Pour vous battre contre les 2 sorcières et Ganon, il faut être venu en secret en Holodrum. Pour cela, il faut utiliser le code donné dans Oracles of Ages. Une fois que vous aurez battu Onox, l'arbre Bojo vous parlera. il faut alors que vous trouviez la chambre secrète et marchez dans la direction opposée au regard de la statue. Vous trouverez les sorcières dans la salle suivante. Grâce à votre épée, renvoyez les boules bleues sur la sorcière rouge et inversement avec les boules rouges. Lorsque les deux sorcières auront fusionner, faites une attaque cyclone et tirez une graine mystère sur elle pour les vaincre. Ganon apparaitra ensuite et il suffira de la frapper avec l'épée pour le battre.