Cave Story propose un total de 10 armes, mais vous ne pourrez en porter que 5 à la fois.

Une fois qu'une arme est échangée ou améliorée, il est impossible de faire marche arrière (à l'exception de l'échange Blade <=> Nemesis).

Polar Star

Localisation : First Cave

Arme de base qui s'obtient au début du jeu. Peut être échangée ou améliorée plus tard (Machine Gun/Snake/Spur).

Missile Launcher

Localisation : Egg Observation Room

Si vous le ratez dans cette salle, il apparaîtra dans n'importe quel autre coffre qui contiendrait normalement un upgrade du nombre de munitions.

S'améliore en Super Missile Launcher plus tard.

Fireball

Localisation : Dans la maison de Santa, à Grasstown/Bushlands, après lui avoir rendu sa clé.

Echangeable plus tard contre le Snake (vous devrez aussi posséder le Polar Star).

Bubbler

Localisation : Utilisez un Jellyfish Juice dans la cheminée de l'Assembly Hall du village des Mimigas.

Machine Gun

Localisation : Curly vous donne cette arme en échange de votre Polar Star après l'avoir vaincue dans la Sand Zone.

Vous pouvez améliorer la vitesse de rechargement de l'arme grâce au Turbocharger qui se trouve dans le magasin du Labyrinthe.

Si vous avez accepté l'échange de Curly, vous ne pourrez plus avoir le Snake ou le Spur. Si vous n'avez pas accepté, vous ne pourrez plus obtenir la Machine Gun une fois la Sand Zone terminée.

Blade

Localisation : King vous lègue cette arme après avoir vaincu Toroko Enragée.

Echangeable plus tard contre le Nemesis.

Snake

Localisation : Magasin du Labyrinthe. Parlez au PNJ derrière la caisse et il combinera, si vous êtes d'accord, votre Polar Star et le Fireball pour en faire cette arme puissante.

C'est la seule arme qui peut tirer à travers les murs.

Si vous avez la Machine Gun, vous ne pourrez plus avoir cette arme.

Spur

Localisation : Retournez à l'endroit où vous avez trouvé le Polar Star au début du jeu et parlez au PNJ qui s'y trouve.

A l'inverse des autres armes où il faut collecter des petits morceaux d'énergie pour faire augmenter leur niveau, celle-ci se charge d'elle même en restant appuyé sur la touche de tir.

Une fois le Spur en poche, allez au magasin du Labyrinthe pour obtenir le Whimsical Star. En chargeant le Spur au niveau Max, vous ferez apparaître des petites étoiles qui graviteront autour de vous en infligeant des dégâts aux ennemis alentours.

Si vous avez la Machine Gun ou le Snake, vous ne pourrez plus avoir cette arme.

Super Missile Launcher

Localisation : Boulder Chamber, après avoir vaincu Balrog.

Nemesis

Localisation : Maison en bas de l'Outer Wall. S'obtient en échangeant votre Blade à Little Man.

Vous devez d'abord ramener Little Man chez lui avant de pouvoir procéder à l'échange. Il se trouve dans le cimetière du village des Mimigas. Il est à peine plus haut qu'une herbe alors ouvrez bien les yeux.

A ne faire monter en niveau sous aucun prétexte, sauf si vous souhaitez tirer des canards qui font 1 point de dégâts.

C'est la seule arme qui devient moins puissante en montant de niveau, et il suffit d'un seul petit morceau d'énergie pour ça.

Vous pourrez reprendre votre Blade en parlant à Little Man.