Voici une liste des différents personnages récupérables pendant le mode Histoire et la manière de les récupérer.
Tsunade
Finir la scène 4 de la première partie de l'Arc 1.
Kakashi Hatake
Finir la scène 5 de la première partie de l'Arc 1.
Hiruko
Finir la scène 2 de la première partie de l'Arc 2.
Deidara
Finir la scène 3 de la première partie de l'Arc 2.
Kisame Hoshigaki
Finir la scène 7 de la première partie de l'Arc 2.
Itachi Uchiha
Finir la scène 3 de la seconde partie de l'Arc 2.
Chiyo
Finir la scène 5 de la seconde partie de l'Arc 2.
Gaï Maïto
Finir la scène finale de la seconde partie de l'Arc 2.
Sasori
Finir la scène 2 de la trosième partie de l'Arc 2.
Sasori (vraie forme)
Finir la scène 3 de la trosième partie de l'Arc 2.
Gaara
Finir la scène finale de la trosième partie de l'Arc 2.
Temari
Finir la scène finale de la trosième partie de l'Arc 2.
Kankuro
Finir la scène finale de la trosième partie de l'Arc 2.
Saï
Finir la scène 4 de la première partie de l'Arc 3.
Yamato
Finir la scène 6 de la première partie de l'Arc 3.
Orochimaru
Finir la scène 2 de la seconde partie de l'Arc 3.
Naruto (transformation 4 queues)
Finir la scène finale de la seconde partie de l'Arc 3.
Kyubi 4 queues
Finir la scène finale de la seconde partie de l'Arc 3.
Kabuto
Finir la scène 5 de la trosième partie de l'Arc 3.
Sasuke Uchiha
Finir la scène 7 de la trosième partie de l'Arc 3.
Shizune
Finir la scène 4 de la première partie de l'Arc 4.
Asuma Sarutobi
Finir la scène 6 de la première partie de l'Arc 4.
Hidan
Finir la scène 8 de la première partie de l'Arc 4.
Kakuzu
Finir la scène 5 de la seconde partie de l'Arc 4.
Kurenai Yuhi
Finir la scène finale de la seconde partie de l'Arc 4.
Konan
Finir la troisième case de mission après la scène finale (branche du haut de l'arbre de sélection des missions) dans la quatrième partie de l'Arc 5.
Pain Shuradô
Finir la première case de combat après la scène finale (branche du milieu de l'arbre de sélection des missions) dans la quatrième partie de l'Arc 5.
Pain Chikushôdô
Finir la deuxième case de combat après la scène finale (branche du milieu de l'arbre de sélection des missions) dans la quatrième partie de l'Arc 5.
Pain Tendô
Finir la troisième case de combat après la scène finale (branche du milieu de l'arbre de sélection des missions) dans la quatrième partie de l'Arc 5.
Jiraiya
Finir la troisième case de mission après la scène finale (branche du bas de l'arbre de sélection des missions) dans la quatrième partie de l'Arc 5.
Suigetsu
Finir la scène 3 de la première partie de l'Arc 6.
Karin
Finir la scène 4 de la première partie de l'Arc 6.
Juugo
Finir la scène 8 de la première partie de l'Arc 6.
Tobi
Finir la scène 2 de la seconde partie de l'Arc 6.
Kabutorochimaru
Finir la troisième case de mission après la scène finale (branche du haut de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.
Sasuke étudiant
Finir la deuxième case de mission après la scène finale (branche du milieu de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.
Naruto étudiant
Finir la troisième case de mission après la scène finale (branche du milieu de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.
Kakashi Hatake jeune
Finir la première case de combat après la scène finale (branche du bas de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.
Obito Uchiha
Finir la deuxième case de combat après la scène finale (branche du bas de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.
Yondaime
Finir la troisième case de combat après la scène finale (branche du bas de l'arbre de sélection des missions) dans la troisième partie de l'Arc 7.