Voici le récapitulatif pour obtenir les Pokémon fossiles, on en compte 3 dans le jeu et seulement 2 sont à votre portée.
L'ambre
L'ambre se trouve à Argenta dans le musée au nord. Parlez au scientifique et il vous proposera l'ambre. Ce fossile vous permet d'obtenir Ptera.
Fossile Dôme ou Nautile
Avant de sortir du Mont Selenite pour se rendre à Azuria, vous devrez (pour passer et avancer dans la grotte) vous munir d'un des fossiles : Le Nautile ou le Fossile Dôme. Si vous prenez le Fossile Dôme vous aurez un Kabuto. Si vous prenez l'autre vous obtiendrez un Amonita.
Résurrection
Plus tard dans l'aventure vous pourrez ressusciter les fossiles pour pouvoir avoir les Pokémon correspondants cités ci-dessus. Il faut se rendre à Cramois'ile au laboratoire Pokémon pour avoir les Pokémon correspondants aux fossiles obtenus.