La mélodie mystique est un item qui ne peut être utilisé qu'après avoir trouvé certaines boîtes dans les niveaux. Cet objet vous sert à débloquer des passages secrets qui vous donneront le Chao perdu nécessaire pour terminer la mission 3.
Dr. Robotnik
Dès le début du niveau "Sand Ocean", restez sur le tourniquet pour faire un tour complet. Vous verrez alors un scintillement représentant la mélodie mystique. Volez jusqu'à la plate-forme pour l'attraper.
Knuckles
Allez dans le niveau "Wild Canyon". Foncez sur la tornade qui vous amène en haut. Si vous regardez à gauche, vous découvrirez trois petits bâtiments qui contiennent chacun 4 boîtes. Ne vous en occupez pas pour l'instant et passez-les comme si de rien n'était. Avancez jusqu'à la Statue. Montez sur sa tête et cherchez à l'endroit de la peinture pour trouver la mélodie mystique.
Sonic
Allez au dernier niveau. Sautez sur la fusée pour changer d'itinéraire et pour trouver la mélodie mystique.
Shadow
Allez au dernier niveau. La mélodie mystique se trouve dans les tubes magnétiques en spirale.
Tails
Lorsque vous aurez l'amélioration du canon Vulcain, allez au niveau égyptien. Détruisez les boîtes en métal qui bloquent une porte. Entrez ensuite dans celle-ci et vous trouverez la mélodie mystique.
Rouge
Allez dans le 1er niveau de Rouge. Dès le début, montez à droite pour trouver un dessin avec un carré. Creusez pour découvrir la mélodie mystique.