

Acte 5

-Centre de commande : Attendez un peu avant d'utiliser la seringue, de manière à laisser Screaming Mantis se jouer de vous (faut Reset, écran noir, etc). Vous pouvez aussi assigner la manette au port 2 (comme dans MGS1) pour entendre une conversation secrète entre Snake et Otacon.

-Centre de commande : Screaming Mantis détient deux poupées. Celle dans sa main droite représente Psycho Mantis (MGS1), et celle dans sa main gauche représente The Sorrow (MGS3). Vous pouvez récupérer les deux poupées pour les utiliser par la suite. La première contrôle les esprits, la seconde contrôle les morts.

-Centre de commande : Si vous avez vaincu Screaming Mantis en vidant sa jauge de psychisme, vous trouverez sa figurine au fond du couloir nord durant le combat contre Screaming Beauty. Battez-la ensuite avec des armes non mortelles pour remporter son FaceCamo.

-Centre de commande : La fin de l'intervention de Psycho Mantis diffère selon que vous jouez avec une manette Sixaxis ou Dual Shock 3.

-Extérieur : Durant le duel contre Liquid Ocelot, appuyez rapidement sur Triangle dès qu'il vous nargue pour récupérer de la vie.

-Extérieur : Durant le duel contre Liquid Ocelot, ne faites rien lorsqu'il vous attrape par le cou lors de la troisième phase du combat pour qu'il embrasse Snake.