Pour trouver la pierre rubis, rendez-vous au nord de l'île 1 avec un Pokémon muni des capacités Surf et Force. Suivez le chemin en direction des escaliers (non loin de l'endroit où l'on peut capturer Sulfura), et affrontez deux membres de la Team Rocket. Empruntez le passage qu'ils gardaient et allez jusqu'au bout pour trouver une échelle qui permet de descendre dans une pièce qui contient le rubis. Pour trouver la pierre saphir, rendez-vous au sud de l'île 6, utilisez "coupe" sur la stèle et pénétrez à l'intérieur. Sautez dans le premier trou supérieur, puis dans le trou de gauche, puis de droite et enfin dans le trou du bas. Le saphir qui se trouve dans la pièce est alors dérobé par un scientifique. Rendez-vous à l'entrepôt et éliminez tous les dresseurs pour le récupérer. Une fois les deux pierres en votre possession, rendez-vous dans le centre Pokémon de l'île 1 et donnez-les au personnage qui répare la machine. Ceci permet de faire des échanges entre les versions Rouge Feu et Vert Feuille et les versions Rubis et Saphir.